Учебники — В МИРЕ ИКТ
Учебники
|
В начале каждого пункта приведены вопросы для актуализации знаний учащихся, на которые опирается изучение нового материала. Для лучшего восприятия и усвоения учениками учебного материала учебник содержит большое количество рисунков, таблиц, схем, изображений монитора и другие наглядные материалы. Для повышения интереса к изучению предмета учебник, кроме основного материала, содержит рубрики «Для тех, кто хочет знать больше», «Это интересно знать», *Интересные факты из истории», «Дополнительные источники информации*. В конце каждого пункта приводятся вопросы для самоконтроля и практические задания, которые распределены по уровням учебных достижений. Учебник содержит 13 практических работ, выполнении которых» согласно программе, обязательно для всех учащихся. Киев: 2010
Главы «Текстовый процессор» и «Табличный процессор» представлены для пакета Microsoft Office.
Українська мова навчання. 
Я. Ривкінд, Т.І. Лисенко, Л.А. Чернікова, В.В. Шакотько 
Я. Ривкінд, Т.І. Лисенко, Л.А. Чернікова, В.В. Шакотько 
В., Проценко Г.А., Ривкінд Й.Я., Рівкінд Ф.М.
Iнтерактивне навчання
Інформатика (рівень стандарту). Підручник для 10 (11) класу закладів загальної середньої освіти
Автори: Бондаренко О. О., Ластовецький В. В., Пилипчук О. П., Шестопалов Є. А.
Повна версія підручника*
| Практичні роботи | розпочати роботу | ||
| Розділ 1. «Інформаційні технології у суспільстві» Тест 1. Інформація та повідомлення | розпочати роботу | ||
Тест 2. Кодування та передавання повідомлень | розпочати роботу | ||
| Тест 3. Інформаційні системи та технології | розпочати роботу | ||
| Тест 4. Інтернет-технології | розпочати роботу | ||
| Тест 5. Проблеми інформаційної безпеки | розпочати роботу | ||
| Тест 6. Освіта в Інтернеті | розпочати роботу | ||
| Тест 7. Робота в Інтернеті | розпочати роботу | ||
| Тест 8. На шляху до інформаційного суспільства | розпочати роботу | ||
Розділ 2. «Моделі і моделювання. Аналіз та візуалізація даних» Тест 9. Комп’ютерне моделювання об’єктів і процесів. Комп’ютерний експеримент | розпочати роботу | ||
| Тест 10. Консолідація даних. Зведені таблиці | розпочати роботу | ||
| Тест 11. Основи статистичного аналізу даних. Ряди даних | розпочати роботу | ||
| Тест 12. Обчислення основних статистичних характеристик вибірки | розпочати роботу | ||
| Тест 13. Візуалізація рядів і трендів даних. Інфографіка | розпочати роботу | ||
| Тест 14. Розв’язування задач на підбір параметра | розпочати роботу | ||
Тест 15. Розв’язування оптимізаційних задач | розпочати роботу | ||
| Тест 16. Основи роботи в середовищі Scilab | розпочати роботу | ||
| Тест 17. Розв’язування рівнянь, систем рівнянь у середовищі Scilab | розпочати роботу | ||
| Тест 18. Розв’язування задач із різних предметних галузей | розпочати роботу | ||
| Розділ 3. «Системи керування базами даних» Тест 19. Поняття бази даних і системи керування базами даних | розпочати роботу | ||
| Тест 20. Проєктування бази даних | розпочати роботу | ||
Тест 21. Зв’язування таблиць | розпочати роботу | ||
| Тест 22. Впорядкування і пошук даних | розпочати роботу | ||
| Тест 23. Фільтрування даних | розпочати роботу | ||
| Тест 24. Запити на вибірку даних | розпочати роботу | ||
| Тест 25. Обчислення в запитах | розпочати роботу | ||
| Розділ 4. «Мультимедійні та гіпертекстові документи» Тест 26. Створення та адміністрування сайта. Системи керування вмістом | розпочати роботу | ||
| Тест 27. Мова розмічання гіпертекстового документа | розпочати роботу | ||
Тест 28. Опрацювання звукових даних | розпочати роботу | ||
| Тест 29. Опрацювання відеоданих | розпочати роботу | ||
| Тест 30. Ергономіка у веб-дизайні. Просування веб-сайтів | розпочати роботу | ||
Інформатика 10 клас — Персональний сайт вчителя Броварника Володимира Борисовича
- Головна
- Інформатика
- Інформатика 10 клас
| № | Література |
|---|---|
| 1 | Інформатика : 10 кл. : підруч. для загальноосвіт. навч. закл. : академ. рівень, профільн. рівень / Й.Я. Ривкінд, Т.І. Лисенко, Л.А. Чернікова, В.В. Шакотько; за заг. ред. М.З. Згуровського. — К. : Генеза, 2010. — 304 с. : іл. |
| 2 | Морзе Н.В. Інформатика: підруч. для 10 кл. загальноосвіт. навч.закл.: рівень стандарту/ Н.В. Морзе, В.П. Вембер, О.Г. Кузьмінська. — К.: Школяр, 2010. — 304 с.: іл. |
| 3 | Караванова Т.П. Інформатика: основи алгоритмізації та програмув.: 777 задач з рек. та прикл.: Навч. посіб. для 8-9 кл. із поглибл. вивч. інф-ки / За заг. ред. М.З. Згуровського — К.: Генеза, 2006. — 286с.: іл. — Бібліограф. с. 286. |
| 4 | Пиртко Р.І.,Сеньків І.А. Уроки з основ інформатики та обчислювальної техніки. 10-11 класи. Основи алгоритмізації та програмування: Навчальний посібник. — 2-е вид., переробл. і доповн. — Тернопіль: Навчальна книга — Богдан, 2008. — 112 с. |
| 5 | Електронні таблиці EXCEL: Конспекти уроків / Упоряд. Н. Вовковінська. — К.: Ред. загальнопед. газ., 2004. — 112 с. — (Б-ка «Шк. світу»). |
| № | Файли-заготовки для виконання практичних завдань. Для підручника 10 класу (Й.Я. Ривкінд, Т.І. Лисенко, Л.А. Чернікова, В.В. Шакотько) |
| 1 | Файли-заготовки до І розділу (рівень стандарту) В архіві містяться файли-заготовки до І розділу підручника «Інформатика. 10 клас» рівня стандарту. |
| 2 | Файли-заготовки до І розділу (академічний рівень) В архіві містяться файли-заготовки до І розділу підручника «Інформатика. 10 клас» академічного рівня. |
| 3 | Завдання 2.1 Матеріали для виконання завдань до пункту 2.1. Розмір файлу архіву 14,3 Мб. |
| 4 | Завдання 2.2. Фотографії Матеріали для виконання завдань до пункту 2.2. Фотографії. Розмір файлу архіву 12,4 Мб. |
| 5 | Завдання 2.2. Презентації Матеріали для виконання завдань до пункту 2. |
| 6 | Розділ 2. Практична 4 Матеріали для проведення практичної роботи № 4. |
| 7 | Розділ 2. Практична 5 Матеріали для проведення практичної роботи № 5. |
| 8 | До практичної роботи № 5 Зразок презентації до практичної роботи № 5 |
| 9 | Завдання 2.4-2.5 Матеріали для виконання завдань до пунктів 2.4 — 2.5. |
| 10 | Завдання 2.6. Музика_1 Завдання 2.6. Музика. Перша частина. |
| 11 | Завдання 2.6. Музика_2 Завдання 2.6. Музика. Друга частина. |
| 12 | Завдання 2.6. Музика_3 Завдання 2.6. Музика. Третя частина. |
| 13 | Завдання 2.6. Музика_4 Завдання 2. |
| 14 | Завдання 2.6. Відео_1 Завдання 2.6. Відео. Перша частина. |
| 15 | Завдання 2.6. Відео_2 Завдання 2.6. Відео. Друга частина. |
| 16 | Завдання 2.7 Завдання 2.7 |
| 17 | Завдання 2.8. Фото_1 Завдання 2.8. Фото. Частина 1 |
| 18 | Завдання 2.8. Фото_2 Завдання 2.8. Фото. Частина 2 |
| 19 | Завдання 2.8. Відео Завдання 2.8. Відео |
| 20 | Завдання 2.8. Звук Завдання 2.8. Звук |
| 21 | Завдання 2.8. Петлюра Завдання 2.8. Петлюра |
| 22 | Завдання 2.8. Скоропадський Завдання 2.8. Скоропадський |
| 23 | Завдання 2. Завдання 2.8. Українка |
| 24 | Завдання 2.9 Завдання 2.9 |
| 25 | Розділ 2. Практична 6. Екологія. Частина 1 Розділ 2. Практична 6. Екологія. Частина 1 |
| 26 | Розділ 2. Практична 6. Екологія. Частина 2 Розділ 2. Практична 6. Екологія. Частина 2 |
| 27 | Розділ 2. Практична 7 Розділ 2. Практична 7 |
| 28 | Розділ 2. Завдання 2.10. Частина 1 Розділ 2. Завдання 2.10. Частина 1 |
| 29 | Розділ 2. Завдання 2.10. Частина 2 Розділ 2. Завдання 2.10. Частина 2 |
| 30 | Розділ 2. Завдання 2.10. Частина 3 Розділ 2. Завдання 2.10. Частина 3 |
| 31 | Файли-заготовки до ІІІ розділу (академічний рівень) Файли-заготовки для виконання завдань та практичних робіт до ІІІ розділу (академічний рівень) |
| 32 | Файли-заготовки до III розділу (рівень стандарту) Файли-заготовки для виконання завдань та практичних робіт до ІІІ розділу (рівень стандарту) |
| 33 | Файли-заготовки до IV розділу (академічний рівень) Файли-заготовки для виконання завдань та практичних робіт до ІV розділу (академічний рівень) |
| № | Календарні та поурочні плани. Академічний рівень. |
| Календарний план. | |
| 1 | Вступний урок. Повторення основних тем за курс 9-го класу. |
| 2 | Огляд українських та зарубіжних освітніх сайтів. Веб-енциклопедії. Інтерактивне дистанційне навчання. |
| 3 | Електронні словники й програми-перекладачі. Форуми перекладачів. Інтерактивні та мультимедійні курси іноземних мов. |
| 4 | Створення нумерованих і маркірованих списків. Настроювання параметрів сторінок. Створення колонтитулів. |
| 5 | Графічні зображення в текстових документах. |
| 6 | Таблиці в текстових документах. |
| 7 | Друк документів. Редактор формул. Практична робота № 1 «Робота з таблицями і зображеннями у текстових документах». |
| 8 | Перегляд документа. Стилі та їх використання. |
| 9 | Шаблони документів і робота з ними. Практична роботи № 2 «Використання стилів і шаблонів документа». |
| 10 | Макроси та їх використання. |
| 11 | Підсумковий урок з теми «Текстовий процесор». Практична робота №3 «Використання стилів і шаблонів документів». |
| 12 | Комп’ютерні презентації, їх призначення та класифікація. |
| 13 | Гіперпосилання та кнопки дій. Демонстрація презентації. |
| 14 | Відкриття, створення та збереження презентацій. Практична робота № 4 «Розробка слайдової презентації». |
| 15 | Дизайн та стильове оформлення презентацій. Робота зтекстовими написами та графічними зображеннями. |
| 16 | Анімаційні ефекти. Зміна слайдів. Практична робота №5 «Анімація в слайдових презентаціях». |
| 17 | Табличний процесор. Введення і редагування даних. |
| 18 | Копіювання, переміщення й видалення даних. Автозаповнення. |
| 19 | Форматування даних, комірок і діапазонів комірок. Практична робота № 6 «Введення даних і форматування таблиць в середовищі табличного процесора». |
| 20 | Виконання обчислень в електронних таблицях. Робота з формулами. Практична робота №7 «Використання формул в електронних таблицях». |
| 21 | Створення діаграм. |
| 22 | Сортуванняі фільтрація даних у таблицях. |
| 23 | Призначення і використання функцій. Практична робота №8 «Аналіз даних за допомогою функцій». |
| 24 | Проміжні підсумки та зведені таблиці. |
| 25 | Використання розширених фільтрів, проміжних підсумків та зведених таблиць. Практична робота № 9 «Фільтрація і обчислення підсумкових характеристик». |
| 26 | Графічний аналіз рядів даних. Практична робота №10 «Графічний аналіз рядів даних». |
| 27 | Умовне форматування даних. |
| 28 | Принципи функціонування електронної пошти. |
| 29 | Робота з електронною поштою через веб-інтерфейс. Практична робота № 11 «Електронне листування через веб-інтерфейс». |
| 30 | Робота з поштовим клієнтом. Практична робота № 12 «Електронне листування за допомогою поштового клієнта». |
| 31 | Правила безпеки та етикет електронного листування. |
| 32 | Миттєві повідомлення, принципи функціонування служби миттєвих повідомлень. |
| 33 | Робота в службах обміну миттєвими повідомленнями. Практична робота № 13 «Обмін миттєвими повідомленнями». |
| 34 | Форуми. Реєстрація та участь у обговореннях. Практична робота №14 «Спілкування на форумах та в чатах». |
| 35 | Повторення та узагальнення матеріалу, вивченого в 10 класі. |
| Вправи для зняття м’язового напруження і зорової втоми. |
2. Презентації. Розмір файлу архіву 11,4 Мб.
6. Музика. Четверта частина.
8. УкраїнкаКiлькiсть переглядiв: 5792
ГДЗ и решебники по информатике и ИКТ
ГДЗ и решебники по информатике и ИКТ 
com (впр-класс.ком) — готовые решения задач!У нас вы найдете много учебных материалов: решебники, ГДЗ, тестовые задания, видео уроки, генераторы задач, решения упражнений гиа и егэ.
| Расскажи друзьям vpr-klass или впр-класс Презентации Детские презентации Презентации по математике Презентации по астрономии Демо-варианты: Математика Русский язык Физика Обществознание Английский язык Информатика История Биология Химия Литература География Математика Русский язык | 1 класс 2 класс Горячев, Горина, Суворова Матвеева, Челак — рабочая тетрадь Рудченко, Семёнов Бененсон, Паутова Холодова 3класс Горячев, Горина, Суворова Матвеева, Челак — рабочая тетрадь Рудченко, Семенов Бененсон, Паутова Холодова 4 класс Горячев, Горина, Суворова Матвеева, Челак — рабочая тетрадь Рудченко, Семенов Бененсон, Паутова Холодова 5 класс Босова, Босов — рабочая тетрадь Босова, Босов — учебник Морзе, Барна, Вембер Ривкинд, Лысенко, Черникова, Шакотько — учебник Ривкинд, Лысенко, Черникова, Шакотько — раб.  тетрадьМакарова 5-6 кл 6 класс Босова, Босов — рабочая тетрадь Босова, Босов — учебник Морзе, Барна, Вембер Ривкинд, Лысенко, Черникова, Шакотько — учебник Ривкинд, Лысенко, Черникова, Шакотько — раб.тетрадь Макарова 5-6 кл 7 класс Босова, Босов — рабочая тетрадь Босова, Босов — учебник Заборовский Угринович Семакин, Залогова, Русаков, Шестакова Макарова 7-9 кл Гейн, Юнерман (ЧИТАТЬ УЧЕБНИК!) 8 класс Босова, Босов — рабочая тетрадь Босова, Босов — учебник Угринович Семакин, Залогова, Русаков, Шестакова Макарова 7-9 кл Гейн, Юнерман (ЧИТАТЬ УЧЕБНИК!) Меняйлова, Вербовиков — учебник 9 класс Босова, Босов — рабочая тетрадь Босова, Босов — учебник Угринович Семакин, Залогова, Русаков, Шестакова Макарова 7-9 кл Гейн, Юнерман (ЧИТАТЬ УЧЕБНИК!) Ривкинд, Лысенко, Черникова, Шакотько — учебник Заборовский, Лапо, Пупцев — учебник Куриленко — рабочая тетрадь 10 класс Угринович Семакин, Хеннер, Шеина Поляков, Еремин Макарова 10-11 кл Гейн, Ливчак (ЧИТАТЬ УЧЕБНИК!) Ривкинд, Лысенко, Черникова, Шакотько Заборовский, Пупцев — учебник Зарецкая, Гуржий — учебник Долинский — Решение слож.  и олим. задач по программ.11 класс Угринович Семакин, Хеннер, Шестакова Поляков, Еремин Макарова 10-11 кл Гейн, Ливчак (ЧИТАТЬ УЧЕБНИК!) Ривкинд, Лысенко, Черникова, Шакотько — учебник Заборовский, Пупцев — учебник Зарецкая, Гуржий — учебник Долинский — Решение слож. и олим. задач по программ. | Интересно Много разных решений Тесты ГИА онлайн. Видео — ГИА 2013: геометрия Видео — ГИА 2012 Видео — Демо-вариант 2012. Решение Демо-варианта 2013 года (2014 года). Задача №1, Вычислить. Задача №2, Числа и прямая. Задача №3, Сравнение чисел. Задача №4, Уравнения. Задача №5, Графики и формулы. Задача №6, Прогрессии. Задача №7, Упростить выражение. Задача №8, Неравенства, системы неравенств. Задача №9, Задания по геометрии. Генератор вариантов ГИА 2014 Много разных решений. Онлайн тесты. Видео уроки ЕГЭ по математике. Генератор вариантов ЕГЭ 2014 Книги, справочники Решение демо варианта ЕГЭ по математике 2014 Задания B1, задача. Задания B2, диаграммы. Задания B5, уравнения. Задания B8, производная. Задания B10, вероятность. Видео уроки |
Copyright © 2017 vpr-klass.com | Если какой-либо из материалов нарушает ваши авторские права, просим немедленно связаться с Администрацией!!! Наш e-mail: [email protected] | Правообладателям |
sitemap.xml
підручник інформатика 10 клас ривкінд 2018 гдз
ГДЗ Інформатика 10 клас Ривкінд академічний. Авторы:Ривкінд Й.Я., Лисенко Т.І., Чернікова Л.А. Издательство:Генеза, Киев. Год издания:2010. Язык обучения:Украинский. Відповіді до:Підручника (проф. рівень). Похожие ГДЗ и учебники. Відповіді Інформатика 10 клас Ривкінд (Станд). ГДЗ. учебник. Ответы к учебнику Информатика 10 класс Ривкинд академический — решебник.
Смотреть ГДЗ (решебник) онлайн: Розділ 1. ТЕКСТОВИЙ ПРОЦЕСОР.
Ривкінд. Практичні завдання з інформатики за підручником Й.Я. Ривкінда 2018 року. 30 видео 68 364 просмотра Обновлен 19 сент. 2020 г. Інформатика (рівень стандарту) : підруч. для 10(11) кл. закладів загальної середньої освіти / Й. Я. Ривкінд [та ін.]. — К.: Генеза, 2018. Ещё. Task Informatics. Task Informatics. Подписаться. 1.
Наш ГДЗ Інформатика 10 клас Й.Я. Ривкінд, Т.І. Лисенко, Л.А. Чернікова, В.В. Шакотько Академічний, профільний рівні можно открывать и через мобильные телефоны или планшеты. Вы сможете не только использовать решебники в качестве проверки своих знаний, а еще и как подстраховку для получения итоговой годовой отметки.
А з домашніми завданнями їм допоможе ГДЗ Інформатика 10 клас Ривкінд Лисенко Чернікова Шакотько Академічний рівень. У десятому класі всі хлопці та дівчата продовжують розбиратися з комп’ютерними програмами на уроках інформатики. А на академічному рівні навчання їх чекатимуть більш складні задачі та завдання.
З будь-якими труднощами допоможе впоратися ГДЗ Інформатика 10 клас Й.Я. Ривкінд, Т.І. Лисенко, Л.А. Чернікова, В.В. Шакотько Академічний, профільній Рівні 2010 року. 12 балів з інформатики. Навіщо користуватися ГДЗ? для цього можуть бути різні причини. Якщо ви пропустили кілька уроків в школі, то легко зможете надолужити пропущене.
ГДЗ, решебники, ответы 10 класс. ГДЗ, решебники, ответы 11 класс. Ответы Oxford Solutions. Автор: Ривкінд Й.Я., Лисенко Т.І., Чернікова Л.А., Шакотько В.В. Издательство: Генеза. Год: 2018. Язык: украинский. Содержание.
Готова домашня робота з інформатики для 10 класу. Рішення та відповіді до підручника з інформатики для 10 класу. Рівень стандарту. Й.Я. Ривкінд, Т.І. Лисенко, Л.А. Чернікова, В.В. Шакотько. 2010 рік. Переглянути підручник до цього ГДЗ. Проблема з готовим домашнім завданням? . Якщо шкільна програма в 10 класі передбачає вивчення інформатики на рівні стандарту за підручником Й.Я. Ривкінд, Т.І. Лисенко, то учням доведеться вивчити основи інтернет-технологій, основні програми, систему управління базами даних та інші важливі теми.
Проте на кожне складне завдання у решебнику є проста відповідь.
Готові домашні завдання — гдз Інформатика Й. Я. Рівкінд, Т. І. Лисенка, Л. А. Чернікова, В. В. Шакотько 10 клас доступне онлайн тільки на сайті GDZUA.ORG Вирішення домашнього завдання з предмету Інформатика — 10 Клас стало набагато простішим. Відтепер щоб перевірити рівень власних знань з Інформатика Й. Я. Рівкінд, Т. І. Лисенка, Л. А. Чернікова, В. В. Шакотько 10 клас, можна просто скористатись даним електронним посібником і звірити правильність розв’язання завдання. Вам більше не доведеться витрачати кошти на купівлю книжок з ГДЗ просто скористайтесь вище вказаним електронним посібником.
Підручники Домашні завдання Бібліотека Статті. Підручники▾. 1 клас. ▾. Англійська мова Буквар Іспанська мова Математика Мистецтво Музичне мистецтво Німецька мова Образотворче мистецтво Основи здоров’я Природознавство Російська мова Трудове навчання Українська мова Французька мова Я досліджую світ РІЗНЕ. Інформатика (рівень стандарту) : підручник для 10-го (11-го) класу. Ривкінд Й. та ін. Видавництво: Генеза. Рік: 2018. ISBN: PDF (електронна книга).
Новини. ГДЗ 10 клас Інформатика. ГДЗ Інформатика 10 клас В. В. Шакотько, Й. Я. Ривкінд, Л. А. Чернікова, Т. І. Лисенко 2010 . Рівень стандарту. показати обкладинку. Опис: Рівень стандарту. Рейтинг: 4.1. Оцініть книгу. Пов’язанний підручник. Розділи. Розділ 1. ТЕКСТОВИЙ ПРОЦЕСОР. ГДЗ Інформатика 10 клас. Автори:В. В. Шакотько, Й. Я. Ривкінд, Л. А. Чернікова, Т. І. Лисенко. Рік:2010. Опис:Академічний, профільний рівні. Найбільш популярні книги. показати обкладинку. ГДЗ Математика 5 клас. Автори:А. Г. Мерзляк, В. Б. Полонський, М. С. Якір, Ю. М. Рабінович. Рік:2013. Опис:Збірник задач і контрольних робіт. показати обкладинку. ГДЗ Географія 9 клас. Автори:В. М. Бойко, І. Л. Дітчук. Рік:2017.
Підручник з інформатики 10 клас Ривкінд ✅ Підручник з Інформатики для 10 (11) класу (рівень стандарту). ⭐ Ривкінд Й. Я. та інші 2018 р. ➨ Скачати. Підручник для 10 (11) класу закладів загальної середньої освіти.
Ривкінд Й. Я., Лисенко Т. І., Чернікова Л. А., Шакотько В. В. Київ. Видавництво «Генеза». 2018 р. Підручник Інформатика 10 (11) клас (рівень стандарту) Ривкінд 2018.
Електронну версію підручника «Інформатика (рівень стандарту)» підручник для 10 (11) класу (авт. Ривкінд Й. Я.; Лисенко Т. І.; Чернікова Л. А.; Шакотько В. В.)-2018 можна завантажити з сайту Інституту модернізації змісту освіти. VK. Facebook. Ніде. Обшукала весь Інтернет. Вони, мабуть, забули взагалі про ІНФОРМАТИКУ. Майже по всіх дисциплінах підручники повністю викладені, а нашого – немає!!!! Irina Samojlova.
Інформатика 10 клас. Підручник для загальноосвітніх навчальних закладів. Рівень стандарту/За загальною редакцією академіка НАН України М.З. Згуровського. — к., — 2010. Підручник розрахований на вивчення курсу інформатики в 10-х класах загальноосвітніх навчальних закладів на рівні стандарту. Зміст підручника, послідовність і глибина викладення матеріалу повністю відповідають змісту та вимогам державної програми вивчення предмета.
Підручник складається з 4 розділів, кожний з яких поділено на кілька пунктів.
Назва: Підручник «Інформатика 10(11) клас» (Рівень стандарту) (2018 рік). Автори: Ривкінд Й. Я., Лисенко Т. І., Чернікова Л. А., Шакотько В. В. Видавництво: Генеза. Розробка уроку інформатики в 10(11) класі за підручником Й.Я. Ривкінд (Рівень стандарту), базовий модуль (2018 рік). В архіві: — план-конспект уроку на тему: «Проблеми інформаційної безпеки. Загрози при роботі в Інтернеті і їх уникнення» — навчальна презентація; — тести для поурочного контролю (формат файлу .mtf для тестування в програмі MyTest X). 10 клас Ривкінд 2018 | Переглядів: 3775 | Завантажень: 977 | Додав: Admin | Дата: 01.09.2018 | (5).
Назва: Підручник «Інформатика 10(11) клас» (Рівень стандарту)(2018 року) Автори: Й. Я. Ривкінд, Т. І. Лисенко, Л. А. Чернікова, В. В. Шакотько Видавництво: Освіта Мова: українська Сторінок: 1-144 Рік: 2018. УВАГА! Ви маєте право використовувати матеріали та комплекти уроків тільки для навчальних цілей і не маєте права на розповсюдження, продаж, а також використання матеріалів з сайту grigorenko-sv.
pp.ua у інших комерційних цілях.
Підручник «Інформатика 10(11) клас» (рівень стандарту) Й.Я. Ривкінд та ін. 2018 рік. Назва: Підручник «Інформатика 10(11) клас» (Рівень стандарту) (2018 рік). Автори: Ривкінд Й. Я., Лисенко Т. І., Чернікова Л. А., Шакотько В. В. Видавництво: Генеза. Мова: українська Рік: 2018. Формат: pdf. Розмір: 14 Мб. 10 клас (з 2018 н.р.) | Переглядів:2305 | Завантажень:851 | Додав:vchytel-inf | Дата:31.07.2018 | Коментарі (0)|. Урок №1 інформація, повідомлення, дані, інформаційні процеси, інформаційні системи як важливі складники сучасного суспільств.
Назва: Підручник “Інформатика 10(11) клас” (Рівень стандарту)(2018 року) Автори: Й. Я. Ривкінд, Т. І. Лисенко, Л. А. Чернікова, В. В. Шакотько Видавництво: Освіта Мова: українська Сторінок: 1-144 Рік: 2018. Завантажити. Posted in 10 клас, 11 клас, Інформатика, Підручники. Навігація записів. Підручник “Інформатика 8 клас” Й.Я. Ривкінд та ін. Вітаємо переможців обласних олімпіад з історії та правознавства! Вітаємо з прийдешнім Днем вчителя!
Підручник з інформатики 10-го класу допоможе розібратися в таких складних розділах як: текстовий процесор, комп’ютерні презентації, системи опрацювання даних поданих у таблицях, служби інтернету.
Загрузка. Інформатика 10 клас Ривкінд Й.Я. /publ/10_klas/informatika/informatika_10_klas_rivkind_prof/156-1-0-294. Форма входу. Унікальні пропозиції.
ГДЗ для 10 класу за новоюпрограмою 2018 вміщає в собі 52 гдз-посібника. Це відповіді до лабораторних, контрольних, практичних робіт. Готові домашні завдання ГДЗ з англійської мови (нова програма) 10 клас Карпюк О.Д. 2018 рік. 1219445 Читати. ГДЗ Англійська мова (Несвіт) 10 клас. Готові домашні завдання за підручником «Англійська мов» 10 клас Алли Несвіт. 151102 Читати. ГДЗ Математика (Бевз) 10 клас Нова програма. У житті бувають ситуації, коли існує необхідність знайти достатньо застарілі навчальні матеріали, звичайно в цьому винні вчителі ретрогради, але з ними ми нічого вдіяти не можемо.
1. Інформатика Ривкінд Й. Я., Лисенко Т. І., Чернікова Л. А., Шакотько В. В. «Інформатика (рівень стандарту)» підручник для 10 (11) класу закладів загальної середньої освіти. 2. 3 шановні десятикласниці та десятикласники! Уже протягом кількох років ви вивчаєте інформатику.
За цей час ви ознайомилися зі значною кількістю системних і прикладних програм, навчилися застосовувати різноманітні інформаційні технології у своїй діяльності. У 10-му класі ви продовжите вивчати основи інформатики.
Rule.School — це веб-сайт з готовими домашніми завдання для всіх і кожного. У даному матеріалі Ви можете ознайомитись з готовим домашнім завданням до підручника для закладів загальної середньої освіти з інформатики 5 клас. Видавництво «Оріон» Київ. Автори підручника: Морзе Н.В., Барна О.В., Вембер В.П., Кузьмінська О.Г. Рік видання 2018. Нова програма 2018 року. (Відповіді / ГДЗ / Ответы / Решебник). 8-02-2021, 19:30, 5 Клас / Інформатика, 186, 0. Читати далі. GDZ Informatika 5 forma.
Інформатика. Підручник для 10 (11) класу закладів загальної середньої освіти. (Рівень стандарту). • Автор: Й.Я.Ривкінд, Т.І.Лисенко, Л.А.Чернікова, В.В.Шакотько • Видавництво: «Генеза» • Рік видання: 2018 • Сторінок: 144 • Формат файлу: pdf. Шановні старшокласниці та старшокласники! Уже протягом кількох років ви вивчаєте інформатику.
За цей час ви ознайомилися зі значною кількістю системних і прикладних програм, навчилися застосовувати різноманітні інформаційні технології у своїй діяльності. У 10-11-му класах ви продовжите вивчати основи інформатики.
учебники, ГДЗ, учебные пособия, справочная литература
Математика
Биология
Литература
Русский язык
География
Физика
Химия
История
Английский
Информатика
География
Информатика
учебникиГДЗтесты и ГИАдля учителя
- Интернет-версия пособия «Информатика» для 10-11 классов. Книга 1. Шауцукова Л.З.
- Интернет-версия пособия «Информатика» для 10-11 классов. Книга 2. Шауцукова Л.З.
- Информатика — 10-11 класс — Книга 1 — Шауцукова Л.З.
- Информатика — 7-11 класс — Гаевский А.Ю.
- Информатика — Учебное пособие для 7-11 классов — Гаевский А.Ю. — 2006
- Информатика 10 — 11. Книга 2 — Шауцукова Л.З.
- Информатика и ИКТ, 10 класс, Базовый и профильный уровни, Гейн А.
Г., Ливчак А.Б., 2012 - Информатика и ИКТ, 10 класс, Базовый уровень, Макарова Н.В., 2009
- Информатика и ИКТ, 10 класс, Базовый уровень, Угринович Н.Д., 2009
- Информатика и ИКТ, 10 класс, Базовый уровень, Угринович, 2009
- Информатика и ИКТ, 10 класс, Профильный уровень, Поляков К.Ю., Шестаков А.П., Еремин Е.А., 2011
- Информатика и ИКТ, 10 класс, Профильный уровень, Угринович Н.Д., 2008
- Информатика и ИКТ, 10-11 класс, Базовый уровень, Практикум, Семакин И.Г., Хеннер Е.К., Шеина Т.Ю., 2011
- Информатика и ИКТ, 10-11 класс, Семакин И.Г., Хеннер Е.К., 2012
- Информатика и ИКТ, Базовый уровень, 10 класс, Угринович Н.Д., 2009
- Информатика и ИКТ, Базовый уровень, 10-11 класс, Семакин И.Г., Хеннер Е.К., 2012
- Информатика и ИКТ, базовый уровень, практикум для 10-11 классов, Семакин И.Г., Хеннер Е.К., Шеина Т.Ю., 2011
- Информатика и ИКТ, базовый уровень, учебник для 10 класса, Угринович Н.Д., 2009
- Информатика и ИКТ, базовый уровень, учебник для 10-11 классов, Семакин И. Г., Хеннер Е.К., 2009
- Информатика и ИКТ, Базовый уровень, Учебник для 10-11 классов, Семакин И.Г., Хеннер Е.К., 2009
- Информатика и ИКТ, Профильный уровень, 10 класс, Угринович Н.Д., 2008
- Информатика и ИКТ, учебник для 10 класса общеобразовательных учреждений, базовый и профил. уровни, Гейн А.Г., Ливчак А.Б., Сенокосов А.И., Юнерман Н.А., 2012
- Информатика и информационные технологии — Учебник для 10-11 классов — Угринович Н.Д. — 2003
- Информатика, 10 класс, Базовый уровень, Семакин И.Г., Хеннер Е.К., Шеина Т.Ю., 2015
- Информатика, 10 класс, Заборовский Г.А., Пупцев А.Е., 2011
- Информатика, 10 класс, Ривкинд И.Я., Лысенко Т.И., Черникова Л.А., 2010
- Информатика, 10 класс, Углублённый уровень, Часть 1, Поляков К.Ю., Еремин Е.А., 2013
- Информатика, 10 класс, Углубленный уровень, Часть 1, Семакин И.Г., Шеина Т.Ю., Шестакова Л.В., 2014
- Информатика, 10 класс, Углублённый уровень, Часть 2, Поляков К.Ю., Еремин Е.А., 2013
- Информатика, 10 класс, Углубленный уровень, Часть 2, Семакин И. Г., Шеина Т.Ю., Шестакова Л.В., 2014
- Информатика, 10-11 класс, Базовый уровень, Методическое пособие, Хлобыстова И.Ю., Цветкова М.С., 2013
- Информатика, 10-11 класс, Программа для старшей школы, Базовый уровень, Семакин И.Г., 2015
- Информатика, 10-11 класс, Программа для старшей школы, Углубленный уровень, Семакин И.Г., 2015
- Информатика, 10-11 класс, Углубленный уровень, Методическое пособие, Самылкина Н.Н., 2013
- Информатика, 10-11 класс, Углубленный уровень, Практикум, Часть 1, Семакин И.Г., Шеина Т.Ю., Шестакова Л.В., 2013
- Информатика, 10-11 класс, Углубленный уровень, Практикум, Часть 2, Семакин И.Г., Шеина Т.Ю., Шестакова Л.В., 2013
- Информатика, 10-11 класс, Учебник, Гейн А.Г., Сенокосов А.И., Юнерман Н.А., 2005
- Информатика, 2-11 класс, Программы для образовательных организаций, Бородин М.Н., 2015
- Информатика, 2-11 классы, Внеклассные мероприятия, Неделя информатики, Куличкова А.Г., 2015
- Информатика, Программы для образовательных организаций, 2-11 класс, Бородин M. Н., 2015
- Информатика, Программы для образовательных организаций, 2-11 класс, Бородин М.Н., 2015
- Информатика, программы для общеобразовательных учреждений, 2-11 классы, методическое пособие, Бородин М.Н., 2010
- Информатика, Углублённый уровень, Учебник для 10 класса, В 2 частях, Часть 1, Поляков К.Ю., Еремин Е.А., 2013
- Информатика, Углублённый уровень, Учебник для 10 класса, В 2 частях, Часть 2, Поляков К.Ю., Еремин Е.А., 2013
- Поурочные разработки по информатике, Базовый уровень, 10-11 класс, Шелепаева А.Х., 2009
- Увлекательная информатика, 5-11 класс, Владимирова Н.А., 2015
Г., Ливчак А.Б., 2012
Г., Хеннер Е.К., 2009
Г., Шеина Т.Ю., Шестакова Л.В., 2014
Н., 2015- ГДЗ по информатике для 10 класса 2014 к «Учебник по информатике за 10 класс, Поляков К.Ю., Еремин Е.А.»
- Информатика, 10 класс, Ответы к задачам, Поляков К.Ю., Еремин Е.А., 2014
- Решение сложных и олимпиадных задач по программированию — Учебное пособие — Долинский М.С. — 2006
- Информатика в примерах и задачах, 10-11 класс, Казиев В. М., 2007
- Информатика и ИКТ — Задачник по моделированию — 9-11 класс — Базовый уровень — Под ред. Макаровой Н.В.
- Информатика и ИКТ, 10-11 класс, Задачник-практикум, Гейн А.Г., 2010
- Информатика и ИКТ, 10-11 класс, Часть 1, Профильный уровень, Фиошин М.Е., Ресин А.А., Юнусов С.М., 2008
- Информатика и ИКТ, 10-11 класс, Часть 2, Профильный уровень, Фиошин М.Е., Ресин А.А., Юнусов С.М., 2008
- Информатика и ИКТ, Биология, 10 класс, Диагностическая работа, Спецификация, 2016
- Информатика и ИКТ, задачник-практикум, 10 11 классы, базовый и профильный уровни, Гейн А.Г., 2010
- Информатика и ИКТ, задачник-практикум, в 2 томах Том 1, Залогов Л.А., Семакин И.Г., Хеннер Е.К., 2011
- Информатика и ИКТ, задачник-практикум, в 2 томах Том 2, Залогова Л.А., Семакин И.Г., Хеннер Е.К., 2011
- Информатика и ИКТ, Тематические тесты, 10 класс, Гейн А.Г., 2010
- Итоговые тесты по информатике для 10-11 классов, Кошелев, 2007
- Итоговые тесты по информатике, 10-11 классы, Кошелев М. В., 2007
- Тесты — Информатика и информационные технологии. 6 — 11 классы — Анеликова Л.А
- Экспресс-подготовка к экзамену, Информатика, 9-11 класс, 2006
М., 2007
В., 2007- Информатика и ИКТ, 10-11 класс, Программа курса, Фиошин М.Е., Ресин А.А., Юнусов С.М.
- Информатика, 10 класс, Поурочное планирование, 140 часов, Поляков К.Ю., Шестаков А.П., Еремин Е.А., 2010
- Информатика, 10-11 класс, Поурочные планы по учебникам Семакина И.Г., Угриновича Н.Д., 2009
- Информатика, 2-11 класс, Программы для общеобразовательных учреждений, Бородин М.Н., 2010
- Презентация — Компьютерные презентации — Урок информатики — 10 класс
- Программы для общеобразовательных учреждений — Информатика — 2-11 классы — Семакин И.Г.
- Тематический план по информатике — 10 класс — 2010 — 2011 учебный год
Напишите нам
Профиль Рона Дрора | Stanford Profiles
Адъюнкт-профессор компьютерных наук и, любезно, молекулярной и клеточной физиологии и структурной биологии
- Распечатать профиль
- Профиль электронной почты
- Посмотреть профиль только для Стэнфорда
Меню вкладок
- Био
- Исследования и стипендии
- Преподавание
- Публикации
Bio
Рон Дрор — адъюнкт-профессор компьютерных наук Стэнфордской лаборатории искусственного интеллекта.
Доктор Дрор возглавляет исследовательскую группу, которая использует молекулярное моделирование и машинное обучение для выяснения биомолекулярной структуры, динамики и функции, а также для руководства разработкой более эффективных лекарств. Он активно сотрудничает с экспериментаторами как в научных кругах, так и в промышленности.
До переезда в Стэнфорд доктор Дрор был заместителем руководителя D. E. Shaw Research, компании со штатом из ста человек, присоединившись к ней в качестве первого сотрудника. Он разработал компьютерное оборудование, программное обеспечение и алгоритмы, которые на порядки ускоряют моделирование молекулярной динамики, и применил эти моделирования к изучению функции белка, его сворачиванию и взаимодействию белок-лекарство.
Доктор Дрор получил докторскую степень в области электротехники и компьютерных наук в Массачусетском технологическом институте, где он разработал методы машинного обучения для компьютерного зрения и геномики. Он получил степень магистра биологических наук в качестве стипендиата Черчилля в Кембриджском университете, а также степень бакалавра в области математики, электротехники и вычислительной техники в Университете Райса с отличием.
Он был награжден стипендией Фулбрайта и стипендиями Национального научного фонда, Министерства обороны и Фонда Уитакера, а также двумя премиями Гордона Белла и несколькими наградами за лучшую работу. Его работа была отмечена журналом Science как топ-10 прорывов года.
Академические назначения
Ассоциированный профессор компьютерных наук
Ассоциированный профессор (любезно), Молекулярная и клеточная физиология
Доцент (любезно), структурная биология
Участник, Био-Х
Филиал факультета Института человекоориентированного искусственного интеллекта (HAI)
Член Института вычислительной и математической инженерии (ICME)
Научный сотрудник Сарафанской ЧЭМ-Н
Член Института неврологии Ву Цай
Почетные звания и награды
Награда за лучшую статью, Конференция по системам обработки нейронной информации (NeurIPS), Наборы данных и контрольные показатели (2021)
Стипендиат факультета Рави, Стэнфордский университет (2018)
Приз Гордона Белла (исполнение), ACM (2014)
Награда за лучшую статью, Международный симпозиум по параллельной и распределенной обработке (2013 г.
)Награда за лучшую статью, Конференция ACM/IEEE по суперкомпьютерам (SC11) (2011)
10 лучших прорывов года, журнал Science (2010)
Награда за лучшую работу, Конференция ACM/IEEE по суперкомпьютерам (SC09) (2009 г.))
Приз Гордона Белла (Особое достижение), ACM (2009)
Представлено в статье «Выпускники EECS: основные игроки и мыслители», Департамент электротехники и компьютерных наук Массачусетского технологического института (2009 г.)
Награда за лучшую статью, Конференция ACM / IEEE по суперкомпьютерам (SC06) (2006)
)Текущие исследования и научные интересы
Исследования моей лаборатории сосредоточены на вычислительной биологии с упором на трехмерную молекулярную структуру. Мы объединяем два подхода: (1) Восходящий: учитывая базовую физику, управляющую атомными взаимодействиями, используем моделирование для предсказания молекулярного поведения; (2) Сверху вниз: используя экспериментальные данные, используйте машинное обучение для предсказания молекулярных структур и свойств.
Мы тесно сотрудничаем с экспериментаторами и применяем наши методы для открытия более безопасных и эффективных лекарств.
2022-23 Курсы
- Вычислительная биология в четырех измерениях
БИОМЕДИН 371 (Win) - Вычислительная биология: структура и организация биомолекул и клеток
BIOE 279, BIOMEDIN 279, BIOPHYS 279, CME 279, CS 279 (Aut) - Независимые исследования (20)
- Advanced Reading and Research
CS 499 (Aut, Win, Spr, Sum) - Advanced Reading and Research
CS 499P (Aut, Win, Spr) - Учебная практика
CS 390A (Aut, Win, Sum) - Учебная практика
CS 390B (Aut, Win) - Направленное чтение и исследования
БИОМЕДИН 299 (август) - Направленное чтение по биофизике
BIOPHYS 399 (Aut, Win, Spr, Sum) - Directed Reading in Neurosciences
NEPR 299 (Aut, Win) - Направленное исследование
BIOE 391 (Aut) - Высшее исследование
БИОФИЗ 300 (авт, победа, весна, сумма) - Независимый проект
CS 399 (Aut, Win, Spr, Sum) - Независимый проект
CS 399P (Aut, Win, Spr, Sum) - Независимая работа
CS 199 (Aut, Win, Spr) - Независимая работа
CS 199P (Aut, Win, Spr) - Исследования ученых-медиков
БИОМЕДИН 370 (Win) - Заочная учебная практика
CS 390D (Aut, Win) - к. т.н. Исследование
CME 400 (авто, победа) - Практическое обучение
APPPHYS 291 (Aut) - Исследования
ФИЗИКА 490 (авт.) - Senior Project
CS 191 (Aut, Win, Spr) - Интенсивный исследовательский проект для старшеклассников по письму
CS 191W (Aut, Win, Spr)
- Advanced Reading and Research
- Курсы предыдущего года
2021-22 Курсы
- Вычислительная биология: структура и организация биомолекул и клеток
BIOE 279, BIOMEDIN 279, BIOPHYS 279, CME 279, CS 279 (авт.) - Семинар по искусственному интеллекту в здравоохранении
CS 522 (Aut)
2020-21 Курсы
- Вычислительная биология: структура и организация биомолекул и клеток
BIOE 279, BIOMEDIN 279, BIOPHYS 279, CME 279, CS 279 (Aut) - Семинар по искусственному интеллекту в здравоохранении
CS 522 (Aut)
2019-20 Курсы
- Вычислительная биология: структура и организация биомолекул и клеток
BIOE 279, BIOMEDIN 279, BIOPHYS 279, CME 279, CS 279 (Aut) - Семинар по искусственному интеллекту в здравоохранении
CS 522 (Aut)
- Вычислительная биология: структура и организация биомолекул и клеток
т.н. Исследование Консультанты Стэнфорда
- Читатель докторской диссертации (AC)
Алекс Дерри, Бен Паркс - Спонсор постдокторского факультета
Дениз Айдын, Карл-Микаэль Суомивуори, Чжию Чжао - Советник докторской диссертации (AC)
Маша Карелина, Алекс Пауэрс - Советник магистерской программы
Нандини Найду, Райан Тран - Старший советник бакалавриата
Кларисса Хокиа - Докторантура (программа)
Джо Пагги, Патрисия Суриана
Программы магистратуры и стипендий
Биомедицинская информатика (докторская программа)
Биофизика (аспирантура)
Молекулярная и клеточная физиология (докторская программа)
Нейронауки (докторская программа)
Структурная биология (докторская программа)
Все публикации
- Геометрическое глубокое изучение структуры РНК. Science (Нью-Йорк, штат Нью-Йорк) Тауншенд Р.Дж., Эйсманн С., Уоткинс А.М., Ранган Р., Карелина М., Дас Р., Дрор Р.О.
2021; 373 (6558): 1047-1051
Abstract
Молекулы РНК приобретают трехмерные структуры, которые имеют решающее значение для их функций и представляют интерес для разработки лекарств. Однако известно немного структур РНК, и их предсказание с помощью вычислений оказалось сложной задачей. Мы представляем подход машинного обучения, который позволяет идентифицировать точные структурные модели без предположений об их определяющих характеристиках, несмотря на то, что мы обучались только с 18 известными структурами РНК. Полученная в результате функция подсчета очков, атомарный вращательно-эквивариантный счетчик (ARES), существенно превосходит предыдущие методы и неизменно дает наилучшие результаты в задачах слепого прогнозирования структуры РНК в масштабах всего сообщества. Эффективно обучаясь даже на небольшом количестве данных, наш подход преодолевает основные ограничения стандартных глубоких нейронных сетей.
Поскольку он использует только атомные координаты в качестве входных данных и не включает информацию, специфичную для РНК, этот подход применим к различным проблемам структурной биологии, химии, материаловедения и других областей.См. подробности для DOI 10.1126/science.abe5650
Посмотреть подробности для PubMedID 34446608
- Как паттерны фосфорилирования GPCR управляют передачей сигналов, опосредованной аррестином. Сотовый Латоррака, Н. Р., Мазурел, М., Холлингсворт, С. А., Хейденрайх, Ф. М., Суомивуори, К., Бринтон, К., Таунсенд, Р. Дж., Бувье, М., Кобилка, Б. К., Дрор, Р. О.
2020
Abstract
Связывание аррестина с фосфорилированными рецепторами, связанными с G-белками (GPCRs), контролирует многие аспекты клеточной передачи сигналов. Количество и расположение фосфатов могут существенно различаться для данного GPCR, и разные паттерны фосфорилирования вызывают разные эффекты, опосредованные аррестином.
Здесь мы определяем, как фосфорилирование GPCR влияет на поведение аррестина, используя моделирование на атомном уровне и сайт-направленную спектроскопию, чтобы выявить влияние паттернов фосфорилирования на связывание и конформацию аррестина. Мы обнаружили, что паттерны, благоприятствующие связыванию, отличаются от паттернов, благоприятствующих конформационным изменениям, связанным с активацией. И связывание, и конформация больше зависят от расположения фосфатов, чем от их общего количества, при этом фосфорилирование в разных положениях иногда оказывает противоположное действие. Паттерны фосфорилирования избирательно благоприятствуют большому разнообразию конформаций аррестина, по-разному влияя на сайты аррестина, участвующие в создании каркасов различных сигнальных белков. Мы также раскрываем молекулярные механизмы этих явлений. Наша работа раскрывает структурную основу давней гипотезы «штрих-кода» и имеет важное значение для разработки функционально селективных препаратов, нацеленных на GPCR.Посмотреть подробности для DOI 10.1016/j.cell.2020.11.014
Посмотреть подробности для PubMedID 33296703
- Молекулярный механизм предвзятой передачи сигналов в прототипе рецептора, связанного с G-белком. Science (Нью-Йорк, штат Нью-Йорк) Суомивуори, К., Латоррака, Н.Р., Винглер, Л.М., Эйсманн, С., Кинг, М.С., Кляйнхенц, А.Л., Скиба, М.А., Стаус, Д.П., Крузе, А.С., Лефковиц, Р.Дж., Дрор, Р.О.
2020; 367 (6480): 881–87
Abstract
Предвзятая передача сигналов, при которой разные лиганды, связывающиеся с одним и тем же рецептором, связанным с G-белком, предпочтительно запускают разные сигнальные пути, открывает большие перспективы для разработки более безопасных и эффективных лекарств. Однако его структурный механизм остается неясным, что затрудняет разработку лекарств с желаемыми сигнальными профилями. Здесь мы используем обширное моделирование молекулярной динамики на атомном уровне, чтобы определить, как смещение аррестина и смещение G-белка возникает на рецепторе ангиотензина II типа 1.
Рецептор принимает две основные сигнальные конформации, одна из которых соединяется почти исключительно с аррестином, тогда как другая также эффективно соединяется с G-белком. Аллостерическая сеть дальнего действия позволяет лигандам во внеклеточном связывающем кармане поддерживать любую из двух внутриклеточных конформаций. Руководствуясь этим компьютерно определенным механизмом, мы разработали лиганды с желаемыми сигнальными профилями.См. подробности для DOI 10.1126/science.aaz0326
Посмотреть подробности для PubMedID 32079767
- Сквозное изучение трехмерной структуры белка для прогнозирования интерфейса. Достижения в области нейронных систем обработки информации Конференция по системам обработки нейронной информации (NeurIPS) Таунсенд Р., Беди Р., Суриана П., Дрор Р. О. 2019: 15642–15651
- Формирование скрытых карманов лежит в основе селективности аллостерических модуляторов к мускариновым GPCR. Связь с природой Холлингсворт, С. А., Келли, Б. н., Валант, К. н., Михаэлис, Дж. А., Мастромихалис, О. н., Томпсон, Г. н., Венкатакришнан, А. Дж., Хертиг, С. н., Скаммеллс, П. Дж. , Секстон П.М., Фелдер С.С., Кристопулос А.Н., Дрор Р.О.
2019; 10 (1): 3289
Abstract
Аллостерические модуляторы очень желательны в качестве лекарственных средств, особенно для мишеней рецептора, связанного с G-белком (GPCR), поскольку аллостерические лекарственные средства могут достигать селективности между близкородственными рецепторами. Однако механизмы, с помощью которых аллостерические модуляторы достигают селективности, остаются неясными, особенно учитывая недавние структуры, которые обнаруживают сходные аллостерические сайты связывания между рецепторами. Здесь мы показываем, что положительные аллостерические модуляторы (PAM) мускаринового ацетилхолинового рецептора M1 (mAChR) достигают исключительной селективности, занимая динамический карман, отсутствующий в существующих кристаллических структурах.
Этот загадочный карман формируется гораздо чаще при моделировании молекулярной динамики M1 mAChR, чем при моделировании других mAChR. Эти наблюдения согласовывают данные о мутагенезе, которые ранее казались противоречивыми. Дальнейшие эксперименты по мутагенезу подтверждают наш прогноз о том, что предотвращение открытия криптических карманов снижает аффинность M1-селективных PAM. Наши результаты указывают на возможность разработки подтип-специфических лекарств, использующих скрытые карманы, которые открываются в определенных рецепторах, но не в других рецепторах с почти идентичными статическими структурами.Посмотреть подробности для DOI 10.1038/s41467-019-11062-7
Посмотреть подробности для PubMedID 31337749
- Молекулярный механизм GPCR-опосредованной активации аррестина ПРИРОДА Латоррака, Н. Р., Ван, Дж. К., Бауэр, Б., Тауншенд, Р. Л., Холлингсворт, С. А., Оливьери, Дж. Э., Сюй, Х., Соммер, М. Э., Дрор, Р. О.
2018; 557 (7705): 452-+
Abstract
Несмотря на интенсивный интерес к открытию препаратов, которые заставляют рецепторы, связанные с G-белком (GPCRs), избирательно стимулировать или блокировать передачу сигналов аррестина, структурный механизм рецептор-опосредованной активации аррестина остается неясным1,2.
Здесь мы раскрываем этот механизм посредством обширного моделирования аррестина на атомном уровне. Мы обнаружили, что трансмембранное ядро и цитоплазматический хвост рецептора, которые связываются с различными поверхностями на аррестине, могут каждый независимо стимулировать активацию аррестина. Мы подтверждаем эту непредвиденную роль ядра рецептора и аллостерическую связь между этими удаленными поверхностями аррестина с помощью сайт-направленной флуоресцентной спектроскопии. Эффект ядра рецептора на конформацию аррестина опосредован в первую очередь взаимодействиями внутриклеточных петель рецептора с телом аррестина, а не заметной перестройкой пальцевых петель, которая наблюдается при связывании с рецептором. В отсутствие рецептора аррестин часто принимает активные конформации, когда его собственный С-концевой хвост отсоединяется, что может объяснить, почему некоторые аррестины остаются активными долгое время после диссоциации рецептора. Наши результаты, которые предполагают, что различные способы связывания рецепторов могут активировать аррестин, обеспечивают структурную основу для разработки функционально селективных («предвзятых») лигандов, нацеленных на GPCR, с желаемыми эффектами на передачу сигналов аррестина.Посмотреть подробности для PubMedID 29720655
- Сигнальные снимки серотонинового рецептора, активированного прототипом психоделического ЛСД. Нейрон Цао, К., Баррос-Альварес, X., Чжан, С., Ким, К., Дамген, М. А., Панова, О., Суомивуори, К., Фэй, Дж. Ф., Чжун, X., Крамм, Б. Э., Гумпер , R.H., Seven, A.B., Robertson, M.J., Krogan, N.J., Huttenhain, R., Nichols, D.E., Dror, R.O., Skiniotis, G., Roth, B.L.
2022
Аннотация
Серотонин (5-гидрокситриптамин [5-HT]) Рецепторы семейства 5-HT2 представляют собой важные мишени для диэтиламида лизергиновой кислоты (ЛСД) и всех других психоделических препаратов. Хотя основные эффекты психоделических препаратов опосредованы серотониновым рецептором 5-HT2A (HTR2A), серотониновый рецептор 5-HT2B (HTR2B) использовался в качестве модельного рецептора для изучения механизмов активации психоделических препаратов из-за его высокой экспрессии и сходства. к HTR2A. В этом исследовании мы определили крио-ЭМ структуры связанного с ЛСД HTR2B в состоянии без преобразователя, в состоянии, связанном с Gq-белком, и в состоянии, связанном с бета-аррестином-1.
Эти структуры обеспечивают отчетливые сигнальные снимки действия ЛСД, начиная от частично активного состояния без преобразователя и заканчивая полностью активным состоянием, связанным с преобразователем. Выводы из этого исследования обеспечат всестороннее молекулярное понимание сигнальных механизмов прототипа психоделического ЛСД и ускорят открытие новых психоделических препаратов.См. подробности для DOI 10.1016/j.neuron.2022.08.006
Посмотреть подробности для PubMedID 36087581
- Имитация аутоантител действия гормонов на рецептор тиротропина. Природа Фауст Б., Биллесбёлле С.Б., Суомивуори С.М., Сингх И., Чжан К., Хоппе Н., Пинто А.Ф., Дидрих Дж.К., Муфтуоглу Ю., Шкудлински М.В., Сагателян А., Дрор Р.О., Ченг Ю., Манглик А.
2022
Аннотация
Гормоны щитовидной железы жизненно важны для обмена веществ, роста и развития1. Синтез гормонов щитовидной железы контролируется тиреотропином (ТТГ), который действует на рецептор тиротропина (ТТГР)2.
Аутоантитела, которые активируют ТТГ, патологически повышают уровень тиреоидных гормонов при болезни Грейвса3. Остается неясным, как аутоантитела имитируют функцию ТТГ. Мы определили криогенно-электронную микроскопию структур активного и неактивного TSHR. В неактивном TSHR внеклеточный домен расположен близко к бислою мембраны. ТТГ выбирает вертикальную ориентацию внеклеточного домена из-за стерических столкновений между консервативным гормоном гликаном и бислоем мембраны. Активирующее аутоантитело от пациента с болезнью Грейвса выбирает аналогичную вертикальную ориентацию внеклеточного домена. Переориентация внеклеточного домена вызывает конформационные изменения в семи трансмембранном домене посредством консервативного шарнирного домена, связанного пептидного агониста и фосфолипида, который связывается внутри семи трансмембранного домена. Вращение внеклеточного домена TSHR относительно бислоя мембраны достаточно для активации рецептора, обнаруживая общий механизм для других рецепторов гликопротеиновых гормонов, который также может распространяться на другие рецепторы, связанные с G-белком, с большими внеклеточными доменами.Посмотреть подробности для DOI 10.1038/s41586-022-05159-1
Посмотреть подробности для PubMedID 35
5 - Крио-ЭМ, белковая инженерия и моделирование позволяют разрабатывать пептидные препараты для лечения острого миелоидного лейкоза. ACS центральная наука Чжан, К., Хорикоши, Н., Ли, С., Пауэрс, А.С., Хамиди, М.А., Пинтили, Г.Д., Че, Х., Хан, Ю.А., Суомивуори, К., Дрор, Р.О., Сакамото, К.М., Чиу , В., Вакацуки, С.
2022 г.; 8 (2): 214-222
Abstract
Криогенная электронная микроскопия (крио-ЭМ) стала жизнеспособным структурным инструментом для разработки молекулярной терапии болезней человека. Тем не менее, остается сложной задачей определение структур гибких белков размером менее 30 кДа. Домен KIX размером 11 кДа CREB-связывающего белка (CBP), потенциальной терапевтической мишени при остром миелоидном лейкозе и других видах рака, представляет собой белок, который не поддается структурному дизайну ингибитора.
Здесь мы разрабатываем экспериментальный подход для преодоления ограничения по размеру путем создания двойной оболочки белка, чтобы разместить домен KIX между апоферритином в качестве внутренней оболочки и белком, связывающим мальтозу, в качестве внешней оболочки. Чтобы способствовать однородной ориентации мишени, дисульфидные связи вводятся на границе раздела мишень-апоферритин, что приводит к крио-ЭМ структуре с разрешением 2,6 Å. Мы использовали моделирование молекулярной динамики для разработки пептидов, которые блокируют взаимодействие домена KIX CBP с внутренне неупорядоченным доменом pKID CREB. Конструкция с двойной оболочкой позволяет проводить анализы поляризации флуоресценции, подтверждающие связывание между доменом KIX в двойной оболочке и этими взаимодействующими пептидами. Дальнейший крио-ЭМ анализ выявляет взаимодействие спираль-спираль между одной спиралью KIX и лучшим пептидом, обеспечивая возможную стратегию разработки ингибиторов следующего поколения.Посмотреть подробности для DOI 10.
1021/acscentsci.1c01090Посмотреть подробности для PubMedID 35233453
- Структурные основы канальной проводимости в насосоподобном канале родопсина ChRmine. Сотовый Киши К.Э., Ким Ю.С., Фукуда М., Иноуэ М., Кусакизако Т., Ван П.Ю., Рамакришнан К., Бирн Э.Ф., Тадхани Э., Пагги Дж.М., Мацуи Т.Е., Ямасита , К., Нагата, Т., Конно, М., Куирин, С., Ло, М., Бенстер, Т., Уэмура, Т., Лю, К., Сибата, М., Номура, Н., Ивата , С., Нуреки, О., Дрор, Р. О., Иноуэ, К., Дейссерот, К., Като, Х. Э.
1800
Abstract
ChRmine, недавно обнаруженный насосоподобный катионопроводящий каналродопсин, проявляет загадочные свойства (большие фототоки, спектр со смещением в красную область и чрезвычайная светочувствительность), которые открыли новые возможности в оптогенетике. ChRmine и его гомологи функционируют как ионные каналы, но по первичной последовательности больше напоминают родопсины ионного насоса; механизмы проведения пассивных каналов в этом семействе остаются загадочными.
Здесь мы представляем крио-ЭМ-структуру ChRmine с разрешением 2,0 А, выявляющую архитектурные особенности, нетипичные для канальных родопсинов: тримерную сборку, короткую трансмембранную спираль 3, извилистую внеклеточную петлю 1, большие вестибюли внутри мономера и отверстие в конце. интерфейс тримера. Мы применили эту структуру для разработки трех белков (rsChRmine и hsChRmine, придающих дополнительные свойства с красным смещением и высокой скоростью соответственно, и frChRmine, сочетающий в себе более быструю работу и более высокую производительность с красным смещением), подходящих для фундаментальных возможностей нейронауки. Эти результаты проливают свет на проводимость и блокирование насосоподобных каналородопсинов и указывают путь к дальнейшему структурно-управляемому созданию каналородопсинов для приложений в биологии.Посмотреть подробности для DOI 10.1016/j.cell.2022.01.007
Посмотреть подробности для PubMedID 35114111
- Атипичные структурные снимки взаимодействия GPCR цитомегаловируса человека с G-белками хозяина. Научные достижения Цуцуми Н., Маэда С., Ку К., Фогеле М., Джуд К. М., Суомивуори К., Панова О., Ваграй Д., Като Х. Э., Веласко А., Дрор, Р. О., Скиниотис Г., Кобилка Б. К., Гарсия К. С.
1800; 8 (3): eabl5442
Abstract
Цитомегаловирус человека (ЦМВ) кодирует рецепторы, связанные с G-белком (GPCR) US28 и US27, которые способствуют вирусному патогенезу за счет вовлечения G-белков хозяина. Здесь мы сообщаем о криоэлектронной микроскопии структур US28 и US27, образующих непродуктивные и продуктивные комплексы с Gi и Gq, соответственно, демонстрирующие необычные особенности с функциональными последствиями. «Сиротский» GPCR US27 не имеет кармана для связывания лиганда и захватывает неактивный Gi, связанный с гуанозиндифосфатом, посредством слабого взаимодействия. Способы стыковки CX3CL1-US28 и US27 с Gi благоприятствуют локализации на эндосомоподобных изогнутых мембранах, где US28 и US27 могут функционировать как непродуктивные стоки Gi для ослабления зависимой от хемокинов передачи сигналов Gi.
Комплекс CX3CL1-US28-Gq/11, вероятно, представляет собой захваченный промежуточный продукт во время продуктивной передачи сигналов, обеспечивая представление о переходном состоянии в связывании белка GPCR-G для передачи сигналов. Наши коллективные результаты дают новое представление об уникальных структурных механизмах GPCR HCMV, опосредованных G-белком, по сравнению с аналогами GPCR млекопитающих для подрыва иммунитета хозяина.См. подробности для DOI 10.1126/sciadv.abl5442
Посмотреть подробности для PubMedID 35061538
- Использование неструктурных данных для прогнозирования структур и сродства белково-лигандных комплексов. Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки Пагги Дж. М., Белк Дж. А., Холлингсворт С. А., Вильянуэва Н., Пауэрс А. С., Кларк М. Дж., Чемпарати А. Г., Тайнан Дж. Э., Лау Т. К., Сунахара Р. К., Дрор Р. О.
1800; 118 (51)
Abstract
За последние пять десятилетий огромные усилия были направлены на вычислительные методы для предсказания свойств лигандов, то есть молекул, связывающих макромолекулярные мишени.
Такие методы, которые имеют решающее значение для рационального дизайна лекарств, делятся на две категории: основанные на физике методы, которые непосредственно моделируют взаимодействие лиганда с мишенью с учетом трехмерной (3D) структуры мишени, и методы на основе лиганда, которые предсказывают свойства лиганда. данные экспериментальных измерений для подобных лигандов. Здесь мы представляем строгую статистическую основу для объединения этих двух источников информации. Мы разрабатываем метод предсказания положения лиганда — трехмерной структуры лиганда, связанного со своей мишенью, — который использует широко доступный источник информации: список других лигандов, которые, как известно, связываются с той же мишенью, но для которых нет трехмерной структуры. доступный. Эта комбинация моделирования на основе физики и лиганда повышает точность прогнозирования позы для всех основных семейств лекарственных мишеней. Используя ту же структуру, мы разрабатываем метод виртуального скрининга кандидатов в лекарства, который превосходит стандартные методы виртуального скрининга, основанные на физике и лигандах. Наши результаты предлагают широкие возможности для улучшения предсказания различных свойств лиганда путем объединения различных источников информации с помощью индивидуальных подходов к машинному обучению.Посмотреть подробности для DOI 10.1073/pnas.2112621118
Посмотреть подробности для PubMedID 34
7 - Структура и механизм переносчиков глюкозы семейства SGLT. Природа Хан, Л., Ку, К., Айдын, Д., Панова, О., Робертсон, М.Дж., Сюй, Ю., Дрор, Р.О., Скиниотис, Г., Фэн, Л.
2021
Abstract
Глюкоза является основным источником энергии в живых клетках. Открытие в 1960-х годах того, что градиент натрия обеспечивает активное поглощение глюкозы в кишечнике1, положило начало концепции вторичного активного переносчика, который может катализировать движение субстрата против электрохимического градиента за счет использования энергии другого связанного субстрата. Впоследствии было обнаружено, что связанный транспорт Na+/глюкозы опосредован натрий-глюкозными котранспортерами2,3 (SGLT).
SGLT ответственны за активную абсорбцию глюкозы и галактозы в кишечнике и за реабсорбцию глюкозы в почках4, и на них нацелено множество лекарств для лечения диабета5. Несколько членов семейства SGLT переносят ключевые метаболиты, отличные от глюкозы2. Здесь мы сообщаем о структурах криоэлектронной микроскопии прототипа человеческого SGLT1 и родственного монокарбоксилатного транспортера SMCT1 из того же семейства. Структуры вместе с моделированием молекулярной динамики и функциональными исследованиями определяют архитектуру SGLT, раскрывают механизм связывания и селективности субстрата и проливают свет на водопроницаемость SGLT1. Эти результаты дают представление о многогранных функциях SGLT.Посмотреть подробности для DOI 10.1038/s41586-021-04211-w
Посмотреть подробности для PubMedID 34880492
- Селективная передача сигналов G-белка, управляемая динамикой рецептора вещества P-нейрокинина. Природа химическая биология Харрис Дж. А., Фауст Б., Гондин А. Б., Дамген М. А., Суомивуори К., Вельдхуис Н. А., Ченг Ю., Дрор Р. О., Тал Д. М., Манглик А.
2021
Abstract
Нейропептидное вещество P (SP) важно при боли и воспалении. SP активирует рецептор нейрокинина-1 (NK1R) для подачи сигнала через белки Gq и Gs. Нейрокинин А также активирует NK1R, но приводит к селективной передаче сигналов Gq. Как два стимула вызывают различную передачу сигналов G-белка на один и тот же рецептор, связанный с G-белком, остается неясным. Мы определили с помощью криогенной электронной микроскопии структуры активного NK1R, связанного с SP или Gq-смещенным пептидом SP6-11. Взаимодействия пептидов глубоко внутри NK1R имеют решающее значение для активации рецептора. Наоборот, взаимодействия между внеклеточными петлями SP и NK1R необходимы для мощной передачи сигналов Gs, но не для передачи сигналов Gq. Моделирование молекулярной динамики показало, что эти поверхностные контакты ограничивают гибкость SP. SP6-11, в котором отсутствуют эти взаимодействия, является динамическим, пока он связан с NK1R.
Таким образом, структурная динамика агонистов NK1R зависит от взаимодействия с внеклеточными петлями рецептора и регулирует избирательность передачи сигналов G-белком. Сходные взаимодействия между другими нейропептидами и родственными им рецепторами могут настраивать внутриклеточную передачу сигналов.Посмотреть подробности для DOI 10.1038/s41589-021-00890-8
Посмотреть подробности для PubMedID 34711980
- Структура и механизм переносчика липидов через гематоэнцефалический барьер MFSD2A. Природа Вуд, К.А., Чжан, Дж., Айдин, Д., Сюй, Ю., Андреоне, Б.Дж., Ланген, У.Х., Дрор, Р.О., Гу, К., Фэн, Л.
2021
Abstract
MFSD2A представляет собой натрий-зависимый симпортер лизофосфатидилхолина, который отвечает за поглощение докозагексаеновой кислоты мозгом1,2, что имеет решающее значение для развития и работы мозга3. Мутации, влияющие на MFSD2A, вызывают синдромы микроцефалии4,5. Способность MFSD2A транспортировать липиды также является ключевым механизмом, лежащим в основе его функции ингибитора трансцитоза для регуляции гематоэнцефалического барьера6,7.
Таким образом, MFSD2A представляет собой привлекательную мишень для модулирования проницаемости гематоэнцефалического барьера для доставки лекарств. Здесь мы сообщаем о структуре криоэлектронной микроскопии мышиного MFSD2A. Наша структура определяет архитектуру этого важного транспортера, раскрывает его уникальный внеклеточный домен и его полость, связывающую субстрат. Структура вместе с нашими функциональными исследованиями и моделированием молекулярной динамики идентифицирует консервативный сайт связывания натрия, раскрывает потенциальный путь проникновения липидов и помогает рационализировать мутации MFSD2A, которые лежат в основе синдромов микроцефалии. Эти результаты проливают свет на критическую функцию MFSD2A по транспорту липидов и обеспечивают основу для помощи в разработке конкретных модуляторов для терапевтических целей.Посмотреть подробности для DOI 10.1038/s41586-021-03782-y
Посмотреть подробности для PubMedID 34349262
- Наночастицы золота и наклонные пары для оценки гибкости белка с помощью криоэлектронной микроскопии. Ультрамикроскопия Ягота М., Тауншенд Р. Дж., Канг Л., Бушнелл Д. А., Дрор Р. О., Корнберг Р. Д., Азубель М.
2021; 227: 113302
Abstract
Был разработан вычислительный метод для восстановления трехмерных координат наночастиц золота, специально прикрепленных к белковому комплексу, из изображений пар наклона, полученных с помощью электронной микроскопии. Программа была протестирована на смоделированном наборе данных и применена к реальному набору данных, содержащему изображения пары наклонов, полученные с помощью криоэлектронной микроскопии РНК-полимеразы II в комплексе с четырьмя мечеными золотом фрагментами одноцепочечных антител. Были определены положения наночастиц золота, а сравнение координат тетрамерных частиц выявило диапазон движения внутри белковых комплексов.
См. подробности для DOI 10.1016/j.ultramic.2021.113302
Посмотреть подробности для PubMedID 34062386
- Простые биохимические особенности лежат в основе разнообразия доменов активации транскрипции и динамического нечеткого связывания с Медиатором. электронная жизнь Санборн А.Л., Йех Б.Т., Фейгерле Дж.Т., Хао С.В., Таунсенд Р.Дж., Либерман-Эйден Э., Дрор Р.О., Корнберг Р.Д.
2021; 10
Abstract
Белки-активаторы генов содержат отдельные ДНК-связывающие домены и домены активации транскрипции (AD). Поскольку было описано несколько AD, мы проверили домены, объединяющие все факторы транскрипции дрожжей, на активацию in vivo и идентифицировали 150 AD. С помощью дисплея мРНК мы показали, что 73% AD связывают субъединицу Med15 медиатора, и что сила связывания коррелирует с активацией. На взаимодействие AD-медиатор in vitro не влиял большой избыток свободного белка-активатора, что указывает на динамический механизм взаимодействия. Структурное моделирование показало, что AD взаимодействуют с Med15 без комплементарности формы («нечеткое» связывание). AD не имеют общих мотивов последовательности, но мутагенез выявил биохимические и структурные ограничения. Наконец, нейронная сеть, обученная последовательностям AD, точно предсказала AD в белках человека и в других белках дрожжей, включая хромосомные белки и комплексы ремоделирования хроматина.
Эти находки решают давнюю загадку структуры и функции AD и дают обоснование их роли в биологии.См. подробности для DOI 10.7554/eLife.68068
Посмотреть подробности для PubMedID 33
- 8
- Определение взаимодействий лиганд-рецептор, которые приводят к предвзятой передаче сигналов на μ-опиоидном рецепторе. Журнал химической информации и моделирования Келли Б., Холлингсворт С. А., Блейкмор Д. К., Оуэн Р. М., Сторер Р. И., Суэйн Н. А., Айдин Д., Торелла Р., Вармус Дж. С., Дрор Р. О.
2021
Аннотация
Смещенные агонисты, которые избирательно стимулируют определенные сигнальные пути, контролируемые рецептором, связанным с G-белком (GPCR), имеют большие перспективы в качестве лекарств, которые максимизируют эффективность при минимизации опасных побочных эффектов. Предвзятые агонисты μ-опиоидного рецептора (μOR) представляют особый интерес как средства для достижения обезболивания посредством передачи сигналов G-белка без побочных эффектов, ограничивающих дозу, таких как угнетение дыхания и запор.
Тем не менее, рациональный структурно-ориентированный дизайн предвзятых агонистов остается весьма сложной задачей, поскольку взаимодействия, опосредованные лигандами, которые являются ключевыми для активации каждого сигнального пути, остаются неясными. Мы идентифицируем несколько соединений, для которых R- и S-энантиомеры имеют разные профили смещения при μOR. Эти соединения служат отличными сравнительными инструментами для изучения смещения, поскольку идентичные физико-химические свойства пар энантиомеров гарантируют, что различия в профилях смещения обусловлены различиями во взаимодействиях с карманом связывания μOR. Моделирование соединений на атомном уровне при μOR показывает, что R- и S-энантиомеры принимают разные позы, которые образуют разные взаимодействия с карманом связывания. Несколько специфических взаимодействий с высококонсервативными остатками кармана связывания, по-видимому, ответственны за существенные различия в рекрутировании аррестина между энантиомерами. Наши результаты предлагают руководство для рационального дизайна предвзятых агонистов в μOR и, возможно, в родственных GPCR.См. подробности для DOI 10.1021/acs.jcim.1c00585
Посмотреть подробности для PubMedID 34251810
- Иерархические вращательно-эквивариантные нейронные сети для выбора структурных моделей белковых комплексов. Белки Эйсманн С., Таунсенд Р. Дж., Томас Н., Ягота М., Цзин Б., Дрор Р. О.
2020
Abstract
Предсказание структуры многобелковых комплексов представляет собой сложную задачу в биохимии, имеющую серьезные последствия для фундаментальной науки и разработки лекарств. Методы компьютерного прогнозирования структуры обычно используют предварительно определенные структурные особенности, чтобы отличать точные структурные модели от менее точных. Это поднимает вопрос о том, возможно ли узнать характеристики точных моделей непосредственно из атомных координат белковых комплексов, без каких-либо предварительных предположений. Здесь мы представляем метод машинного обучения, который учится непосредственно на трехмерных позициях всех атомов, чтобы идентифицировать точные модели белковых комплексов, без использования каких-либо предварительно вычисленных физических или статистических терминов.
Архитектура нашей нейронной сети сочетает в себе несколько компонентов, которые вместе обеспечивают сквозное обучение на молекулярных структурах, содержащих десятки тысяч атомов: точечное представление атомов, эквивариантность относительно вращения и перемещения, локальные свертки и иерархические операции субдискретизации. При использовании в сочетании с ранее разработанными оценочными функциями наша сеть существенно улучшает идентификацию точных структурных моделей среди большого набора возможных моделей. Наша сеть также может использоваться для прогнозирования точности данной структурной модели в абсолютном выражении. Представленная нами архитектура легко применима к другим задачам, связанным с изучением трехмерных структур больших атомных систем. Эта статья защищена авторским правом. Все права защищены.Посмотреть подробности для DOI 10.1002/prot.26033
Посмотреть подробности для PubMedID 33289162
- Структурно-функциональная характеристика рецепторов, связанных с G-белком, с помощью глубокого мутационного сканирования. электронная жизнь Джонс, Э. М., Лабок, Н. Б., Венкатакришнан, А. Дж., Ван, Дж., Ценг, А. М., Пагги, Дж. М., Латоррака, Н. Р., Кансилла, Д., Сатьяди, М., Дэвис, Дж. Э., Бабу, М. М., Дрор, Р. О. , Косури, С.
2020; 9
Аннотация
У человека рецепторы, связанные с белками >800 G (GPCR), отвечают за преобразование различных химических стимулов для изменения состояния клеток и представляют собой самый большой класс мишеней для лекарств. Их бесчисленное множество структурных конформаций и различных способов передачи сигналов затрудняют понимание их структуры и функций. Здесь мы разработали платформу для характеристики больших библиотек вариантов GPCR в линиях клеток человека с транскрипционным репортером со штрих-кодом передачи сигнала G-белка. Мы протестировали 7800 из 7828 возможных одиночных аминокислотных замен в бета-2-адренергическом рецепторе (beta2AR) при четырех концентрациях агониста изопротеренола. Мы идентифицировали остатки, особенно важные для передачи сигналов beta2AR, мутации в человеческой популяции, которые потенциально приводят к потере функции, и остатки, которые модулируют базальную активность.
Используя неконтролируемое обучение, мы разрешаем критические для передачи сигналов остатки, включая все основные структурные мотивы и молекулярные интерфейсы. Мы также обнаруживаем ранее не охарактеризованную структурную защелку, охватывающую первые две внеклеточные петли, которая высоко консервативна для GPCR класса A и является конформационно жесткой как в неактивном, так и в активном состояниях рецептора. В более широком смысле, связывая глубокое мутационное сканирование со сконструированными транскрипционными репортерами, мы создаем универсальный метод для изучения фармакогеномики, структуры и функции широких классов рецепторов лекарств.См. подробности для DOI 10.7554/eLife.54895
Посмотреть подробности для PubMedID 33084570
- Ангиотензин и предвзятые аналоги индуцируют структурно отличные активные конформации в пределах GPCR. Science (Нью-Йорк, штат Нью-Йорк) Винглер, Л.М., Скиба, М.А., МакМахон, К., Стаус, Д. П., Кляйнхенц, А.Л., Суомивуори, К., Латоррака, Н.Р., Дрор, Р.О., Лефковиц, Р.Дж., Крузе, А.С.
2020; 367 (6480): 888–92
Аннотация
Предвзятые агонисты рецепторов, связанных с G-белком (GPCR), предпочтительно активируют подмножество нижестоящих сигнальных путей. В этой работе мы представляем кристаллические структуры рецептора ангиотензина II типа 1 (AT1R) (от 2,7 до 2,9 ангстрем), связанного с тремя лигандами с расходящимися профилями смещения: сбалансированным эндогенным агонистом ангиотензина II (AngII) и двумя аналогами с сильным смещением бета-аррестина. . По сравнению с другими лигандами, AngII способствует более существенным перестройкам не только на дне лиганд-связывающего кармана, но также и в ключевой полярной сети в ядре рецептора, который образует сайт связывания натрия в большинстве GPCR. Отклонения от семейного консенсуса в этой области, которая, по-видимому, действует как предвзятый сигнальный переключатель, могут предрасполагать AT1R и некоторые другие GPCR (такие как рецепторы хемокинов) к принятию конформаций, которые способны активировать бета-аррестин, но не гетеротримерный сигнальный белок Gq.
.См. подробности для DOI 10.1126/science.aay9813
Посмотреть подробности для PubMedID 32079768
- Определение того, как паттерны фосфорилирования GPCR влияют на передачу сигналов, опосредованную аррестином
Латоррака, Н. Р., Дрор, Р. О.
КЛЕТОЧНЫЙ ПРЕСС. 2020: 319А
Просмотр сведений о Web of Science ID 000513023202100
- Структура комплекса GRK5-кальмодулин раскрывает молекулярный механизм активации GRK и нацеливания на субстрат. Молекулярная ячейка Комолов К.Е., Сулон С.М., Бхардвадж А.Н., ван Кеулен С.К., Дюк Н.М., Лауринавичюте Д.К., Лу Х.Дж., Турк Б.Е., Чанг К.Ю., Дрор Р.О., Бенович Дж.Л.
2020
Abstract
Фосфорилирование рецепторов, связанных с G-белком (GPCR) киназами GPCR (GRK), облегчает связывание аррестина и десенсибилизацию рецептора. Хотя этот процесс может регулироваться Са2+-связывающими белками, такими как кальмодулин (СаМ) и реверерин, молекулярные механизмы плохо изучены.
Здесь мы сообщаем о структурном, вычислительном и биохимическом анализе комплекса CaM с GRK5, показывая, как CaM формирует реакцию GRK5 на кальций. Домены CaM N и C независимо связываются с двумя спиральными областями на концах N и C GRK5, чтобы ингибировать фосфорилирование GPCR, хотя только взаимодействие домена C нарушает ассоциацию GRK5 с мембраной, тем самым облегчая цитоплазматическую транслокацию. N-домен CaM сильно активирует GRK5 посредством упорядочения амфипатической αN-спирали GRK5 и аллостерического нарушения взаимодействия киназы-RH домена для фосфорилирования цитоплазматических субстратов GRK5. Эти результаты обеспечивают основу для понимания того, как два функциональных эффекта, активация и локализация GRK5, могут взаимодействовать под контролем CaM для селективного нацеливания на субстрат с помощью GRK5.См. подробности для DOI 10.1016/j.molcel.2020.11.026
Посмотреть подробности для PubMedID 33321095
- Структура ферропортина, связанного с гепсидином, раскрывает механизмы гомеостатизма железа. Природа Биллесбёлле, С.Б., Азумая, К.М., Креч, Р.К., Пауэрс, А.С., Гонен, С.н., Шнайдер, С.н., Арведсон, Т.н., Дрор, Р.О., Ченг, Ю.н., Манглик, А. н.
2020
Abstract
Уровень железа в сыворотке крови человека строго контролируется действием гормона гепсидина на переносчик оттока железа ферропортин. Гепсидин регулирует всасывание и рециркуляцию железа, индуцируя интернализацию и деградацию ферропортина1. Аберрантная активность ферропортина может привести к заболеваниям, связанным с перегрузкой железом, таким как гемохроматоз или железодефицитные анемии2. Здесь мы определили криогенную электронную микроскопию (крио-ЭМ) структуры ферропортина в липидных нанодисках, как в апо-состоянии, так и в комплексе с кобальтом, миметиком железа и гепсидином. Эти структуры и сопутствующее моделирование молекулярной динамики идентифицируют два сайта связывания металлов в N- и C-доменах ферропортина. Гепсидин связывает ферропортин в открытой наружу конформации и полностью блокирует путь оттока железа, ингибируя транспорт.
Карбокси-конец гепсидина напрямую контактирует с двухвалентным металлом в С-домене ферропортина. Далее мы показываем, что связывание гепсидина с ферропортином связано со связыванием железа с 80-кратным увеличением сродства к гепсидину в присутствии железа. Эти результаты предполагают модель гепсидиновой регуляции ферропортина, в которой только молекулы ферропортина, нагруженные железом, подвергаются деградации. В более широком смысле, наши структурные и функциональные идеи, вероятно, позволят более целенаправленно манипулировать осью гепсидин-ферропортин при нарушениях гомеостаза железа.Посмотреть подробности для DOI 10.1038/s41586-020-2668-z
Посмотреть подробности для PubMedID 32814342
- Структура и механизм катион-хлоридного котранспортера NKCC1. Природа Чу Т. А., Орландо Б. Дж., Чжан Дж., Латоррака Н. Р., Ван А., Холлингсворт С. А., Чен Д., Дрор Р. О., Ляо М., Фэн Л.
2019
Abstract
Катион-хлоридные котранспортеры (CCC) опосредуют электронейтральный транспорт хлоридов, калия и/или натрия через мембрану.
Они играют важную роль в регулировании объема клеток, контроле поглощения и секреции ионов через эпителий и поддержании внутриклеточного гомеостаза хлоридов. Эти переносчики являются основными мишенями для некоторых из наиболее часто назначаемых лекарств. Здесь мы определили структуру криоэлектронной микроскопии котранспортера Na-K-Cl NKCC1, широко изученного члена семейства CCC, из Danio rerio. Структура определяет архитектуру этого семейства белков и показывает, как цитозольные и трансмембранные домены стратегически расположены для коммуникации. Структурный анализ, функциональная характеристика и компьютерные исследования раскрывают путь переноса ионов, сайты связывания ионов и ключевые остатки для транспортной активности. Эти результаты дают представление об ионной селективности, связывании и транслокации и создают основу для понимания физиологических функций CCC и интерпретации мутаций, связанных с заболеванием.Посмотреть подробности для DOI 10.1038/s41586-019-1438-2
Посмотреть подробности для PubMedID 31367042
- Сглаженная стимуляция мембранными стеролами стимулирует активность пути Hedgehog. Природа Дешпанде И., Лян Дж., Хедин Д., Робертс К.Дж., Чжан Ю., Ха Б., Латоррака Н.Р., Фауст Б., Дрор Р.О., Бичи П.А., Майерс Б.Р., Манглик, А.
2019
Abstract
Передача сигналов Hedgehog является фундаментальной для эмбрионального развития и постнатальной регенерации тканей1. Аберрантная постнатальная передача сигналов Hedgehog ведет к нескольким злокачественным новообразованиям, включая базально-клеточную карциному и педиатрическую медуллобластому 2. Белки Hedgehog связываются с трансмембранным переносчиком холестерина Patched-1 (PTCh2) и ингибируют его, что позволяет активировать семитрансмембранный транспортер Smoothened (SMO) посредством механизма, который плохо изучен. Здесь мы сообщаем о кристаллической структуре активного мышиного SMO, связанного как с агонистом SAG21k, так и с внутриклеточным связывающим нанотелом, которое стабилизирует физиологически значимое активное состояние. Аналогично другим рецепторам, связанным с G-белком, активация SMO связана с тонкими движениями во внеклеточном домене и более крупными внутриклеточными изменениями.
В отличие от недавних моделей 3-5, молекула холестерина, которая имеет решающее значение для активации SMO, связана глубоко внутри семи-трансмембранного кармана. Мы предполагаем, что инактивация PTCh2 с помощью Hedgehog позволяет трансмембранному стеролу получить доступ к этому семи-трансмембранному сайту (потенциально через гидрофобный туннель), который управляет активацией SMO. Эти результаты в сочетании с исследованиями сигналов и моделированием молекулярной динамики определяют структурную основу регуляции PTCh2-SMO и предлагают стратегию преодоления клинической резистентности к ингибиторам SMO.Посмотреть подробности для DOI 10.1038/s41586-019-1355-4
Посмотреть подробности для PubMedID 31263273
- Конформационные переходы нейротензинового рецептора1-Gi1комплекса. Природа Като, Х. Э., Чжан, Ю., Ху, Х., Суомивуори, К., Каджи, Ф. М., Аоки, Дж., Кришна Кумар, К., Фонсека, Р., Хильгер, Д., Хуанг, В., Латоррака , Н. Р., Иноуэ, А., Дрор, Р. О., Кобилка, Б. К., Скиниотис, Г.
2019
Abstract
Нейротензиновый рецептор1 (NTSR1) представляет собой рецептор, связанный с G-белком (GPCR), который взаимодействует с несколькими подтипами G-белка и участвует в регуляции кровяного давления, температуры тела, массы тела и реакции на боль. Здесь мы представляем структуры человеческого NTSR1 в комплексе с агонистом JMV449.и гетеротримерный белок Gi1 с разрешением 3A. Мы идентифицируем две конформации: комплекс в каноническом состоянии, который подобен недавно обнаруженным комплексам GPCR-Gi/o (в котором карман для связывания нуклеотидов принимает более гибкие конформации, которые могут облегчить обмен нуклеотидов), и неканоническое состояние, в котором G белок повернут примерно на 45 градусов относительно рецептора и имеет более жесткий карман для связывания нуклеотидов. В неканоническом состоянии NTSR1 проявляет признаки как активной, так и неактивной конформаций, что позволяет предположить, что структура может представлять собой промежуточную форму на пути активации G-белков.
Эта структурная информация, дополненная моделированием молекулярной динамики и функциональными исследованиями, дает представление о сложном процессе активации G-белка.Посмотреть подробности для DOI 10.1038/s41586-019-1337-6
Посмотреть подробности для PubMedID 31243364
- Насколько эффективно методы адаптивного отбора проб могут фиксировать спонтанное связывание лиганда? ЖУРНАЛ ХИМИЧЕСКОЙ ТЕОРИИ И ВЫЧИСЛЕНИЙ Бетц, Р. М., Дрор, Р. О.
2019; 15 (3): 2053–63
Abstract
Молекулярно-динамическое моделирование (МД), фиксирующее спонтанное связывание лекарств и других лигандов с их белками-мишенями, может дать много полезной информации, но большинство лигандов, подобных лекарственным средствам, связываются в более длительных временных масштабах, чем те, которые доступны для индивидуального МД. симуляции. Методы адаптивной выборки, в которых выполняется несколько раундов моделирования, при этом начальные условия каждого раунда основаны на результатах предыдущих раундов, предлагают многообещающее потенциальное решение этой проблемы.
Однако для связывания лигандов нет всестороннего анализа повышения производительности за счет адаптивного отбора проб, особенно для систем белок-лиганд, типичных для тех, которые встречаются при открытии лекарств. Более того, большинство предыдущих работ предполагает знание положения связанного лиганда. Здесь мы обрисовываем в общих чертах существующие методы для адаптивной выборки процесса связывания лиганда и вводим несколько улучшений, уделяя особое внимание методам, которые не требуют предварительного знания сайта связывания или связанной позы. Затем мы оцениваем эти методы, сравнивая их с традиционными длительными моделями МД для реалистичных систем белок-лиганд. Мы обнаружили, что симуляции адаптивной выборки обычно не позволяют достичь связанной позы более эффективно, чем традиционная МД. Однако адаптивная выборка идентифицирует несколько потенциальных сайтов связывания более эффективно, чем традиционный метод MD, а также обеспечивает лучшую характеристику путей связывания. Мы объясняем эти результаты, показывая, что связывание белок-лиганд является примером дилеммы исследования-эксплуатации. Существующие адаптивные методы выборки для связывания лиганда в отсутствие известной связанной позы значительно благоприятствуют широкому исследованию пространства белок-лиганд, иногда не в состоянии в достаточной мере использовать промежуточные состояния по мере их обнаружения. Мы предлагаем возможные направления будущих исследований для устранения этого недостатка.Посмотреть подробности для PubMedID 30645108
- Разнообразные GPCR демонстрируют консервативные водные сети для стабилизации и активации. ТРУДЫ НАЦИОНАЛЬНОЙ АКАДЕМИИ НАУК СОЕДИНЕННЫХ ШТАТОВ АМЕРИКИ Венкатакришнан, А.Дж., Ма, А.К., Фонсека, Р., Латоррака, Н.Р., Келли, Б., Бетц, Р.М., Асава, К., Кобилка, Б.К., Дрор, Р.О.
2019; 116 (8): 3288–93
Посмотреть подробности для DOI 10.1073/pnas.18016
Посмотреть сведения о Web of Science ID 0004500073
- Структура сигнального каннабиноидного рецептора 1-G белкового комплекса СОТОВЫЙ Кумар, К. , Шалев-Бенами, М., Робертсон, М.Дж., Ху, Х., Банистер, С.Д., Холлингсворт, С.А., Латоррака, Н.Р., Като, Х.Е., Хильгер, Д., Маеда, С., Вайс, В.И. , Фарренс Д.Л., Дрор Р.О., Малхотра С.В., Кобилка Б.К., Скиниотис Г.
2019; 176 (3): 448-+
См. подробности для DOI 10.1016/j.cell.2018.11.040
Просмотр сведений о Web of Science ID 000456526100007
- Аналоги ангиотензина с расходящимся смещением стабилизируют различные конформации рецепторов. Сотовый Винглер, Л.М., Эльгети, М., Хильгер, Д., Латоррака, Н.Р., Лерх, М.Т., Стаус, Д.П., Дрор, Р.О., Кобилка, Б.К., Хаббелл, В.Л., Лефковиц, Р.Дж.
2019
Abstract
Агонисты рецептора, связанного с G-белком (GPCR) с «предвзятостью», предпочтительно активируют пути, опосредованные G-белками или бета-аррестинами. Здесь мы используем двойную электронно-электронную резонансную спектроскопию, чтобы исследовать изменения, которые лиганды вызывают в конформационном распределении рецептора ангиотензина II типа I.
Мониторинг расстояний между 10 парами нитроксильных меток, распределенных по внутриклеточным областям, позволил составить карту четырех базовых наборов конформаций. Лиганды из разных функциональных классов оказывают различные характерные эффекты на конформационную гетерогенность рецептора. По сравнению с ангиотензином II, эндогенным агонистом, агонисты с усиленным связыванием Gq более сильно стабилизируют «открытую» конформацию с доступным сайтом связывания преобразователя. агонисты бета-аррестина с недостаточным связыванием Gq не стабилизируют эту открытую конформацию, а вместо этого отдают предпочтение еще двум закрытым конформациям. Эти данные свидетельствуют о структурном механизме предвзятого действия лиганда на рецептор ангиотензина, который можно использовать для рациональной разработки препаратов, нацеленных на GPCR, с большей специфичностью действия.Посмотреть подробности для PubMedID 30639099
- Сквозное изучение трехмерной структуры белка для прогнозирования интерфейса
Тауншенд Р. Л., Беди Р., Суриана П.А., Дрор Р.О., Уоллах Х., Ларошель Х., Бейгельзимер А., д’Альш-Бук Ф., Фокс Э., Гарнетт Р.
НЕЙРОННЫЕ СИСТЕМЫ ОБРАБОТКИ ИНФОРМАЦИИ (НИПС). 2019
Просмотр сведений о Web of Science ID 000535866
- 1
- Структура сигнального каннабиноидного рецептора 1-G белкового комплекса. Сотовый Кришна Кумар, К., Шалев-Бенами, М., Робертсон, М.Дж., Ху, Х., Банистер, С.Д., Холлингсворт, С.А., Латоррака, Н.Р., Като, Х.Е., Хильгер, Д., Маеда, С., Вейс, У. И., Фарренс Д. Л., Дрор Р. О., Малхотра С. В., Кобилка Б. К., Скиниотис Г.
2018
Abstract
Каннабис оказывает улучшающее настроение и обезболивающее действие через каннабиноидный рецептор 1 (CB1), рецептор, связанный с aG-белком (GPCR), который передает сигналы, прежде всего, через ингибирующий аденилатциклазу гетеротримерный G-белок Gi. Активация сигнальных путей CB1-Gi обладает потенциалом для лечения ряда неврологических расстройств и, таким образом, имеет решающее значение для понимания механизма активации Gi с помощью CB1.
Здесь мы представляем структуру сигнального комплекса CB1-Gi, связанного с сильнодействующим агонистом MDMB-Fubinaca (FUB), недавно появившимся незаконным синтетическим каннабиноидом, добавленным в уличные наркотики, которые были связаны с многочисленными передозировками и смертельными исходами. Структура иллюстрирует, как FUB стабилизирует рецептор в активном состоянии, чтобы облегчить замену нуклеотидов в Gi. Результаты составляют структурную основу для объяснения активации CB1 различными классами лигандов и дают представление о механизмах связывания и селективности G-белка, принятых рецептором.Посмотреть подробности для PubMedID 30639101
- Исправление издателя: структурное понимание специфичности связывания, эффективности и предвзятости частичного агониста бета2AR. Природа химическая биология Масурил М., Зоу Ю., Пикард Л., ван дер Вестхуизен Э., Махони Дж. П., Родригес Дж. П., Милдорф Т. Дж., Дрор Р. О., Шоу Д. Э., Бувье М. , Пардон Э. ., Steyaert, J., Sunahara, R.K., Weis, W.I., Zhang, C., Kobilka, B.K.
2018
Abstract
В первоначально опубликованной версии этой статьи структура адреналина, показанная на рис. 1а, была перерисована с добавлением дополнительного углерода. Структура изменена в HTML и PDF версиях статьи. Исходный и исправленный варианты конструкции показаны ниже.
Посмотреть подробности для PubMedID 30504785
- Структурное понимание специфичности связывания, эффективности и предвзятости частичного агониста бета2AR. Природа химическая биология Масурил М., Зоу Ю., Пикард Л., ван дер Вестхуизен Э., Махони Дж. П., Родригес Дж. П., Милдорф Т. Дж., Дрор Р. О., Шоу Д. Э., Бувье М., Пардон Э. ., Steyaert, J., Sunahara, R.K., Weis, W.I., Zhang, C., Kobilka, B.K.
2018; 14 (11): 1059–1066.
Abstract
Салметерол является частичным агонистом бета2-адренергических рецепторов (бета2АР) и первым бета2АР агонистом длительного действия, широко применяемым в клинической практике для лечения астмы и хронической обструктивной болезни легких.
Безопасность и механизм действия салметерола вызывают споры. Чтобы понять его необычное фармакологическое действие и частичный агонизм, мы получили кристаллическую структуру связанного с салметеролом бета2АР в комплексе с нанотелом, стабилизирующим активное состояние. Структура показывает расположение экзосайта салметерола, где различия в последовательностях между beta1AR и beta2AR объясняют высокую селективность по подтипу рецептора. Структурное сравнение с бета2AR, связанным с полным агонистом адреналина, выявляет различия в сети водородных связей, включающей остатки Ser2045.43 и Asn29.36.55. Мутагенез и биофизические исследования показали, что эти взаимодействия приводят к определенной конформации активного состояния, которая отвечает за частичную эффективность активации G-белка и ограниченное рекрутирование бета-аррестина для салметерола.Посмотреть подробности для PubMedID 30327561
- Вход из липидного двойного слоя: возможный путь ингибирования рецептора, связанного с белком пептида G, липофильной малой молекулой БИОХИМИЯ Бокоч, М. П., Джо, Х., Валькур, Дж.Р., Шринивасан, Ю., Пан, А.С., Каппони, С., Грабе, М., Дрор, Р.О., Шоу, Д.Е., ДеГрадо, В.Ф., Кафлин, С.Р.
2018; 57 (39): 5748–58
Abstract
Пути, по которым лиганды рецептора, сопряженного с G-белком (GPCR), следуют, когда они связываются со своими рецепторами или диссоциируют от них, в значительной степени неизвестны. Активируемый протеазой рецептор-1 (PAR1) представляет собой GPCR, активируемый внутримолекулярным связыванием связанного пептида-агониста, который подвергается расщеплению тромбином. Напротив, ворапаксар, антагонист PAR1, представляет собой липофильный препарат, который связывается в кармане, почти полностью закрытом от внеклеточного растворителя. Путь связывания и диссоциации ворапаксара неизвестен. Начав с кристаллической структуры ворапаксара, связанного с PAR1, мы провели температурно-ускоренное моделирование молекулярной динамики диссоциации лиганда. В большинстве моделей ворапаксар выходит из рецептора латерально в липидный бислой через отверстия в пучке трансмембранной спирали (TM).
Перед полной диссоциацией ворапаксар останавливался в метастабильных промежуточных соединениях, стабилизированных взаимодействиями с головными группами рецепторов и липидов. Производные ворапаксара с алкильными цепями, которые, по прогнозам, простираются между TM6 и TM7 в липидном бислое, ингибировали PAR1 с очевидной скоростью, сходной со скоростью исходного соединения в анализах клеточной передачи сигналов. Эти данные согласуются со связыванием ворапаксара с PAR1 посредством пути, который проходит между TM6 и TM7 из липидного двойного слоя, что согласуется с наиболее последовательным путем, наблюдаемым с помощью молекулярной динамики. Хотя есть некоторые свидетельства проникновения лиганда в родопсин и активируемые липидами GPCR из клеточной мембраны, наше исследование предоставляет первое такое доказательство активируемого пептидами GPCR и предполагает, что метастабильные промежуточные соединения на путях связывания и диссоциации лекарственного средства могут быть стабилизированы с помощью специфические взаимодействия между липидами и лигандом.См. подробности для DOI 10.1021/acs.biochem.8b00577
Просмотр сведений о Web of Science ID 000446542800012
Посмотреть подробности для PubMedID 30102523
- Структурная основа распознавания лиганда сигма(1) рецептора ПРИРОДА СТРУКТУРНАЯ И МОЛЕКУЛЯРНАЯ БИОЛОГИЯ Шмидт, Х. Р., Бетц, Р. М., Дрор, Р. О., Крузе, А. С.
2018; 25 (10): 981-+
Abstract
Рецептор σ1 представляет собой малоизученный мембранный белок, экспрессируемый по всему телу человека. Лиганды, нацеленные на рецептор σ1, проходят клинические испытания для лечения болезни Альцгеймера, ишемического инсульта и невропатической боли. Однако относительно мало известно о молекулярной функции рецептора σ1. Здесь мы представляем кристаллические структуры рецептора σ1 человека, связанного с антагонистами галоперидолом и NE-100, а также с агонистом (+)-пентазоцином, с кристаллографическим разрешением 3,1 Å, 2,9.Å и 3,1 Å соответственно.
Эти структуры обнаруживают уникальную позу связывания для агониста. Структуры и сопутствующие модели молекулярной динамики (МД) идентифицируют структурные перестройки в рецепторе, вызванные агонистами. Кроме того, мы показываем, что связывание лиганда с σ1 представляет собой многоступенчатый процесс, скорость которого ограничена изменением конформации рецептора. Мы использовали моделирование МД для реконструкции пути связывания лиганда, включающего два основных конформационных изменения. Эти данные обеспечивают основу для понимания молекулярной основы агонизма σ1.Посмотреть подробности для PubMedID 302
- Молекулярно-динамическое моделирование для всех. Нейрон Холлингсворт С.А., Дрор Р.О.
2018; 99 (6): 1129–1143
Abstract
В последние годы влияние моделирования молекулярной динамики (МД) на молекулярную биологию и открытие лекарств резко возросло. Эти модели отражают поведение белков и других биомолекул с полной атомарной детализацией и с очень высоким временным разрешением.
Значительные улучшения в скорости, точности и доступности моделирования, а также распространение экспериментальных структурных данных повысили привлекательность биомолекулярного моделирования для экспериментаторов — тенденция, особенно заметная в нейробиологии, хотя, конечно, не ограничивающаяся ею. Моделирование оказалось полезным для расшифровки функциональных механизмов белков и других биомолекул, для раскрытия структурных основ болезней, а также для разработки и оптимизации малых молекул, пептидов и белков. Здесь мы описываем, в практических терминах, типы информации, которую может предоставить моделирование МД, и способы, которыми они обычно мотивируют дальнейшую экспериментальную работу.Посмотреть подробности для PubMedID 30236283
- Структурные механизмы селективности и гейтирования анионных каналов родопсинов. Природа Като, Х.Е., Ким, Ю.С., Пагги, Дж.М., Эванс, К.Е., Аллен, В.Е., Ричардсон, К., Иноуэ, К., Ито, С., Рамакришнан, К. , Фенно, Л.Е., Ямасита, К., Хильгер Д., Ли С.Ю., Берндт А., Шен К., Кандори Х., Дрор Р.О., Кобилка Б.К., Дейссерот К.
2018
Abstract
Как сконструированные, так и природные анион-проводящие каналородопсины (dACR и nACR соответственно) широко применяются в оптогенетике (позволяют селективно ингибировать активность клеток-мишеней в исследованиях поведения животных), но каждый класс имеет ограничения по эффективности, нарушения в отношениях структура-функция канала. Таким образом, молекулярное и структурное понимание dACR и nACR будет иметь решающее значение не только для понимания фундаментальных механизмов этих светозависимых анионных каналов, но и для создания оптогенетических инструментов следующего поколения. Здесь мы сообщаем о кристаллических структурах dACR iC++, а также о спектроскопическом, электрофизиологическом и вычислительном анализе, которые дают неожиданное представление о зависимости от pH, распознавании субстрата, закрытии каналов и ионной селективности как dACR, так и nACR.
Эти результаты позволили нам создать родопсин с анион-проводящим каналом, объединяющий ключевые особенности большого фототока и быстрой кинетики наряду с исключительной селективностью по анионам.Посмотреть подробности для PubMedID 30158697
- Кристаллическая структура природного анионпроводящего канала родопсина GtACR1. Природа Ким Ю.С., Като Х.Е., Ямасита К., Ито С., Иноуэ К., Рамакришнан К., Фенно Л.Е., Эванс К.Е., Пагги Дж.М., Дрор Р.О., Кандори Х., Кобилка , Б.К., Дайссерот, К.
2018
Abstract
Встречающийся в природе каналродопсин вариант анионного канала родопсин-1 (ACR1), обнаруженный в криптофитной водоросли Guillardia theta, проявляет большую светозависимую анионную проводимость и высокую анионселективность при экспрессии в гетерологичных условиях, свойства, которые поддерживают его использование в качестве оптогенетического инструмента для ингибировать возбуждение нейронов светом. Однако молекулярное понимание ACR1 отсутствует из-за отсутствия структурной информации, лежащей в основе светозависимой анионной проводимости.
Здесь мы представляем кристаллическую структуру G. theta ACR1 при 2,9Резолюция. Структура обнаруживает необычные архитектурные особенности, которые охватывают внеклеточный домен, ретинально-связывающий карман, область оснований Шиффа и путь анионной проводимости. Вместе с электрофизиологическим и спектроскопическим анализом эти результаты раскрывают фундаментальную молекулярную основу естественной светозависимой анионной проводимости и обеспечивают основу для разработки оптогенетических инструментов следующего поколения.Посмотреть подробности для PubMedID 30158696
- Структура комплекса µ-опиоидный рецептор-Gi-белок. Природа Кёль, А., Ху, Х., Маэда, С., Чжан, Ю., Ку, К., Паджи, Дж. М., Латоррака, Н. Р., Хилгер, Д., Доусон, Р., Матиле, Х., Шертлер, Г. Ф., Гранье С., Вейс В. И., Дрор Р. О., Манглик А., Скиниотис Г., Кобилка Б. К.
2018
Abstract
Мю-опиоидный рецептор (muOR) представляет собой рецептор, связанный с G-белком (GPCR), и является мишенью для большинства опиоидов, используемых в клинических и рекреационных целях.
Индуцированные положительные эффекты обезболивания и эйфории опосредованы передачей сигналов muOR через ингибирующий аденилатциклазу гетеротримерный G-белок Gi. Здесь мы представляем структуру криоэлектронной микроскопии с разрешением 3,5 А muOR, связанного с пептидом-агонистом DAMGO и не содержащим нуклеотидов Gi. DAMGO занимает карман морфинанового лиганда, при этом его N-конец взаимодействует с консервативными остатками рецептора, а его C-конец взаимодействует с областями, важными для селективности опиоидного лиганда. Сравнение комплекса muOR-Gi с ранее определенными структурами других GPCR, связанных со стимулирующим G-белком Gs, выявляет различия в положении трансмембранной спирали рецептора 6 и во взаимодействиях между альфа-субъединицей G-белка и ядром рецептора. Вместе эти результаты проливают свет на структурные особенности, которые вносят вклад в специфичность связывания белков Gi в OR.Посмотреть подробности для PubMedID 29899455
- Каталитическая активация бета-аррестина GPCR ПРИРОДА Эйхель, К. , Джулли, Д., Барси-Райн, Б., Латоррака, Н. Р., Мазурел, М., Сибарита, Дж., Дрор, Р. О., фон Застров, М.
2018; 557 (7705): 381-+
Abstract
β-аррестины являются важными белками-регуляторами и трансдукторами для рецепторов, связанных с G-белком (GPCR). Широко распространено мнение, что β-аррестин активируется путем образования стабильного и стехиометрического каркасного комплекса GPCR-β-аррестин, который требует и управляется фосфорилированным хвостом GPCR. Здесь мы демонстрируем отчетливый и дополнительный механизм активации β-arrestin, который не требует стабильного каркаса GPCR-β-arrestin или хвоста GPCR. Вместо этого это происходит за счет временного включения ядра GPCR, что дестабилизирует консервативную сеть междоменных зарядов в β-arrestin. Это способствует захвату β-arrestin на плазматической мембране и его накоплению в покрытых клатрином эндоцитарных структурах (CCS) после диссоциации от GPCR, что требует серии взаимодействий с мембранными фосфоинозитидами и белками CCS-решетки.
Кластеризация β-аррестина в CCS в отсутствие предшествующего активирующего GPCR связана с β-аррестин-зависимым компонентом клеточного ответа ERK (внеклеточная сигнально-регулируемая киназа). Эти результаты очерчивают дискретный механизм клеточной функции β-аррестина, который каталитически активируется GPCR.Посмотреть подробности для PubMedID 29720660
- Один рецептор, много партнеров: как GPCR стимулируют различные сигнальные белки?
Дрор, Р.
AMER CHEMICAL SOC. 2018
Просмотреть сведения о идентификаторе Web of Science 000435537706812
- Молекулярное моделирование и машинное обучение для разработки точно настроенных лекарств
Дрор, Р.
AMER CHEMICAL SOC. 2018
Просмотр сведений о Web of Science ID 000435537706446
- G(i)- и G(s)-связанные GPCR демонстрируют разные способы связывания G-белка. ТРУДЫ НАЦИОНАЛЬНОЙ АКАДЕМИИ НАУК СОЕДИНЕННЫХ ШТАТОВ АМЕРИКИ Ван Эпс, Н. , Альтенбах, К., Каро, Л.Н., Латоррака, Н.Р., Холлингсворт, С.А., Дрор, Р.О., Эрнст, О.П., Хаббелл, В.Л.
2018; 115 (10): 2383–88
Abstract
Более двух десятилетий назад был открыт механизм активации мембраносвязанного фоторецептора и прототипического рецептора, связанного с G-белком (GPCR) родопсина. При индуцированных светом изменениях взаимодействия лиганд-рецептор движение специфических трансмембранных спиралей внутри рецептора открывает щель на поверхности цитоплазмы, позволяя связываться гетеротримерным белкам, связывающим гуаниновые нуклеотиды (G-белкам). Общие черты этого механизма активации сохраняются во всем суперсемействе GPCR. Тем не менее, GPCR обладают селективностью в отношении различных членов семейства G-белков, но механизм селективности остается неясным. Сообщалось о структурах GPCR в комплексе со стимулирующим G-белком, Gs и дополнительным нанотелом для стабилизации комплекса, что дает информацию о межмолекулярных взаимодействиях. Однако для выявления фильтров структурной селективности необходимо определить структуры белка GPCR-G с участием других подтипов G-белка.
Кроме того, важно получать структуры в отсутствие нанотела, которое может влиять на структуру. Здесь мы представляем модель белкового комплекса родопсин-G, полученную из ограничений межмолекулярного расстояния между активированным рецептором и ингибирующим G-белком, Gi, с использованием спектроскопии электронного парамагнитного резонанса и методологий спинового мечения. Моделирование молекулярной динамики продемонстрировало общую стабильность моделируемого комплекса. В комплексе rhodopsin-Gi Gi взаимодействует с родопсином способом, отличным от предыдущих структур GPCR-Gs, обеспечивая понимание детерминант специфичности.Посмотреть подробности для PubMedID 29463720
- Механизм транслокации субстрата в транспортере переменного доступа
Латоррака, Н. Р., Фастман, Н. М., Фэн, Л., Дрор, Р. О.
КЛЕТОЧНЫЙ ПРЕСС. 2018: 207А
Просмотр сведений о Web of Science ID 000430439600286
- Вдохновленный структурой дизайн лигандов, связанных с бета-аррестином, для аминергических GPCR ПРИРОДА ХИМИЧЕСКАЯ БИОЛОГИЯ Маккорви Дж. Д., Батлер К. В., Келли Б., Рехштайнер К., Карпиак Дж., Бетц Р. М., Кормос Б. Л., Шойхет Б. К., Дрор Р. О., Джин Дж., Рот Б. Л.
2018; 14 (2): 126-+
Abstract
Разработка предвзятых лигандов, нацеленных на рецепторы, связанные с G-белком (GPCR), является многообещающим подходом к разработке современных лекарств. Несмотря на то, что структурный дизайн лекарств с предвзятыми агонистами остается сложной задачей даже при обилии кристаллических структур GPCR, мы представляем подход для перевода структурных данных GPCR в лиганды, ориентированные на β-аррестин, для аминергических GPCR. Мы идентифицировали специфические контакты аминокислота-лиганд в трансмембранной спирали 5 (TM5) и внеклеточной петле 2 (EL2), ответственные за передачу сигналов Gi/o и β-arrestin, соответственно, и нацелили эти остатки на разработку предвзятых лигандов. Для этих лигандов мы обнаружили, что систематическая ошибка сохраняется для других аминергических GPCR, которые сохраняют сходные остатки в TM5 и EL2.
Наш подход обеспечивает шаблон для создания лигандов, связанных с аррестином, путем модификации предсказанных взаимодействий лигандов, которые блокируют взаимодействия TM5 и способствуют взаимодействиям EL2. Эта стратегия может облегчить структурно-ориентированный дизайн лигандов с аррестиновым уклоном в других GPCR, включая лиганды с полифармакологическим уклоном.Посмотреть подробности для PubMedID 273
Посмотреть подробности для PubMedCentralID PMC5771956
- Вдохновленный структурой дизайн лигандов, связанных с β-аррестином, для аминергических GPCR Природа Химия Биология Маккорви Дж. Д., Батлер К. В., Келли Б., Рехштайнер К., Карпиак Дж., Бетц Р. М., Кормос Б. Л., Шойхет Б. К., Дрор Р. О., Джин Дж., Рот Б. Л. 2018: 126-134
- Структуры дофаминового рецептора D-4 с высоким разрешением позволяют открывать селективные агонисты НАУКА Ван С., Вакер Д., Левит А. , Че Т., Бетц Р. М., МакКорви Дж. Д., Венкатакришнан А. Дж., Хуанг X., Дрор Р. О., Шойхет Б. К., Рот Б. Л.
2017; 358 (6361): 381-+
Abstract
Дофаминовые рецепторы участвуют в патогенезе и лечении почти всех психоневрологических расстройств. Хотя тысячи лекарств взаимодействуют с этими рецепторами, наше молекулярное понимание селективности и дизайна дофаминергических лекарств остается туманным. Чтобы осветить структуру, функцию и распознавание лиганда дофаминового рецептора, мы определили кристаллические структуры дофаминового рецептора D4 в его неактивном состоянии, связанного с антипсихотическим препаратом немонапридом, с разрешением до 1,9.5 ангстрем. Эти структуры указывают на механизм контроля конститутивной передачи сигналов, а их необычно высокое разрешение позволило провести основанную на структурах кампанию по поиску новых агонистов дофаминового рецептора D4. Способность эффективно использовать структуру для открытия специфических зондов — быстрый переход от выяснения структуры рецептора к обнаружению ранее неизвестных селективных агонистов — свидетельствует о силе подходов, основанных на структуре.
Посмотреть подробности для PubMedID 283
Посмотреть подробности для PubMedCentralID PMC5856174
- Механизм транслокации субстрата в переносчике альтернативного доступа
Дрор, Р.
AMER CHEMICAL SOC. 2017
Просмотр сведений о Web of Science ID 000429525604063
- Выявление структурной основы передачи сигналов GPCR посредством моделирования на атомном уровне
Дрор, Р.
AMER CHEMICAL SOC. 2017
Просмотр сведений о Web of Science ID 000429556702618
- Структурно-функциональный анализ комплекса бета(2)-адренергических рецепторов с GRK5 СОТОВЫЙ Комолов К.Э., Ду Ю., Нгуен Минь Дык Н.М., Бетц Р.М., Родригес Дж.П., Лейб Р.Д., Патра Д., Скиниотис Г., Адамс К.М., Дрор Р.О., Чанг К.Ю., Кобилка , Б.К., Бенович, Дж.Л.
2017; 169 (3): 407-?
Abstract
Фосфорилирование рецепторов, связанных с G-белком, занятых агонистами (GPCR), с помощью киназ GPCR (GRK) отключает передачу сигналов G-белком и включает передачу сигналов, опосредованную аррестином.
Хотя в последние годы появилось структурное понимание комплексов GPCR/G-белок и GPCR/аррестин, молекулярная архитектура комплекса GPCR/GRK остается плохо определенной. Мы использовали комплексный комплексный подход сшивания, масс-спектрометрии (МС) водородно-дейтериевого обмена, электронной микроскопии, мутагенеза, молекулярно-динамического моделирования и компьютерного докинга для анализа взаимодействия GRK5 с β2-адренергическим рецептором (β2AR). Эти исследования выявили динамический механизм образования комплекса, который включает большие конформационные изменения на границе раздела RH GRK5/каталитического домена при связывании с рецептором. Эти изменения облегчают контакты между внутриклеточными петлями 2 и 3 и С-концом β2AR с субдоменом пучка RH GRK5, мембраносвязывающей поверхностью и киназной каталитической щелью, соответственно. Эти исследования вносят значительный вклад в наше понимание механизма, с помощью которого GRK регулируют функцию активированных GPCR. СКРЕПКА.См.
подробности для DOI 10.1016/j.cell.2017.03.047Просмотр сведений о Web of Science ID 000399560600006
- Механизм транслокации субстрата в транспортере переменного доступа СОТОВЫЙ Латоррака, Н. Р., Фастман, Н. М., Венкатакришнан, А. Дж., Фроммер, В. Б., Дрор, Р. О., Фэн, Л.
2017; 169 (1): 96-?
Abstract
Транспортеры перемещают молекулы через клеточные мембраны, чередуя различные конформационные состояния. Остаются фундаментальные вопросы о том, как переносчики переходят между состояниями и как такие структурные перестройки регулируют транслокацию субстрата. Здесь мы фиксируем процесс транслокации с помощью кристаллографии и неуправляемого моделирования молекулярной динамики, обеспечивая описание альтернативного транспорта доступа на атомном уровне. Моделирование переносчика семейства SWEET, инициированного из открытой наружу, связанной с глюкозой структуры, описанной здесь, спонтанно принимает закрытые и открытые внутрь конформации.
Поразительно, но эти конформации соответствуют кристаллическим структурам, в том числе нашей открытой внутрь структуре. Эксперименты по мутагенезу дополнительно подтверждают прогнозы моделирования. Наши результаты показывают, что переходы состояний обусловлены благоприятными взаимодействиями, образующимися при закрытии внеклеточных и внутриклеточных «ворот», и неблагоприятной конфигурацией трансмембранной спирали, когда оба входа закрыты. Этот механизм приводит к жесткой аллостерической связи между воротами, не позволяя им открываться одновременно. Интересно, что субстрат, по-видимому, «бесплатно» проходит через мембрану, не вызывая крупных структурных перестроек в транспортере.См. подробности для DOI 10.1016/j.cell.2017.03.010
Просмотр сведений о Web of Science ID 0003970
011
Посмотреть подробности для PubMedID 28340354
- Кристаллическая структура рецептора серотонина человека, связанного с ЛСД. Сотовый Вакер Д. , Ван С., МакКорви Дж. Д., Бетц Р. М., Венкатакришнан А. Дж., Левит А., Лансу К., Школы З. Л., Че Т., Николс Д. Э., Шойхет Б. К., Дрор , Р. О., Рот, Б. Л.
2017; 168 (3): 377-389е12
Abstract
Прототипический галлюциноген ЛСД действует через серотониновые рецепторы, и здесь мы описываем кристаллическую структуру ЛСД в комплексе с человеческим серотониновым рецептором 5-HT2B. Комплекс обнаруживает конформационные перестройки для размещения ЛСД, обеспечивая структурное объяснение конформационной селективности ключевого диэтиламидного фрагмента ЛСД. ЛСД исключительно медленно диссоциирует как от 5-HT2BR, так и от 5-HT2AR — основной мишени для его психоактивности. Моделирование молекулярной динамики (МД) предполагает, что медленная кинетика связывания ЛСД может быть связана с «крышкой», образованной внеклеточной петлей 2 (EL2) на входе в связывающий карман. Мутация, которая, по прогнозам, увеличивает подвижность этого века, значительно ускоряет кинетику связывания ЛСД и избирательно ослабляет рекрутирование β-аррестина2, опосредованное ЛСД.
Таким образом, это исследование обнаруживает неожиданный способ связывания ЛСД; освещает ключевые особенности его кинетики, стереохимии и передачи сигналов; и дает молекулярное объяснение действия ЛСД на серотониновые рецепторы человека. СКРЕПКА.См. подробности для DOI 10.1016/j.cell.2016.12.033
Посмотреть подробности для PubMedID 28129538
Посмотреть подробности для PubMedCentralID PMC5289311
- Динамика GPCR: структуры в движении ХИМИЧЕСКИЕ ОБЗОРЫ Латоррака, Н. Р., Венкатакришнан, А. Дж., Дрор, Р. О.
2017; 117 (1): 139-155
Abstract
Функция рецепторов, связанных с G-белком (GPCR), которые представляют собой самый большой класс как мембранных белков человека, так и мишеней для лекарственных средств, в решающей степени зависит от их способности изменять форму, переходя между различными конформациями. Таким образом, определение структурной динамики GPCR необходимо как для понимания физиологии этих рецепторов, так и для рационального дизайна препаратов, нацеленных на GPCR.
Здесь мы рассмотрим, что в настоящее время известно о гибкости и динамике GPCR, как это определено с помощью кристаллографии, спектроскопии и компьютерного моделирования. Сначала мы предоставляем обзор типов движения, проявляемых GPCR, а затем обсуждаем динамику GPCR в контексте связывания лиганда, активации, аллостерической модуляции и предвзятой передачи сигналов. Наконец, мы обсудим последствия конформационной пластичности GPCR для дизайна лекарств.См. подробности для DOI 10.1021/acs.chemrev.6b00177
Просмотр сведений о Web of Science ID 0003
100007 Посмотреть подробности для PubMedID 27622975
- Идентификация кодов фосфорилирования для рекрутирования аррестина рецепторами, связанными с G-белком. Сотовый Чжоу, X. Э., Хе, Ю., де Ваал, П. В., Гао, X., Канг, Ю., Ван Эпс, Н., Инь, Ю., Пал, К., Госвами, Д., Уайт, Т. А., Барти А., Латоррака Н.Р., Чепмен Х.Н., Хаббелл В.Л., Дрор Р.О., Стивенс Р.С.
, Черезов В., Гуревич В.В., Гриффин П.Р., Эрнст О.П., Мельчер К., Сюй, Х.Е.
2017: 457-469- Идентификация кодов фосфорилирования для рекрутирования аррестина рецепторами, связанными с G-белком. Сотовый Чжоу, X.E., Хэ, Y.n., де Ваал, PW, Гао, X.n., Канг, Y.n., Ван Эпс, N.n., Инь, Y.n., Пал, K.n. ., Госвами Д. Н., Уайт Т. А., Барти А. Н., Латоррака Н. Р., Чепмен Х. Н., Хаббелл В. Л., Дрор Р. О., Стивенс Р. С., Черезов В. Н., Гуревич В. В. , Griffin, P.R., Ernst, O.P., Melcher, K.n., Xu, H.E. 2017; 170 (3): 457–69.e13
Abstract
Рецепторы, связанные с G-белками (GPCRs), частично опосредуют разнообразную передачу сигналов посредством взаимодействия с аррестинами, связывание которых способствует интернализации рецепторов и передаче сигналов через независимые от G-белков пути. Высокоаффинное связывание аррестина требует фосфорилирования рецептора, часто на С-концевом конце рецептора. Здесь мы сообщаем о кристаллической структуре комплекса родопсин-аррестин с помощью рентгеновского лазера на свободных электронах (XFEL), в которой фосфорилированный С-конец родопсина образует протяженный межмолекулярный β-лист с N-концевыми β-нитями аррестина.
Фосфорилирование было обнаружено по C-концевым остаткам хвоста родопсина T336 и S338. Эти два фосфостатка вместе с Е341 образуют разветвленную сеть электростатических взаимодействий с тремя положительно заряженными карманами в аррестине по типу, напоминающему связывание фосфорилированного хвоста рецептора вазопрессина-2 с β-аррестином-1. Основываясь на этих наблюдениях, мы получили и подтвердили набор кодов фосфорилирования, которые служат общим механизмом зависимого от фосфорилирования рекрутирования аррестинов с помощью GPCR.Посмотреть подробности для PubMedID 28753425
Посмотреть подробности для PubMedCentralID PMC5567868
- Механизм внутриклеточного аллостерического антагониста β2AR, выявленный с помощью рентгеноструктурного анализа. Природа Лю, X. н., Ан, С. н., Кахсаи, А. В., Менг, К. С., Латоррака, Н. Р., Пани, Б. н., Венкатакришнан, А. Дж., Масуди, А. н., Вейс, В. И., Дрор, Р. О., Чен, X. н., Лефковиц, Р.
Дж., Кобилка, Б. К.
2017; 548 (7668): 480–84 Abstract
Связанные с G-белком рецепторы (GPCR) создают проблемы для усилий по поиску лекарств из-за высокой степени структурной гомологии в ортостерическом кармане, особенно для GPCR в пределах одного подсемейства, такого как девять адренергических рецепторов. Аллостерические лиганды могут связываться с менее консервативными областями этих рецепторов и, следовательно, более избирательны. В отличие от ортостерических лигандов, которые тонически активируют или ингибируют передачу сигналов, аллостерические лиганды модулируют физиологические реакции на гормоны и нейротрансмиттеры и, следовательно, могут иметь меньше побочных эффектов. Большинство кристаллических структур GPCR, опубликованных на сегодняшний день, были получены с рецепторами, связанными с ортостерическими антагонистами, и сообщалось только о нескольких структурах, связанных с аллостерическими лигандами. Соединение 15 (Cmpd-15) представляет собой аллостерический модулятор β2-адренергического рецептора (β2AR), который недавно был выделен из библиотеки низкомолекулярных ДНК, кодируемых ДНК.
Антагонисты ортостерических β-адренорецепторов, известные как бета-блокаторы, относятся к числу наиболее назначаемых препаратов в мире, а Cmpd-15 является первым аллостерическим бета-блокатором. Cmpd-15 проявляет отрицательную кооперативность с агонистами и положительную кооперативность с обратными агонистами. Здесь мы представляем структуру β2AR, связанного с производным полиэтиленгликоль-карбоновой кислоты (Cmpd-15PA) этого модулятора. Cmpd-15PA связывается с карманом, образованным в основном цитоплазматическими концами трансмембранных сегментов 1, 2, 6 и 7, а также внутриклеточной петлей 1 и спиралью 8. Сравнение этой структуры со структурами в неактивном и активном состоянии β2AR показывает механизм, с помощью которого Cmpd-15 модулирует аффинность связывания агониста и передачу сигналов.Посмотреть подробности для PubMedID 28813418
- Механизм внутриклеточного аллостерического антагониста β2AR, выявленный с помощью рентгеноструктурного анализа Природа Лю Х.
, Ан С., Кахсаи А.В., Менг К.С., Латоррака Н.Р., Пани Б., Венкатакришнан А., Масуди А., Вейс В.И., Дрор Р.О., Чен Х., Лефковиц Р.Дж., Кобилка Б.В.
2017: 480-484 - Структуры дофаминового рецептора D4 с высоким разрешением позволяют открывать селективные агонисты Наука Ван С., Вакер Д., Левит А., Че Т., Бетц Р. М., МакКорви Дж. Д., Венкатакришнан А., Хуанг Х. П., Дрор Р. О., Шойхет Б. К., Рот Б. Л. 2017: 381-386
- Структурно-функциональный анализ комплекса β2-адренорецепторов с GRK5 Сотовый Комолов К.Е., Ду Ю., Дук Н.М., Бетц Р.М., Родригес Ж.М., Лейб Р.Д., Патра Д., Скиниотис Г., Адамс К.М., Дрор Р.О., Чанг К.Ю., Кобилка Б.К. , Бенович, Дж. Л. 2017: 407-421
- Кристаллическая структура полноразмерного тетраспанина человека выявляет карман, связывающий холестерин СОТОВЫЙ Циммерман, Б., Келли, Б., Макмиллан, Б.Дж., Сигар, Т.С., Дрор, Р.О., Крузе, А.
С., Блэклоу, С.К.
2016; 167 (4): 1041-? Abstract
Тетраспанины составляют разнообразное семейство четырехпроходных трансмембранных белков, играющих важную роль в иммунной, репродуктивной, мочеполовой и слуховой системах. Несмотря на их широко распространенную роль в физиологии человека, мало что известно о структуре тетраспанинов или молекулярных механизмах, лежащих в основе их различных функций. Здесь мы сообщаем о кристаллической структуре CD81 человека, полноразмерного тетраспанина. Трансмембранные сегменты CD81 упаковываются в виде двух в значительной степени разделенных пар спиралей, закрытых большой внеклеточной петлей (EC2) на листочке наружной мембраны. Две пары спиралей сходятся на внутренней створке, создавая внутримембранный карман с дополнительной электронной плотностью, соответствующей молекуле холестерина, связанной внутри полости. Моделирование молекулярной динамики идентифицирует дополнительную конформацию, в которой EC2 существенно отделяется от трансмембранного домена.
Связывание холестерина, по-видимому, модулирует активность CD81 в клетках, что указывает на потенциальный механизм регуляции функции тетраспанина.См. подробности для DOI 10.1016/j.cell.2016.09.056
Просмотр сведений о Web of Science ID 00038946
20
Посмотреть подробности для PubMedID 27881302
Посмотреть подробности для PubMedCentralID PMC5127602
- Выявление механизмов белковой аллостерии на атомном уровне с помощью молекулярно-динамического моделирования PLOS ВЫЧИСЛИТЕЛЬНАЯ БИОЛОГИЯ Хертиг С., Латоррака Н. Р., Дрор Р. О. 2016; 12 (6)
Abstract
Молекулярно-динамическое моделирование (МД) стало мощным и популярным методом изучения белковой аллостерии, широко распространенного явления, при котором воздействие на один участок белка влияет на свойства другого участка белка. Улавливая движения атомов, составляющих белок, моделирование может позволить обнаружить аллостерические сайты связывания и определить механистическую основу аллостерии.
Эти результаты могут стать основой для приложений, включая рациональный дизайн лекарств и белковую инженерию. Здесь мы представляем введение в исследование аллостерии белков с использованием моделирования молекулярной динамики. Мы подчеркиваем важность разработки симуляций, которые включают соответствующие возмущения в молекулярной системе, такие как добавление или удаление лигандов или применение механической силы. Мы также показываем, как двунаправленная природа аллостерии — тот факт, что два задействованных сайта влияют друг на друга симметричным образом — может облегчить такие исследования. С помощью серии тематических исследований мы показываем, как эти концепции использовались для выявления структурной основы аллостерии в нескольких белках и белковых комплексах, представляющих биологический и фармацевтический интерес.См. подробности для DOI 10.1371/journal.pcbi.1004746
Посмотреть сведения о Web of Science ID 00037
00002
Посмотреть подробности для PubMedID 27285999
Посмотреть подробности для PubMedCentralID PMC4
- 0
- Молекулярные основы диссоциации лиганда от рецептора аденозина А(2А) МОЛЕКУЛЯРНАЯ ФАРМАКОЛОГИЯ Го, Д.
, Пан, А.С., Дрор, Р.О., Мокинг, Т., Лю, Р., Хейтман, Л.Х., Шоу, Д.Е., Эйзерман, А.П.
2016; 89(5): 485-491 Abstract
Как наркотики отделяются от своих мишеней, практически неизвестно. Мы исследовали молекулярную основу этого процесса в аденозиновом A2A-рецепторе (A2AR), прототипическом рецепторе, связанном с G-белком (GPCR). С помощью экспериментов по связыванию кинетического радиолиганда мы охарактеризовали мутантные рецепторы, выбранные на основе молекулярно-динамического моделирования антагониста ZM241385, диссоциирующего от A2AR. Мы обнаружили мутации, которые резко изменили скорость диссоциации лиганда, несмотря на незначительное влияние на его аффинность связывания, продемонстрировав, что даже свойства рецептора с небольшим вкладом в аффинность могут оказаться критическими для процесса диссоциации. Наши результаты также предполагают, что ZM241385 следует многоступенчатому пути диссоциации, последовательно взаимодействуя с отдельными рецепторными областями, механизм, который также может быть общим для многих других GPCR.
См. подробности для DOI 10.1124/mol.115.102657
Просмотр сведений о Web of Science ID 000374963400001
Посмотреть подробности для PubMedID 26873858
- Структурное понимание активации мю-опиоидных рецепторов ПРИРОДА Хуанг В., Манглик А., Венкатакришнан А.Дж., Лаэреманс Т., Фейнберг Э.Н., Санборн А.Л., Като Х.Е., Ливингстон К.Е., Торсен Т.С., Клинг Р.К., Гранье С., Гмайнер, П., Мужья С. М., Трейнор Дж. Р., Вайс В. И., Стейарт Дж., Дрор Р. О., Кобилка Б. К. 2015 г.; 524 (7565): 315-?
Abstract
Активация μ-опиоидного рецептора (μOR) отвечает за эффективность наиболее эффективных анальгетиков. Чтобы пролить свет на структурную основу для активации μOR, здесь мы сообщаем о рентгеновской кристаллической структуре 2,1 Å мышиной μOR, связанной с агонистом морфинана BU72 и фрагментом антитела миметика G-белка верблюда. Стабилизированные BU72 изменения в кармане связывания μOR малозаметны и отличаются от тех, которые наблюдаются для связанных с агонистом структур β2-адренергического рецептора (β2AR) и мускаринового рецептора M2.
Сравнение с активным β2AR показывает обычную перестройку упаковки трех консервативных аминокислот в ядре μOR, а моделирование молекулярной динамики показывает, как лиганд-связывающий карман конформационно связан с этой консервативной триадой. Кроме того, обширная полярная сеть между лиганд-связывающим карманом и цитоплазматическими доменами, по-видимому, играет сходную роль в распространении сигнала для всех трех рецепторов, связанных с G-белком.Посмотреть подробности для DOI 10.1038/nature14886
Просмотр сведений о Web of Science ID 000359714000028
- Структурные основы обмена нуклеотидов в гетеротримерных G-белках НАУКА Дрор Р.О., Милдорф Т.Дж., Хильгер Д., Манглик А., Борхани Д.В., Арлоу Д.Х., Филиппсен А., Вильянуэва Н., Ян З., Лерх М.Т., Хаббелл В.Л., Кобилка , Б.К., Сунахара, Р.К., Шоу, Д.Е. 2015 г.; 348 (6241): 1361-1365
Abstract
Рецепторы, связанные с G-белками (GPCRs), передают разнообразные внеклеточные сигналы в клетки, катализируя высвобождение нуклеотидов из гетеротримерных G-белков, но механизм, лежащий в основе этого типичного молекулярного сигнального события, остается неясным.
Здесь мы используем моделирование на атомном уровне, чтобы объяснить механизм высвобождения нуклеотидов. Мы находим, что α-субъединица Ras и спиральные домены G-белка, которые, как ранее наблюдалось, широко разделяются при связывании с рецептором, чтобы обнажить сайт связывания нуклеотидов, спонтанно и часто разделяются даже в отсутствие рецептора. Разделение доменов необходимо, но недостаточно для быстрого высвобождения нуклеотидов. Скорее всего, рецепторы катализируют высвобождение нуклеотидов, способствуя внутренней структурной перестройке домена Ras, которая ослабляет его сродство к нуклеотидам. Мы используем спектроскопию двойного электрон-электронного резонанса и белковую инженерию, чтобы подтвердить предсказания нашего вычислительного механизма.См. подробности для DOI 10.1126/science.aaa5264
Просмотр сведений о Web of Science ID 000356449500051
- Выявление локальных изменений в больших системах: обнаружение точек изменений для биомолекулярного моделирования ТРУДЫ НАЦИОНАЛЬНОЙ АКАДЕМИИ НАУК СОЕДИНЕННЫХ ШТАТОВ АМЕРИКИ Фан З.
, Дрор Р. О., Милдорф Т. Дж., Пиана С., Шоу Д. Э.
2015 г.; 112 (24): 7454-7459 Abstract
Исследования по обнаружению точек изменения, классической проблеме обнаружения резких изменений в последовательных данных, были сосредоточены преимущественно на наборах данных с одной наблюдаемой. Однако растущее число наборов данных временных рядов включает множество наблюдаемых, часто с тем свойством, что данное изменение обычно влияет только на несколько наблюдаемых. Мы вводим общий статистический метод, который, учитывая множество зашумленных наблюдаемых, обнаруживает моменты времени, в которые различные подмножества наблюдаемых демонстрируют одновременные изменения в распределении данных, и явно идентифицирует эти подмножества. Наша работа мотивирована проблемой определения природы и времени биологически интересных конформационных изменений, которые происходят во время моделирования биомолекул на атомном уровне, таких как белки. Эта проблема оказалась сложной как потому, что каждое такое конформационное изменение может затрагивать только небольшую область молекулы, так и потому, что эти изменения часто малозаметны по сравнению с вездесущим фоном более быстрых структурных флуктуаций.
Мы показываем, что наш метод эффективен для обнаружения биологически интересных конформационных изменений в молекулярно-динамическом моделировании как свернутых, так и развернутых белков, даже в тех случаях, когда эти изменения трудно обнаружить с помощью альтернативных методов. Этот метод может также облегчить обнаружение точек изменения в других типах последовательных данных, включающих большое количество наблюдаемых — проблема, которая, вероятно, станет все более важной, поскольку такие данные продолжают распространяться в различных областях приложений.Посмотреть подробности для DOI 10.1073/pnas.1415846112
Посмотреть сведения о Web of Science ID 000356251800044
Посмотреть подробности для PubMedID 26025225
Посмотреть подробности для PubMedCentralID PMC4475967
- Структурная основа распознавания хемокинов и активации вирусного рецептора, связанного с G-белком НАУКА Бург, Дж. С., Инграм, Дж.
Р., Венкатакришнан, А. Дж., Джуд, К. М., Дуккипати, А., Файнберг, Э. Н., Анджелини, А., Ваграй, Д., Дрор, Р. О., Плоэх, Х. Л., Гарсия, К. С.
2015 г.; 347 (6226): 1113-1117 См. подробности для DOI 10.1126/science.aaa5026
Просмотр сведений о Web of Science ID 000350354200046
- Взгляд на роль Asp79(2.50) в активации бета(2) адренергических рецепторов на основе молекулярно-динамического моделирования БИОХИМИЯ Ранганатан А., Дрор Р. О., Карлссон Дж. 2014; 53 (46): 7283-7296
Abstract
Достижение понимания на молекулярном уровне активации рецептора, связанного с G-белком (GPCR), было давней целью в биологии и может иметь важное значение для разработки новых лекарств. Недавние прорывы в структурной биологии привели к определению кристаллических структур с высоким разрешением для адренергического рецептора β2 (β2AR) в неактивном и активном состояниях, что предоставило беспрецедентную возможность понять передачу сигналов рецептора на атомном уровне.
Мы использовали моделирование молекулярной динамики (МД) для изучения потенциальной роли ионизируемых остатков в активации β2AR. Одним из таких остатков является сильно консервативный Asp79.(2.50), который находится в трансмембранной полости и обезвоживается при активации β2AR. Расчеты свободной энергии МД, основанные на кристаллических структурах β2AR, показали увеличение популяции протонированного состояния Asp79(2,50) при активации, что может способствовать экспериментально наблюдаемой pH-зависимой активации этого рецептора. Анализ MD-симуляций (всего > 100 мкс) с двумя разными состояниями протонирования дополнительно подтвердил вывод о том, что протонированный Asp79(2,50) сдвигает конформацию β2AR в сторону более активных состояний. На основании наших расчетов и анализа других кристаллических структур GPCR мы предполагаем, что состояние протонирования Asp(2.50) может действовать как функционально важный микропереключатель при активации β2AR и других рецепторов класса А.Посмотреть подробности для DOI 10.
1021/bi5008723Просмотреть сведения о идентификаторе Web of Science 000345551800013
Посмотреть подробности для PubMedID 25347607
- Антон 2: Поднять планку производительности и программируемости в специализированном суперкомпьютере молекулярной динамики SC14: МЕЖДУНАРОДНАЯ КОНФЕРЕНЦИЯ ПО ВЫСОКОПРОИЗВОДИТЕЛЬНЫМ ВЫЧИСЛЕНИЯМ, СЕТИ, ХРАНЕНИЕ И АНАЛИЗА Шоу, Д.Э., Гроссман, Дж.П., Бэнк, Дж.А., Бэтсон, Б., Баттс, Дж.А., Чао, Дж.К., Денерофф, М.М., Дрор, Р.О., Эвен, А., Фентон, С.Х., Форте, А., Гальярдо, Дж. ., Гилл Г., Грескэмп Б., Хо С.Р., Иерарди Д.Дж., Изерович Л., Кускин Д.С., Ларсон Р.Х., Лейман Т., Ли Л., Лерер А.К., Ли С. ., Киллебрю Д., Маккензи К. М., Мок С. Ю., Мораес М. А., Мюллер Р., Носиоло Л. Дж., Петиколас Дж. Л., Куан Т., Рамот Д., Салмон Дж. К., Скарпацца Д. П., Бен Шафер, У., Сиддик, Н., Снайдер, К.В., Шпенглер, Дж., Танг, П.Т., Теобальд, М., Тома, Х., Таулз, Б., Витале, Б., Ван, С.С., Янг, С. 2014: 41-53
Посмотреть подробности для DOI 10.
1109/SC.2014.9Просмотр сведений о Web of Science ID 0003
400004
- Роль лигандов в равновесии между функциональными состояниями рецептора, связанного с g-белком. Журнал Американского химического общества Ким Т. Х., Чанг К. Ю., Манглик А., Хансен А. Л., Дрор Р. О., Милдорф Т. Дж., Шоу Д. Э., Кобилка Б. К., Проссер Р. С. 2013; 135 (25): 9465-9474
Abstract
Связанные с G-белком рецепторы проявляют широкий спектр сигнального поведения в ответ на различные лиганды. Когда небольшая метка была включена в цитозольный интерфейс трансмембранной спирали 6 (Cys-265), спектры (19)F ЯМР β2-адренергического рецептора (β2AR), воссозданного в мицеллах детергента мальтоза/неопентилгликоль, выявили два различных неактивных состояния, промежуточное состояние на пути к активации и, в присутствии миметика G-белка, преобладающее активное состояние. Анализ спектров в зависимости от температуры показал, что для всех лигандов промежуточный продукт активации энтропийно благоприятен и энтальпически неблагоприятен.
Изменения энтальпии β2AR в сторону активации заметно ниже, чем у родопсина, что, вероятно, является следствием базальной активности и того факта, что ионный замок и другие взаимодействия, стабилизирующие неактивное состояние β2AR, слабее. Положительные изменения энтропии в сторону активации, вероятно, отражают большую подвижность (конфигурационную энтропию) в цитоплазматическом домене, что подтверждается анализом параметра порядка. Лиганды сильно влияют на общие изменения энтальпии и энтропии системы и соответствующие изменения в населенности и амплитуде движения данных состояний, предполагая сложный ландшафт состояний и подсостояний.Посмотреть подробности для DOI 10.1021/ja404305k
Посмотреть подробности для PubMedID 23721409
- Аппаратная поддержка мелкозернистых вычислений, управляемых событиями, в Антоне 2 УВЕДОМЛЕНИЯ О СИГПЛАНЕ ACM Гроссман, Дж. П., Кускин, Дж. С., Бэнк, Дж. А., Теобальд, М., Дрор, Р. О., Иерарди, Д.
Дж., Ларсон, Р. Х., Бен Шафер, У., Таулз, Б., Янг, К., Шоу, Д. Э.
2013; 48 (4): 549-560 Просмотреть сведения о идентификаторе Web of Science 000321213100045
- Динамический процесс активации бета(2)-адренорецепторов СОТОВЫЙ Найгаард Р., Зоу Ю., Дрор Р. О., Милдорф Т. Дж., Арлоу Д. Х., Манглик А., Пан А. К., Лю С. В., Фунг Дж. Дж., Бокоч М. П., Тиан Ф. С., Кобилка Т. С. , Шоу Д. Э., Мюллер Л., Проссер Р. С., Кобилка Б. К. 2013; 152 (3): 532-542
Abstract
Связанные с G-белком рецепторы (GPCR) могут модулировать различные сигнальные пути, часто лиганд-специфическим образом. Полный спектр функционально релевантных конформаций GPCR плохо изучен. Здесь мы используем ЯМР-спектроскопию, чтобы охарактеризовать конформационную динамику трансмембранного ядра β (2)-адренергического рецептора (β (2) AR), прототипа GPCR. Мы пометили β(2)AR (13)CH(3)ε-метионином и получили спектры HSQC нелигандного рецептора, а также рецептора, связанного с обратным агонистом, агонистом и нанотелом-миметиком G-белка.
Эти исследования свидетельствуют о конформационных состояниях, не наблюдаемых в кристаллических структурах, а также о существенной конформационной гетерогенности в препаратах, связанных с агонистами и обратными агонистами. Они также показывают, что для β(2)AR, в отличие от родопсина, агонист сам по себе не стабилизирует полностью активную конформацию, предполагая, что конформационная связь между карманом, связывающим агонист, и поверхностью, связывающей G-белок, не является жесткой. Наблюдаемая гетерогенность может быть важна для способности β(2)AR задействовать множественные сигнальные и регуляторные белки.См. подробности для DOI 10.1016/j.cell.2013.01.008
Просмотр сведений о Web of Science ID 000314362800022
Посмотреть подробности для PubMedID 23374348
Просмотреть сведения о PubMedCentralID PMC3586676
- Динамический процесс активации β2-адренорецепторов Сотовый Найгаард Р., Зоу Ю.
, Дрор Р. О., Милдорф Т. Дж., Арлоу Д. Х., Манглик А., Пан А. К., Лю С. В., Фунг Дж. Дж., Бокоч М. П., Тиан Ф. С., Кобилка Т. С. , Шоу Д. Э., Мюллер Л., Проссер Р. С., Кобилка Б. К.
2013: 532-542 - Расширение возможностей моделирования молекулярной динамики на специализированной машине 27-Й МЕЖДУНАРОДНЫЙ СИМПОЗИУМ ПО ПАРАЛЛЕЛЬНОЙ И РАСПРЕДЕЛЕННОЙ ОБРАБОТКЕ IEEE (IPDPS 2013) Скарпацца Д. П., Иерарди Д. Дж., Лерер А. К., Маккензи К. М., Пан А. С., Банк Дж. А., Чоу Э., Дрор Р. О., Гроссман Дж. П., Киллебрю Д., Мораес М. А., Предеску К. , Салмон, Дж. К., Шоу, Д. Э. 2013: 933-945
См. подробности для DOI 10.1109/IPDPS.2013.93
Посмотреть сведения о Web of Science ID 000332828000081
- Структурные основы модуляции GPCR аллостерическими препаратами Природа Дрор, Р.О., Грин, Х.Ф., Валант, К., Борхани, Д.В., Валькур, Дж.Р., Пан, А.С., Арлоу, Д.Х., Каналс, М., Лейн, Дж.
Р., Рахмани, Р., Баэлл, Дж.Б., Секстон, П.М. , Христопулос, А., Шоу, Д.Э.
2013: 295-299 - Кристаллическая структура человеческого рецептора 1, активируемого протеазой, с высоким разрешением ПРИРОДА Чжан К., Шринивасан Ю., Арлоу Д. Х., Фунг Дж. Дж., Палмер Д., Чжэн Ю., Грин Х. Ф., Пандей А., Дрор Р. О., Шоу Д. Э., Вайс В. И., Кафлин , С. Р., Кобылка Б. К. 2012 г.; 492 (7429): 387-?
Abstract
Активируемый протеазой рецептор 1 (PAR1) является прототипом семейства рецепторов, связанных с G-белком, которые опосредуют клеточные ответы на тромбин и родственные протеазы. Тромбин необратимо активирует PAR1, расщепляя амино-концевой экзодомен рецептора, который обнажает связанный пептидный лиганд, который связывает семиспиральный пучок рецептора, влияя на активацию G-белка. Здесь мы сообщаем о кристаллической структуре PAR1 человека с разрешением 2,2 Å, связанной с ворапаксаром, антагонистом PAR1. Структура демонстрирует необычный способ связывания лекарственного средства, который объясняет, как небольшая молекула практически необратимо связывается, чтобы ингибировать активацию рецептора связанным лигандом PAR1.
В отличие от глубоких, открытых растворителем карманов связывания, наблюдаемых в других пептид-активируемых рецепторах, связанных с G-белком, карман связывания ворапаксара является поверхностным, но имеет небольшую поверхность, подверженную воздействию водного растворителя. Рецепторы, активируемые протеазами, являются важными мишенями для разработки лекарств. Представленная здесь структура поможет в разработке улучшенных антагонистов PAR1 и открытии антагонистов других членов этого семейства рецепторов.Посмотреть подробности для DOI 10.1038/nature11701
Просмотреть сведения о Web of Science ID 000312488200047
Посмотреть подробности для PubMedID 23222541
Посмотреть подробности для PubMedCentralID PMC3531875
- Уточнение моделей гомологии структуры белка с помощью длительного моделирования молекулярной динамики всех атомов. БЕЛКОВО-СТРУКТУРНАЯ ФУНКЦИЯ И БИОИНФОРМАТИКА Раваль А., Пиана С.
, Иствуд М. П., Дрор Р. О., Шоу Д. Э.
2012 г.; 80 (8): 2071-2079Abstract
Точное компьютерное предсказание структуры белка представляет собой давнюю проблему в молекулярной биологии и разработке лекарств на основе структуры. Хотя методы гомологического моделирования широко используются для создания моделей с низким разрешением, уточнение этих моделей до высокого разрешения оказалось затруднительным. При достаточно длительном моделировании и достаточно точных силовых полях моделирование молекулярной динамики (МД) в принципе должно допускать такое уточнение, но попытки уточнить модели гомологии с использованием МД по большей части дали неутешительные результаты. До сих пор было неясно, ограничено ли уточнение на основе МД в первую очередь доступными временными шкалами моделирования, точностью силового поля или и тем, и другим. Здесь мы рассматриваем МД как метод уточнения гомологической модели с использованием симуляций всех атомов, каждая длительностью не менее 100 мкс, что более чем в 100 раз дольше, чем предыдущие симуляции уточнения, и основанного на физике силового поля, которое, как недавно было показано, успешно сворачивает структурно разнообразный набор быстро сворачивающихся белков.
В MD-моделировании 24 белков, выбранных из категории уточнения недавних экспериментов Critical Assessment of Structure Prediction (CASP), мы обнаружили, что в большинстве случаев моделирование, инициированное на основе моделей гомологии, отклоняется от нативной структуры. Сравнение с моделированием, начатым с исходной структуры, показывает, что точность силового поля является основным фактором, ограничивающим уточнение на основе МД. Эту проблему можно в некоторой степени смягчить, ограничив выборку окрестностями исходной модели, что приведет к структурным улучшениям, которые, хотя и ограничены, примерно сопоставимы с ведущими альтернативными методами.Посмотреть подробности для DOI 10.1002/prot.24098
Просмотр сведений о Web of Science ID 000306132400014
Посмотреть подробности для PubMedID 22513870
- Оценка эффектов отсечения и обработка дальнодействующей электростатики в моделировании фолдинга белков ПЛОС ОДИН Пиана С.
, Линдорф-Ларсен К., Диркс Р. М., Салмон Дж. К., Дрор Р. О., Шоу Д. Э.
2012 г.; 7 (6) Abstract
Использование моделирования молекулярной динамики для описания биологических процессов на атомном уровне, как правило, требует больших вычислительных ресурсов, поэтому для повышения вычислительной эффективности обычно используется ряд приближений. В прошлом влияние этих приближений на структуру и стабильность макромолекул оценивалось в основном посредством количественных исследований низкомолекулярных систем или качественных наблюдений за кратковременным моделированием биологических макромолекул. Здесь мы представляем количественную оценку двух обычно используемых аппроксимаций, используя тест-систему, которая была предметом ряда предыдущих исследований фолдинга белков — головной убор виллина. В частности, мы исследовали влияние (i) использования метода смещения силы на основе отсечки, а не суммирования Эвальда для рассмотрения электростатических взаимодействий, и (ii) длины отсечки, используемой для определения количества парных взаимодействий.
учитываются при расчете как электростатических сил, так и сил Ван-дер-Ваальса. Наши результаты показывают, что свободная энергия сворачивания относительно нечувствительна к выбору порога за пределами 9.Å и используется ли метод Эвальда для учета дальнодействующих электростатических взаимодействий. Напротив, мы находим, что структурные свойства развернутого состояния сильнее зависят от двух рассмотренных здесь приближений.Посмотреть подробности для DOI 10.1371/journal.pone.0039918
Посмотреть сведения о Web of Science ID 0003058138
Посмотреть подробности для PubMedID 22768169
Посмотреть подробности для PubMedCentralID PMC3386949
- Онкогенные мутации противодействуют внутренним нарушениям киназы EGFR и способствуют димеризации рецепторов СОТОВЫЙ Шан Ю., Иствуд М. П., Чжан Х., Ким Э. Т., Архипов А., Дрор Р. О., Джампер Дж., Куриян Дж., Шоу Д. Э. 2012 г.; 149 (4): 860-870
Abstract
Мутация и сверхэкспрессия рецептора эпидермального фактора роста (EGFR) связаны с развитием различных видов рака, что делает этот прототип активируемой димеризацией рецепторной тирозинкиназы важной мишенью противораковых препаратов.
Используя моделирование молекулярной динамики в долгосрочном масштабе, мы обнаружили, что интерфейс димеризации N доли киназного домена EGFR дикого типа по своей природе неупорядочен и что он становится упорядоченным только после димеризации. Кроме того, наше моделирование предполагает, что некоторые связанные с раком мутации дистальнее границы димеризации, особенно широко распространенная мутация L834R (также называемая L858R), облегчают димеризацию EGFR, подавляя это локальное нарушение. Подтверждая эти результаты, наши биофизические эксперименты и ферментативные анализы киназ показывают, что мутация L834R вызывает аномально высокую активность, прежде всего, за счет стимуляции димеризации EGFR, а не за счет активации без димеризации. Мы также обнаружили, что фосфорилирование киназного домена EGFR по Tyr845 может подавлять внутреннее нарушение, что указывает на молекулярный механизм автономной передачи сигналов EGFR.См. подробности для DOI 10.1016/j.cell.2012.02.063
Просмотреть сведения о идентификаторе Web of Science 0003030018
Посмотреть подробности для PubMedID 22579287
- Структура и динамика мускаринового ацетилхолинового рецептора М3 ПРИРОДА Круз, А.
С., Ху, Дж., Пан, А.С., Арлоу, Д.Х., Розенбаум, Д.М., Роузмонд, Э., Грин, Х.Ф., Лю, Т., Че, П.С., Дрор, Р.О., Шоу, Д.Е., Вейс, В.И. , Весс Дж., Кобилка Б.К.
2012 г.; 482 (7386): 552-556 Abstract
Ацетилхолин, первый идентифицированный нейротрансмиттер, оказывает многие из своих физиологических действий посредством активации семейства рецепторов, связанных с G-белком (GPCR), известных как мускариновые ацетилхолиновые рецепторы (mAChR). Хотя пять подтипов mAChR (M1-M5) имеют высокую степень гомологии последовательностей, они обнаруживают выраженные различия в предпочтительности связывания с G-белком и физиологических реакциях, которые они опосредуют. К сожалению, несмотря на десятилетия усилий, не было разработано терапевтических агентов, обладающих четкой селективностью к подтипу mAChR, для использования этих различий. Мы описываем здесь структуру G(q/11)-связанного M3 mAChR («рецептор M3», от крысы), связанного с бронхолитическим препаратом тиотропием, и определяем способ связывания для этого клинически важного препарата.
Эта структура вместе со структурой G(i/o)-связанного рецептора М2 открывает возможности для дизайна лигандов, селективных к подтипу mAChR. Важно отметить, что структура рецептора М3 позволяет провести структурное сравнение между двумя членами подсемейства GPCR млекопитающих, демонстрирующими различную селективность связывания с G-белком. Кроме того, моделирование молекулярной динамики предполагает, что тиотропий временно связывается с аллостерическим сайтом на пути к связывающему карману обоих рецепторов. Эти модели предлагают структурное представление аллостерического режима связывания для ортостерического лиганда GPCR и предоставляют дополнительные возможности для разработки лигандов с разной аффинностью или кинетикой связывания для разных подтипов mAChR. Наши результаты не только дают представление о структуре и функции одного из наиболее важных семейств GPCR, но также могут способствовать разработке улучшенных терапевтических средств, нацеленных на эти критические рецепторы.Посмотреть подробности для DOI 10.
1038/nature10867Просмотреть сведения о идентификаторе Web of Science 000300770500056
Посмотреть подробности для PubMedID 22358844
Посмотреть подробности для PubMedCentralID PMC3529910
- Систематическая проверка белковых силовых полей в сравнении с экспериментальными данными ПЛОС ОДИН Линдорф-Ларсен К., Марагакис П., Пиана С., Иствуд М. П., Дрор Р. О., Шоу Д. Э. 2012 г.; 7 (2)
Abstract
Молекулярно-динамическое моделирование обеспечивает средство для захвата структур, движений и взаимодействий биологических макромолекул во всех атомных деталях. Однако точность таких симуляций в решающей степени зависит от силового поля — математической модели, используемой для аппроксимации сил атомного уровня, действующих на моделируемую молекулярную систему. Здесь мы представляем систематическую и обширную оценку восьми различных силовых полей белка, основанную на сравнении экспериментальных данных с моделированием молекулярной динамики, которые достигают ранее недоступных временных масштабов.
Во-первых, посредством обширных сравнений с экспериментальными данными ЯМР мы исследовали способность силовых полей описывать структуру и колебания свернутых белков. Во-вторых, мы количественно определили потенциальные смещения в сторону различных типов вторичной структуры путем сравнения экспериментальных данных и данных моделирования для небольших пептидов, которые предпочтительно заполняют либо спиральные, либо пластинчатые структуры. В-третьих, мы проверили способность силовых полей сворачивать два небольших белка — один α-спиральный, другой с β-листовой структурой. Результаты показывают, что силовые поля со временем улучшались, и что самые последние версии, хотя и не идеальные, обеспечивают точное описание многих структурных и динамических свойств белков.Посмотреть подробности для DOI 10.1371/journal.pone.0032131
Просмотреть сведения о идентификаторе Web of Science 000302875500077
Посмотреть подробности для PubMedID 22384157
Посмотреть подробности для PubMedCentralID PMC3285199
- Биомолекулярное моделирование: вычислительный микроскоп для молекулярной биологии ЕЖЕГОДНЫЙ ОБЗОР БИОФИЗИКИ, ТОМ 41 Дрор Р.
О., Диркс Р.М., Гроссман Дж.П., Сюй Х., Шоу Д.Е.
2012 г.; 41: 429-452 Abstract
Моделирование молекулярной динамики отражает поведение биологических макромолекул во всех атомных деталях, но их вычислительные требования в сочетании с проблемой надлежащего моделирования соответствующей физики исторически ограничивали их длину и точность. Значительные недавние улучшения в достижимой скорости моделирования и основных физических моделях позволили моделировать атомный уровень в масштабах времени до миллисекунд, которые охватывают ключевые биохимические процессы, такие как фолдинг белка, связывание лекарств, мембранный транспорт и конформационные изменения, важные для функционирования белка. Такое моделирование может служить вычислительным микроскопом, выявляющим биомолекулярные механизмы в пространственных и временных масштабах, которые трудно наблюдать экспериментально. Мы описываем быстро развивающееся состояние биомолекулярного моделирования на атомном уровне, иллюстрируем типы биологических открытий, которые теперь можно сделать с помощью моделирования, и обсуждаем проблемы, побуждающие к постоянным инновациям в этой области.
См. подробности для DOI 10.1146/annurev-biophys-042910-155245
Просмотр сведений о Web of Science ID 000307955100020
Посмотреть подробности для PubMedID 22577825
- Эффективные в вычислительном отношении интеграторы молекулярной динамики с улучшенной точностью выборки МОЛЕКУЛЯРНАЯ ФИЗИКА Предеску К., Липперт Р. А., Иствуд М. П., Иерарди Д., Сюй Х., Дженсен М. О., Бауэрс К. Дж., Гуллингсруд Дж., Рендлман К. А., Дрор Р. О., Шоу Д. Э. 2012 г.; 110 (9-10): 967-983
Посмотреть подробности для DOI 10.1080/00268976.2012.681311
Просмотр сведений о идентификаторе Web of Science 000304474700041
- Механизм стробирования напряжения в K+ каналах Наука Дженсен, М. О., Джогини, В., Борхани, Д. В., Лефлер, А. Э., Дрор, Р. О., Шоу, Д. Э. 2012: 229-233
- Как быстро сворачиваются белки НАУКА Линдорф-Ларсен К.
, Пиана С., Дрор Р. О., Шоу Д. Э.
2011 г.; 334 (6055): 517-520 Abstract
Выдающейся задачей в области молекулярной биологии было понимание процесса, посредством которого белки складываются в свои характерные трехмерные структуры. Здесь мы сообщаем о результатах моделирования молекулярной динамики на атомном уровне в течение периодов от 100 мкс до 1 мс, которые раскрывают набор общих принципов, лежащих в основе сворачивания 12 структурно различных белков. При моделировании, проведенном с использованием одной энергетической функции, основанной на физике, белки, представляющие все три основных структурных класса, спонтанно и неоднократно складываются в свои экспериментально определенные нативные структуры. В начале процесса укладки белковый остов принимает нативную топологию, в то время как формируются определенные элементы вторичной структуры и небольшое количество нелокальных контактов. В большинстве случаев складчатость следует единственному доминирующему пути, в котором элементы нативной структуры появляются в порядке, сильно коррелированном с их склонностью к формированию в развернутом состоянии.
См. подробности для DOI 10.1126/science.1208351
Посмотреть сведения о Web of Science ID 000296230500048
Посмотреть подробности для PubMedID 22034434
- Путь и механизм связывания лекарств с рецепторами, связанными с G-белком ТРУДЫ НАЦИОНАЛЬНОЙ АКАДЕМИИ НАУК СОЕДИНЕННЫХ ШТАТОВ АМЕРИКИ Дрор Р.О., Пан А.С., Арлоу Д.Х., Борхани Д.В., Марагакис П., Шан Ю., Сюй Х., Шоу Д.Е. 2011 г.; 108 (32): 13118-13123
Abstract
Каким образом лекарства связываются со своими рецепторами — от первоначальной ассоциации через проникновение лекарства в связывающий карман до принятия конечной связанной конформации или «позы» — остается неизвестным даже для рецептора, связанного с G-белком. модуляторы, которые составляют треть всех продаваемых лекарств. Мы зафиксировали этот критически важный для фармакологии процесс в атомарных деталях, используя первое беспристрастное моделирование молекулярной динамики, в котором молекулы лекарства спонтанно связываются с рецепторами, связанными с G-белком, для достижения конечных поз, соответствующих тем, которые определены кристаллографически.
Мы обнаружили, что некоторые бета-блокаторы и бета-агонисты проходят по одному и тому же четко определенному доминирующему пути, поскольку они связываются с β(1)- и β(2)-адренорецепторами, первоначально вступая в контакт с преддверием на внеклеточной поверхности каждого рецептора. . Удивительно, но ассоциация с этим вестибюлем, находящимся на расстоянии 15 Å от кармана связывания, часто представляет наибольший энергетический барьер для связывания, несмотря на то, что последующее проникновение в карман связывания требует деформации рецептора и продавливания лекарства через узкую щель. проход. Ранний барьер, по-видимому, отражает значительную дегидратацию, которая имеет место, когда лекарство связывается с преддверием. Наше описание процесса связывания на атомном уровне предполагает возможность аллостерической модуляции и обеспечивает структурную основу для будущей оптимизации скоростей связывания и расщепления лекарственного рецептора.Посмотреть подробности для DOI 10.1073/pnas.
1104614108Посмотреть подробности для Web of Science ID 0002936
036
Посмотреть подробности для PubMedID 21778406
Просмотреть сведения о PubMedCentralID PMC3156183
- Как молекула лекарства находит место связывания с мишенью? ЖУРНАЛ АМЕРИКАНСКОГО ХИМИЧЕСКОГО ОБЩЕСТВА Шан Ю., Ким Э. Т., Иствуд М. П., Дрор Р. О., Силигер М. А., Шоу Д. Э. 2011 г.; 133 (24): 9181-9183
Abstract
Хотя термодинамические принципы, которые контролируют связывание молекул лекарства с их белковыми мишенями, хорошо изучены, детальная экспериментальная характеристика процесса, посредством которого происходит такое связывание, оказалась сложной задачей. Мы провели относительно длительное неуправляемое моделирование молекулярной динамики, в котором лиганд (лекарство от рака дазатиниб или ингибитор киназы PP1) первоначально помещали в случайное место внутри коробки, которая также содержала белок (киназу Src), к которому этот лиганд, как известно, относился.
связывать. В некоторых из этих симуляций лиганд правильно идентифицировал свой целевой сайт связывания, образуя комплекс, практически идентичный кристаллографически определенной связанной структуре. Смоделированные траектории обеспечивают непрерывное представление всего процесса связывания на уровне атомов, выявляя стойкие и заслуживающие внимания промежуточные конформации и проливая свет на роль молекул воды. Используемый нами метод, который не предполагает каких-либо предварительных знаний о местоположении сайта связывания, может оказаться особенно полезным при разработке аллостерических ингибиторов, нацеленных на ранее неизвестные сайты связывания.Посмотреть подробности для DOI 10.1021/ja202726y
Посмотреть сведения о Web of Science ID 000291
0013
Посмотреть подробности для PubMedID 21545110
Посмотреть подробности для PubMedCentralID PMC3221467
- ПРЕОДОЛЕНИЕ БАРЬЕРОВ ЗАДЕРЖКИ СВЯЗИ В МАССОВЫХ ПАРАЛЛЕЛЬНЫХ НАУЧНЫХ ВЫЧИСЛЕНИЯХ IEEE МИКРО Дрор Р.
О., Гроссман Дж.П., Маккензи К.М., Таулз Б., Чоу Э., Салмон Дж.К., Янг К., Банк Дж.А., Бэтсон Б., Денерофф М.М., Кускин Дж.С., Ларсон, Р. Х., Мораес М. А., Шоу Д. Э.
2011 г.; 31 (3): 8-19Просмотр сведений о Web of Science ID 0002
700002- Структура и функция комплекса необратимый агонист-бета(2) адренорецептор ПРИРОДА Розенбаум Д.М., Чжан С., Лайонс Дж.А., Холл Р., Арагао Д., Арлоу Д.Х., Расмуссен С.Г., Чой Х., ДеВри Б.Т., Сунахара Р.К., Че П.С., Геллман, С. Х., Дрор Р. О., Шоу Д. Э., Вайс В. И., Кэффри М., Гмайнер П., Кобилка Б. К. 2011 г.; 469 (7329): 236-240
Abstract
Связанные с G-белком рецепторы (GPCR) представляют собой интегральные мембранные белки эукариот, которые модулируют биологическую функцию, инициируя передачу клеточных сигналов в ответ на химически разнообразные агонисты. Несмотря на недавний прогресс в структурной биологии GPCR, молекулярная основа связывания агонистов и аллостерической модуляции этих белков плохо изучена.
Структурные знания о состояниях, связанных с агонистами, необходимы для расшифровки механизма активации рецепторов, а также для структурно-ориентированного дизайна и оптимизации лигандов. Однако кристаллизация GPCR, связанных с агонистом, затруднена из-за умеренного сродства и быстрого расхода доступных агонистов. Используя в качестве ориентира неактивную структуру человеческого β(2)-адренергического рецептора (β(2)AR), мы разработали агонист β(2)AR, который может быть ковалентно связан с определенным участком рецептора посредством дисульфидной связи. Ковалентный комплекс β(2)AR-агонист формируется эффективно и способен активировать гетеротримерный G-белок. Мы кристаллизовали слитый белок β(2)AR-T4L, связанный с ковалентным агонистом, в липидных бислоях с помощью метода липидной мезофазы и определили его структуру с разрешением 3,5 Å. Сравнение с неактивной структурой и активной структурой, стабилизированной антителами (сопроводительный документ), показывает, как события связывания как на внеклеточной, так и на внутриклеточной поверхностях необходимы для стабилизации активной конформации рецептора. Структуры согласуются с моделированием молекулярной динамики в долгосрочном масштабе (до 30 мкс), показывающим, что активная конформация, связанная с агонистом, спонтанно релаксирует в неактивную конформацию в отсутствие G-белка или стабилизирующего антитела.Посмотреть подробности для DOI 10.1038/nature09665
Просмотр сведений о Web of Science ID 000286143400043
Посмотреть подробности для PubMedID 21228876
Посмотреть подробности для PubMedCentralID PMC3074335
- Механизм активации β2-адренорецептора Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки Дрор Р.О., Арлоу Д.Х., Марагакис П., Милдорф Т.Дж., Пан А.С., Сюй Х., Борхани Д.В., Шоу Д.Е. 2011: 18684-18689
- Radix-8 Digit by Rounding: получение высокопроизводительных обратных величин, квадратных корней и обратных квадратных корней 20-Й СИМПОЗИУМ IEEE ПО КОМПЬЮТЕРНОЙ АРИФМЕТИКЕ (ARITH-20) 2011 ГОДА Баттс Дж.
А., Танг П. Т., Дрор Р. О., Шоу Д. Э.
2011: 149-158 Посмотреть подробности для DOI 10.1109/ARITH.2011.28
Просмотр сведений о Web of Science ID 000296333300018
- Структура и функция комплекса необратимый агонист-β2-адренорецептор Природа Розенбаум, Д.М., Чжан, К., Лайонс, Дж.А., Холл, Р., Арагао, Д., Арлоу, Д.Х., Расмуссен, С.Ф., Чой, Х.Дж., ДеВри, Б.Т., Сунахара, Р.К., Че, П.С., Геллман, С.Х. , Дрор Р.О., Шоу Д.Э., Вайс В.И., Кэффри М., Гмайнер П., Кобилка Б.К. 2011: 236-240
- Характеристика структурной динамики белков на атомном уровне НАУКА Шоу Д. Э., Марагакис П., Линдорф-Ларсен К., Пиана С., Дрор Р. О., Иствуд М. П., Бэнк Дж. А., Джампер Дж. М., Салмон Дж. К., Шан Ю., Риггерс В. 2010 г.; 330 (6002): 341-346
Abstract
Моделирование молекулярной динамики (МД) широко используется для изучения движений белков на атомарном уровне детализации, но они были ограничены временными масштабами, более короткими, чем масштабы многих биологически важных конформационных изменений.
Мы изучили два фундаментальных процесса в динамике белка — сворачивание белка и изменение конформации в свернутом состоянии — с помощью чрезвычайно продолжительного МД-моделирования всех атомов, проведенного на специальной машине. Равновесное моделирование домена белка WW зафиксировало несколько событий сворачивания и разворачивания, которые последовательно следуют четко определенному пути сворачивания; отдельные симуляции субструктур, составляющих белок, проливают свет на возможные детерминанты этого пути. Моделирование свернутого белка BPTI за 1 миллисекунду выявляет небольшое количество структурно различных конформационных состояний, обратимое взаимопревращение которых более чем в 1000 раз медленнее, чем локальная релаксация внутри этих состояний.0015См. подробности для DOI 10.1126/science.1187409
Посмотреть подробности для Web of Science ID 000282986700033
Посмотреть подробности для PubMedID 20947758
- Равнораспределение и расчет температуры в биомолекулярном моделировании ЖУРНАЛ ХИМИЧЕСКОЙ ТЕОРИИ И ВЫЧИСЛЕНИЙ Иствуд, М.
П., Стаффорд, К. А., Липперт, Р. А., Дженсен, М. О., Марагакис, П., Предеску, К., Дрор, Р. О., Шоу, Д. Э.
2010 г.; 6 (7): 2045-2058 Abstract
Поскольку поведение биомолекул может быть чувствительным к температуре, важна возможность точного расчета и контроля температуры при моделировании методом молекулярной динамики (МД). Стандартный анализ равновесных МД-симуляций — даже симуляций постоянной энергии с пренебрежимо малым долговременным дрейфом энергии — часто дает разные расчетные температуры для разных движений, однако в явном нарушении статистического механического принципа равнораспределения энергии. Хотя такой анализ дает ценное предупреждение о том, что могут существовать другие артефакты моделирования, он оставляет фактическое значение температуры неопределенным. Мы видим, что обобщенная теорема Толмена о равнораспределении должна выполняться для длинных устойчивых симуляций, выполняемых с использованием скоростей-Верле или других симплектических интеграторов, поскольку считается, что смоделированная траектория почти точно берется из непрерывной траектории, генерируемой теневым гамильтонианом.
Из этого мы делаем вывод, что все движения должны иметь одну и ту же температуру моделирования, и мы предоставляем новый оценщик температуры, который мы тестируем численно в моделировании двухатомной жидкости и сольватированного белка. Очевидные вариации температуры между различными движениями, наблюдаемые с использованием стандартных оценок, действительно исчезают при использовании новой оценки. Мы используем наш оценщик, чтобы лучше понять, как термостаты и баростаты могут усугубить ошибки интегрирования. В частности, мы обнаружили, что при больших (хотя и широко используемых) временных шагах обычная практика использования двух термостатов для устранения так называемых проблем горячего растворителя и холодного растворенного вещества может иметь нелогичный эффект, вызывая температурный дисбаланс. Более того, наши результаты подчеркивают полезность интеграторов с несколькими временными шагами для точного и эффективного моделирования.Посмотреть подробности для DOI 10.1021/ct
16
Просмотр сведений о Web of Science ID 000279751500014
Посмотреть подробности для PubMedID 26615934
- Изучение физиологии атомного разрешения во временном масштабе от фемтосекунды до миллисекунды с использованием моделирования молекулярной динамики ЖУРНАЛ ОБЩЕЙ ФИЗИОЛОГИИ Дрор, Р.
О., Дженсен, М. О., Борхани, Д. У., Шоу, Д. Э.
2010 г.; 135 (6): 555-562 Посмотреть подробности для DOI 10.1085/jgp.200
3Просмотр сведений о Web of Science ID 000278186500003
Посмотреть подробности для PubMedID 20513757
Посмотреть подробности для PubMedCentralID PMC2888062
- Улучшенные торсионные потенциалы боковой цепи для силового поля белка Amber ff99SB БЕЛКОВО-СТРУКТУРНАЯ ФУНКЦИЯ И БИОИНФОРМАТИКА Линдорф-Ларсен К., Пиана С., Палмо К., Марагакис П., Клепеис Дж. Л., Дрор Р. О., Шоу Д. Э. 2010 г.; 78 (8): 1950-1958
Abstract
Недавние достижения в аппаратном и программном обеспечении сделали возможным все более длительное моделирование биомолекул методом молекулярной динамики (МД), выявляя определенные ограничения в точности силовых полей, используемых для такого моделирования, и стимулируя усилия по уточнению этих силовых полей. Недавние модификации силовых полей Amber и CHARMM, например, улучшили торсионные потенциалы позвоночника, исправив недостатки более ранних версий.
Здесь мы еще больше повышаем точность моделирования, улучшая торсионные потенциалы боковой цепи аминокислоты Amber ff9.Силовое поле 9СБ. Во-первых, мы использовали моделирование модельных альфа-спиральных систем, чтобы определить четыре типа остатков, распределение ротамеров которых больше всего отличалось от ожиданий, основанных на статистике Protein Data Bank. Во-вторых, мы оптимизировали торсионные потенциалы боковых цепей этих остатков, чтобы они соответствовали новым высокоуровневым квантово-механическим расчетам. Наконец, мы использовали моделирование МД в микросекундном масштабе в явном растворителе, чтобы проверить полученное силовое поле на большом наборе экспериментальных измерений ЯМР, которые непосредственно исследуют конформации боковой цепи. Новое силовое поле, которое мы назвали Amber ff99SB-ILDN, значительно лучше согласуется с данными ЯМР.Посмотреть подробности для DOI 10.1002/prot.22711
Просмотреть сведения о идентификаторе Web of Science 000277767700012
Посмотреть подробности для PubMedID 20408171
Посмотреть подробности для PubMedCentralID PMC2970904
- Принципы проводимости и гидрофобного гейтирования в K+ каналах ТРУДЫ НАЦИОНАЛЬНОЙ АКАДЕМИИ НАУК СОЕДИНЕННЫХ ШТАТОВ АМЕРИКИ Дженсен, М.
О., Борхани, Д. В., Линдорф-Ларсен, К., Марагакис, П., Джогини, В., Иствуд, М. П., Дрор, Р. О., Шоу, Д. Э.
2010 г.; 107 (13): 5833-5838 Abstract
Мы представляем первые наблюдения с атомным разрешением проникновения и селекции в канале K(+), основанные на молекулярно-динамическом моделировании поровой области Kv1.2. Анализ сотен смоделированных событий проникновения выявил подробный механизм проводимости, напоминающий модель «перехвата» Ходжкина-Кейнса, в которой перемещение двух ионов, связанных с селективным фильтром, управляется третьим ионом; образование этого промежуточного соединения определяет скорость. Кроме того, при обратном или нулевом напряжении мы наблюдали закрытие пор с помощью нового механизма «гидрофобного затвора»: переход гидрофобной поры в состояние осушения — наиболее быстрый, когда K(+) не был связан в участках селективного фильтра, ближайших к полости, — вызывал открытая проводящая пора схлопывается в закрытую непроводящую конформацию.
Такое закрытие пор подтверждает идею о том, что датчики напряжения могут действовать для предотвращения коллапса пор в более стабильную, закрытую конформацию, а также предполагает, что осушение на молекулярном уровне облегчает специфическую биологическую функцию: открытие каналов K(+). Существующие экспериментальные данные подтверждают нашу гипотезу о том, что гидрофобное запирание может быть фундаментальным принципом, лежащим в основе запирания чувствительных к напряжению K(+) каналов. Мы предполагаем, что гидрофобное запирание частично объясняет, почему различные ионные каналы сохраняют гидрофобные поровые полости, и мы предполагаем, что модуляция гидратации полостей может позволить структурное определение как открытых, так и закрытых каналов.Посмотреть подробности для DOI 10.1073/pnas.09116
Просмотр сведений о Web of Science ID 000276159500027
Посмотреть подробности для PubMedID 20231479
Посмотреть подробности для PubMedCentralID PMC2851896
- Улучшенный доступ Twiddle для быстрых преобразований Фурье ТРАНЗАКЦИИ IEEE ПО ОБРАБОТКЕ СИГНАЛОВ Бауэрс, К.
Дж., Липперт, Р. А., Дрор, Р. О., Шоу, Д. Э.
2010 г.; 58 (3): 1122-1130 Подробнее см. DOI 10.1109/TSP.2009.2035984.
Просмотр сведений о Web of Science ID 000274472600015
- Минимизация термодинамической длины для выбора промежуточных состояний для расчетов свободной энергии и моделирования обмена репликами (том 80, 046705, 2009 г.) ФИЗИЧЕСКИЙ ОБЗОР E Шенфельд Д.К., Сюй Х., Иствуд М.П., Дрор Р.О., Шоу Д.Е. 2009 г.; 80 (4)
См. подробности для DOI 10.1103/PhysRevE.80.049904
Просмотр сведений о Web of Science ID 000271350700119
- Автоматическое обнаружение событий и мониторинг активности в длинных молекулярно-динамических симуляциях ЖУРНАЛ ХИМИЧЕСКОЙ ТЕОРИИ И ВЫЧИСЛЕНИЙ Риггерс В., Стаффорд К. А., Шан Ю., Пиана С., Марагакис П., Линдорф-Ларсен К., Миллер П. Дж., Гуллингсруд Дж., Рендлман С. А., Иствуд М. П., Дрор, Р.
9u О., Шоу, Д. Э.
2009 г.; 5 (10): 2595-2605 Аннотация
События, представляющие научный интерес в моделировании молекулярной динамики (МД), включая конформационные изменения, фолдинговые переходы и перемещения лигандов и продуктов реакции, часто соответствуют высокоуровневым структурным перестройкам, которые изменяют контакты между молекулами или между различными частями молекулы. Благодаря достижениям в компьютерной архитектуре и программном обеспечении стало легче генерировать МД-траектории, представляющие такие структурно-изменяющие события, но длина этих траекторий представляет собой проблему для научной интерпретации и анализа. В этой статье мы представляем автоматизированные методы обнаружения потенциально важных событий изменения структуры на длинных траекториях МД. В отличие от традиционных инструментов для анализа таких траекторий, наши методы предоставляют подробный отчет о разорванных и сформированных контактах, что помогает в идентификации конкретных взаимодействий боковых цепей, зависящих от времени.
В нашем подходе используется крупнозернистое представление боковых цепей аминокислот, метрика контакта, основанная на обобщениях тетраэдрализации Делоне более высокого порядка, методы обнаружения значительных сдвигов в результирующих временных рядах контактов и новая ядерная мера активности изменения контакта. Методы анализа, которые мы описываем, включены в недавно разработанный пакет под названием TimeScapes, который находится в свободном доступе и совместим с траекториями, созданными различными популярными программами МД. Тесты, основанные на реальном моделировании в микросекундном масштабе, демонстрируют, что пакет можно использовать для эффективного обнаружения и описания важных конформационных изменений в реальных белковых системах.Посмотреть подробности для DOI 10.1021/ct
Просмотр сведений о Web of Science ID 000270595800003
Посмотреть подробности для PubMedID 26631775
- Молекулярно-динамическое моделирование структуры и функции белка в долгосрочном масштабе СОВРЕМЕННОЕ МНЕНИЕ В СТРУКТУРНОЙ БИОЛОГИИ Клепайс, Дж.
Л., Линдорф-Ларсен, К., Дрор, Р. О., Шоу, Д. Э.
2009 г.; 19 (2): 120-127 Abstract
Моделирование молекулярной динамики позволяет характеризовать биомолекулярные процессы на атомном уровне, такие как конформационные переходы, связанные с функцией белка. Однако вычислительные потребности таких симуляций исторически не позволяли им достигать микросекундных и более высоких временных масштабов, в которых часто происходят эти события. Недавние достижения в алгоритмах, программном обеспечении и компьютерном оборудовании сделали практичным моделирование в микросекундном масштабе с десятками тысяч атомов, а моделирование в миллисекундном масштабе уже на горизонте. В этом обзоре описываются эти достижения в высокопроизводительном моделировании молекулярной динамики и обсуждаются недавние приложения к изучению динамики и функции белков, а также экспериментальная проверка лежащих в основе вычислительных моделей.
Посмотреть подробности для DOI 10.1016/j.sbi.
2009.03.004Просмотр сведений о Web of Science ID 000266114000002
Посмотреть подробности для PubMedID 180
- Законсервированный протонно-зависимый переключатель контролирует связывание лекарственного средства в киназы Abl. ТРУДЫ НАЦИОНАЛЬНОЙ АКАДЕМИИ НАУК СОЕДИНЕННЫХ ШТАТОВ АМЕРИКИ Шан Ю., Силигер М. А., Иствуд М. П., Франк Ф., Сюй Х., Дженсен М. О., Дрор Р. О., Куриян Дж., Шоу Д. Э. 2009 г.; 106 (1): 139-144
Abstract
Во многих протеинкиназах характерное конформационное изменение («DFG flip») связывает каталитически активную и неактивную конформации. Многие ингибиторы киназ, в том числе лекарство от рака иматиниб, избирательно воздействуют на специфическую конформацию DFG, но функция и механизм переворота остаются неясными. Используя длительное моделирование молекулярной динамики киназы Abl, мы визуализировали переворот DFG в деталях на атомном уровне и сформулировали энергетическую модель, предсказывающую, что протонирование аспартата DFG контролирует переворот.
В соответствии с предсказаниями нашей модели мы экспериментально продемонстрировали, что кинетика связывания иматиниба с киназой Abl имеет зависимость от pH, которая исчезает при мутации аспартата DFG. Наша модель предполагает возможное объяснение высокой степени консервативности мотива DFG: флип, модулируемый электростатическими изменениями, присущими каталитическому циклу, позволяет киназы получить доступ к гибким конформациям, облегчающим связывание и высвобождение нуклеотидов.Посмотреть подробности для DOI 10.1073/pnas.0811223106
Посмотреть сведения о Web of Science ID 000262263
8
Посмотреть подробности для PubMedID 1
37
Посмотреть подробности для PubMedCentralID PMC2610013
- Выяснение функции мембранного белка с помощью моделирования молекулярной динамики в долгосрочном масштабе 2009 ЕЖЕГОДНАЯ МЕЖДУНАРОДНАЯ КОНФЕРЕНЦИЯ IEEE ИНЖИНИРИНГ В МЕДИЦИНЕ И БИОЛОГИИ ОБЩЕСТВА, ТОМЫ 1-20 Дрор, Р.
О., Дженсен, М. О., Шоу, Д. Э.
2009: 2340-2342 Abstract
Недавние достижения в области алгоритмов, программного и аппаратного обеспечения для молекулярно-динамического (МД) моделирования сделали недоступные ранее временные шкалы моделирования доступными, позволяя использовать МД-моделирование для решения значительно более широкого круга вопросов, касающихся функции белка. МД оказалась особенно полезной для выяснения функциональных механизмов мембранных белков, динамику которых особенно трудно охарактеризовать экспериментально. Здесь мы иллюстрируем полезность современного высокопроизводительного моделирования МД при изучении мембранных белков, используя в качестве примеров рецептор, связанный с G-белком, аквапорин и антипортер. В каждом случае мы использовали МД либо для вывода механизма функционирования белков на атомном уровне, либо для согласования очевидных несоответствий между недавними экспериментальными наблюдениями.
Просмотреть сведения о идентификаторе Web of Science 000280543601319
Посмотреть подробности для PubMedID 19965181
- .
Идентификация двух различных неактивных конформаций β2-адренорецептора согласовывает структурные и биохимические наблюдения. Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки Дрор Р.О., Арлоу Д.Х., Борхани Д.В., Дженсен М.О., Пиана С., Шоу Д.Е.
2009: 4689-4694 - Динамический контроль медленного транспорта воды с помощью аквапорина 0: последствия для гидратации и стабильности соединений в хрусталике глаза ТРУДЫ НАЦИОНАЛЬНОЙ АКАДЕМИИ НАУК СОЕДИНЕННЫХ ШТАТОВ АМЕРИКИ Дженсен М.О., Дрор Р.О., Сюй Х., Борхани Д.В., Аркин И.Т., Иствуд М.П., Шоу Д.Е. 2008 г.; 105 (38): 14430-14435
Abstract
Аквапорин 0 (AQP0), наиболее распространенный мембранный белок в клетках волокон хрусталика млекопитающих, не только служит первичным водным каналом в этой ткани, но также, по-видимому, опосредует образование тонких соединений между клетками волокон. AQP0 значительно менее проницаем для воды, чем другие аквапорины, но структурная основа и биологическое значение этой низкой проницаемости остаются неопределенными, как и проницаемость белка в соединительной форме.
Чтобы решить эти проблемы, мы выполнили моделирование молекулярной динамики (МД) транспорта воды через встроенный в мембрану AQP0 как в его (октамерной) соединительной, так и (тетрамерной) несоединительной формах. Из нашего моделирования мы измерили осмотическую проницаемость для непереходной формы, которая согласуется с экспериментом, и обнаружили, что отчетливая динамика консервативных, выступающих в просвет боковых цепей Tyr-23 и Tyr-149модулировать прохождение воды, учитывая медленное проникновение. Соединительные и несоединительные формы проводят воду одинаково, в отличие от предыдущего предположения, основанного на статических кристаллических структурах, что проводимость воды теряется при образовании соединения. Наш анализ показывает, что низкая водопроницаемость AQP0 может способствовать поддержанию механической стабильности соединения. Мы предполагаем, что структурные особенности, ведущие к низкой проницаемости, могли частично развиться, чтобы позволить AQP0 образовывать соединения, которые одновременно проводят воду и вносят вклад в организационную структуру волокнистой клеточной ткани и микроциркуляцию внутри нее, что необходимо для поддержания прозрачности хрусталика.Посмотреть подробности для DOI 10.1073/pnas.0802401105
Посмотреть сведения о Web of Science ID 0002595038
Посмотреть подробности для PubMedID 18787121
Посмотреть подробности для PubMedCentralID PMC2533686
- Антон, специализированная машина для моделирования молекулярной динамики СВЯЗИ АКМ Шоу, Д. Э., Денерофф, М. М., Дрор, Р. О., Кускин, Дж. С., Ларсон, Р. Х., Салмон, Дж. К., Янг, К., Бэтсон, Б., Бауэрс, К. Дж., Чао, Дж. К., Иствуд, М. П., Гальярдо, Дж. , Гроссман, Дж. П., Хо, С. Р., Иерарди, Д. Дж., Колоссвари, И., Клепеис, Дж. Л., Лейман, Т., Макливи, К., Мораес, М. А., Мюллер, Р., Прист, Э. С., Шан, Ю., Шпенглер Дж., Теобальд М., Таулз Б., Ван С.К. 2008 г.; 51 (7): 91-97
Посмотреть подробности для DOI 10.1145/1364782.1364802
Посмотреть сведения о Web of Science ID 000257116300021
- Моделирование микросекундной молекулярной динамики показывает влияние динамики медленной петли на параметры порядка амида основной цепи белков.
ЖУРНАЛ ФИЗИЧЕСКОЙ ХИМИИ B Марагакис П., Линдорф-Ларсен К., Иствуд М.П., Дрор Р.О., Клепеис Дж.Л., Аркин И.Т., Дженсен М.О., Сюй Х., Трбович Н., Фриснер Р.А., Палмер А.Г., Шоу, Д.Э.
2008 г.; 112 (19): 6155-6158 Abstract
Понимание функции белка на молекулярном уровне требует знания как его структурных, так и динамических свойств. ЯМР-спектроскопия позволяет измерять обобщенные параметры порядка, которые обеспечивают атомистическое описание пикосекундных и наносекундных флуктуаций в структуре белка. Моделирование молекулярной динамики (МД) обеспечивает дополнительный подход к изучению динамики белков в аналогичных временных масштабах. Сравнения между ЯМР-спектроскопией и моделированием МД можно использовать для интерпретации экспериментальных результатов и для улучшения качества связанных с моделированием силовых полей и методов интегрирования. Однако очевидные систематические расхождения между параметрами порядка, извлеченными из моделирования и экспериментов, обычны, особенно для элементов неканонической вторичной структуры.
В этой статье результаты моделирования белкового убиквитина в явном растворителе с шагом 1,2 микрона сравниваются с ранее определенными параметрами порядка основной цепи, полученными из экспериментов по ЯМР-релаксации [Tjandra, N.; Феллер, SE; Пастор, RW; Бакс, AJ Am. хим. соц. 1995, 117, 12562-12566]. Моделирование выявляет флуктуации в трех областях петель, которые происходят во временных масштабах, сравнимых или превышающих временные масштабы общей вращательной диффузии убиквитина, и эффекты которых не проявляются в экспериментально полученных параметрах порядка. Совместный анализ внутреннего и общего движения дает смоделированные параметры порядка, значительно более близкие к экспериментально определенным значениям, чем в случае обычного анализа только внутреннего движения. Улучшение согласия между симуляцией и экспериментом также обнадеживает с точки зрения оценки точности длинных MD-симуляций.См. подробности для DOI 10.1021/jp077018h
Просмотр сведений о Web of Science ID 000255649600033
Посмотреть подробности для PubMedID 18311962
Посмотреть подробности для PubMedCentralID PMC2805408
- Иерархическая верификация специализированной параллельной машины Антона на основе моделирования МЕЖДУНАРОДНАЯ КОНФЕРЕНЦИЯ IEEE ПО КОМПЬЮТЕРНОМУ ДИЗАЙНУ 2008 г.
Гроссман, Дж. П., Салмон, Дж. К., Хо, С. Р., Иерарди, Д. Дж., Таулз, Б., Бэтсон, Б., Шпенглер, Дж., Ван, С. К., Мюллер, Р., Теобальд, М., Янг, К., Гальярдо Дж., Денерофф М.М., Дрор Р.О., Шоу Д.Е.
2008: 340-347 Просмотр сведений о Web of Science ID 000266685600052
- Внедрение гибкости в Антон, специализированную машину для молекулярно-динамического моделирования 14-Й МЕЖДУНАРОДНЫЙ СИМПОЗИУМ IEEE ПО ВЫСОКОПРОИЗВОДИТЕЛЬНОЙ КОМПЬЮТЕРНОЙ АРХИТЕКТУРЕ, 2008 г. Кускин, Дж. С., Янг, К., Гроссман, Дж. П., Бэтсон, Б., Денерофф, М. М., Дрор, Р. О., Шоу, Д. Э. 2008: 315-326
Просмотр сведений о Web of Science ID 0002635
029- Высокопроизводительные парные взаимодействия точек в Антоне, специализированной машине для молекулярно-динамического моделирования 14-Й МЕЖДУНАРОДНЫЙ СИМПОЗИУМ IEEE ПО ВЫСОКОПРОИЗВОДИТЕЛЬНОЙ КОМПЬЮТЕРНОЙ АРХИТЕКТУРЕ, 2008 г. Ларсон Р.
Х., Салмон Дж. К., Дрор Р. О., Денерофф М. М., Янг К., Гроссман Дж. П., Шан Ю., Клепеис Дж. Л., Шоу Д. Э.
2008: 303-314 Просмотреть сведения о идентификаторе Web of Science 0002635
028- Механизм антипортирования Na+/H+ НАУКА Аркин И. Т., Сюй Х., Дженсен М. О., Арбели Э., Беннетт Э. Р., Бауэрс К. Дж., Чоу Э., Дрор Р. О., Иствуд М. П., Флитман-Тене Р., Грегерсен Б. А., Клепеис Дж. Л., Колосвары И., Шан Ю., Шоу Д. Э. 2007 г.; 317 (5839): 799-803
Abstract
Антипортеры Na+/H+ играют центральную роль в клеточном гомеостазе соли и pH. Недавно была определена структура Escherichia coli NhaA, но механизмы ее транспорта и регуляции рН остаются неясными. Мы провели молекулярно-динамическое моделирование NhaA, которое с учетом существующих экспериментальных данных позволило нам предложить атомарно детализированную модель функции антипортера. Три консервативных аспартата являются ключевыми для предлагаемого нами механизма: Asp164 (D164) представляет собой сайт связывания Na+, D163 контролирует переменную доступность этого сайта связывания к цитоплазме или периплазме, а D133 имеет решающее значение для регуляции рН.
В соответствии с экспериментальной стехиометрией для транспорта одного иона Na+ требуется два протона: D163 протонирует, чтобы открыть сайт связывания Na+ с периплазмой, а последующее протонирование D164 высвобождает Na+. Дополнительные эксперименты по мутагенезу дополнительно подтвердили модель.См. подробности для DOI 10.1126/science.1142824
Просмотр сведений о Web of Science ID 000248624500039
Посмотреть подробности для PubMedID 176
- Обычный, которого можно избежать, источник ошибок в интеграторах молекулярной динамики. ЖУРНАЛ ХИМИЧЕСКОЙ ФИЗИКИ Липперт Р. А., Бауэрс К. Дж., Дрор Р. О., Иствуд М. П., Грегерсен Б. А., Клепеис Дж. Л., Колоссвари И., Шоу Д. Э. 2007 г.; 126 (4)
069Посмотреть подробности для DOI 10.1063/1.2431176
Посмотреть сведения о Web of Science ID 0002438
Посмотреть подробности для PubMedID 17286520
- Зональные методы для параллельного выполнения моделирования N тел с ограниченным радиусом действия ЖУРНАЛ ВЫЧИСЛИТЕЛЬНОЙ ФИЗИКИ Бауэрс, К.
Дж., Дрор, Р. О., Шоу, Д. Э.
2007 г.; 221 (1): 303-329 См. подробности для DOI 10.1016/j.jcp.2006.06.014
Просмотр сведений о Web of Science ID 000244321000016
- Метод средней точки для распараллеливания моделирования частиц ЖУРНАЛ ХИМИЧЕСКОЙ ФИЗИКИ Бауэрс, К. Дж., Дрор, Р. О., Шоу, Д. Э. 2006 г.; 124 (18)
Abstract
Оценка взаимодействий между соседними частицами составляет большую часть вычислительной нагрузки, связанной с моделированием классической молекулярной динамики (МД). В этой статье мы представляем новый метод распараллеливания взаимодействий частиц с ограниченным радиусом действия, который оказывается особенно подходящим для приложений МД. Поскольку он применяется не только к парным взаимодействиям, но и к взаимодействиям с участием трех или более частиц, этот метод можно использовать для оценки как несвязанных, так и связанных сил при МД-моделировании. Он требует меньше межпроцессорной передачи данных, чем традиционные методы пространственной декомпозиции, кроме самого низкого уровня параллелизма.
Он получает дополнительное практическое преимущество в некоторых широко используемых сетях межпроцессорной связи за счет более равномерного распределения коммуникационной нагрузки по сетевым каналам и уменьшения связанной с этим задержки. При использовании для распараллеливания МД он еще больше снижает требования к связи, позволяя вычислениям, связанным с короткодействующими несвязанными взаимодействиями, дальнодействующей электростатикой, связанными взаимодействиями и миграцией частиц, использовать большую часть одних и тех же передаваемых данных. Мы также представляем некоторые варианты этого метода, которые могут значительно улучшить баланс вычислительной нагрузки между процессорами.Посмотреть подробности для DOI 10.1063/1.21
Просмотреть сведения о идентификаторе Web of Science 000237477800011
Посмотреть подробности для PubMedID 16709099
- Расщепление по Гауссу Эвальда: метод быстрой сетки Эвальда для молекулярного моделирования ЖУРНАЛ ХИМИЧЕСКОЙ ФИЗИКИ Шан, Ю.
Б., Клепеис, Дж. Л., Иствуд, М. П., Дрор, Р. О., Шоу, Д. Э.
2005 г.; 122 (5) Abstract
Расщепление по Гауссу Эвальда (GSE) — это универсальный метод сетки Эвальда, который является быстрым и точным при использовании с решателями Пуассона как в реальном пространстве, так и в k-пространстве. Хотя известно, что методы реального пространства асимптотически превосходят методы k-пространства с точки зрения как вычислительных затрат, так и эффективности распараллеливания, методы k-пространства, такие как гладкая сетка частиц Эвальда (SPME), до сих пор остаются доминирующими, поскольку они более эффективнее, чем существующие методы реального пространства для моделирования типичных систем в диапазоне размеров, представляющем текущий практический интерес. Однако GSE в реальном пространстве примерно в 2 раза быстрее, чем ранее описанные методы Эвальда в реальном пространстве, для уровня точности силы, обычно требуемой в биомолекулярном моделировании, и конкурентоспособен с ведущими методами k-пространства даже для систем среднего размера.
В качестве альтернативы GSE можно комбинировать с решателем Пуассона в k-пространстве, предоставляя удобно настраиваемый метод k-пространства, который работает сравнимо с SPME. Метод GSE естественным образом вытекает из единой структуры, которую мы вводим для краткого описания различий между существующими методами сетки Эвальда.Посмотреть подробности для DOI 10.1063/1.1839571
Просмотр сведений о Web of Science ID 000226880100002
Посмотреть подробности для PubMedID 15740304
- Статистическая характеристика реального освещения ЖУРНАЛ ВИДЕНИЯ Дрор Р., ВИЛЛСКИЙ А.С., Адельсон Э.Х. 2004 г.; 4 (9): 821-837
Abstract
Хотя исследования зрения и графики часто предполагают простые модели освещения, реальное освещение очень сложное, и отраженный свет падает на поверхность практически со всех сторон. Можно зафиксировать освещение со всех направлений в одной точке фотографически, используя сферическую карту освещения.
Эта работа иллюстрирует с помощью анализа фотографически полученных карт освещения с широким динамическим диапазоном, что реальное освещение обладает высокой степенью статистической регулярности. Предельные и совместные распределения вейвлет-коэффициентов и гармонические спектры карт освещенности напоминают те, которые задокументированы в литературе по статистике естественных изображений. Однако карты освещенности отличаются от типичных фотографий тем, что карты освещенности статистически нестационарны и могут содержать локализованные источники света, которые доминируют в их спектрах мощности. Наша работа обеспечивает основу для статистических моделей реального освещения, тем самым способствуя пониманию человеческого восприятия материала, разработке надежных систем компьютерного зрения и визуализации реалистичных компьютерных графических изображений.Посмотреть подробности для DOI 10.1167/4.9.11
Посмотреть сведения о Web of Science ID 000224835300012
Посмотреть подробности для PubMedID 154
- Байесовская оценка уровней транскриптов с использованием общей модели шума измерения массива ЖУРНАЛ ВЫЧИСЛИТЕЛЬНОЙ БИОЛОГИИ Дрор Р.
О., Мурник Дж.Г., Ринальди Н.Дж., Маринеску В.Д., Рифкин Р.М., Янг Р.А.
2003 г.; 10 (3-4): 433-452 Аннотация
Массивы генов демонстрируют многообещающую способность характеризовать уровни экспрессии по всему геному, но страдают от значительного уровня шума измерений. Мы представляем строгий новый подход к оценке уровней и соотношений транскриптов из одного или нескольких экспериментов с массивами генов, учитывая модель шума измерений и доступную предварительную информацию. Метод байесовской оценки измерений массива (BEAM) представляет собой принципиальный метод для выявления изменений уровня экспрессии, объединения повторных измерений или работы с отрицательными измерениями уровня экспрессии. BEAM является более гибким, чем существующие методы, потому что он не предполагает конкретной функциональной формы для шума и предшествующих моделей. Вместо этого он опирается на вычислительные методы, применимые к широкому кругу моделей. Мы используем данные дрожжевого чипа Affymetrix, чтобы проиллюстрировать процесс разработки точных моделей шума и предшествующих моделей на основе существующих экспериментальных данных.
Результирующая модель шума включает в себя новые функции, такие как аддитивный шум с тяжелыми хвостами и смещение, зависящее от гена. Мы также проверяем, что полученный шум и предшествующие модели соответствуют данным набора микросхем Affymetrix для человека.Просмотр сведений о Web of Science ID 000184535800013
Посмотреть подробности для PubMedID 12
7
- Реальное освещение и восприятие отражательных свойств поверхности ЖУРНАЛ ВИДЕНИЯ Флеминг, Р. В., Дрор, Р. О., Адельсон, Э. Х. 2003 г.; 3 (5): 347-368
Abstract
В обычных условиях просмотра мы легко различаем различные материалы, такие как металл, пластик и бумага. Распознавание материалов по их свойствам отражения поверхности (таким как легкость и блеск) является нетривиальным достижением из-за смешанных эффектов освещения. Однако если испытуемые молчаливо знают статистику освещенности, встречающуюся в реальном мире, то можно отклонить маловероятные интерпретации изображения и, таким образом, оценить отражательную способность поверхности, даже когда точное освещение неизвестно.
Задача сопоставления отражательной способности поверхности использовалась для измерения точности оценки отражательной способности поверхности человека. Результаты задачи на сопоставление демонстрируют, что субъекты могут надежно и точно сопоставлять свойства отражательной способности поверхности в отсутствие контекста, если освещение реалистично. Производительность сопоставления снижается, когда статистика освещения не является репрезентативной для реального мира. Вместе эти результаты показывают, что испытуемые действительно используют сохраненные предположения о статистике реального освещения для оценки отражательной способности поверхности. Систематические манипуляции со свойствами пикселей и вейвлетов освещения показывают, что предположения зрительной системы об освещении имеют среднюю сложность (например, наличие краев и ярких источников света), а не высокую сложность (например, наличие узнаваемых объектов в окружающей среде).Посмотреть подробности для DOI 10.1167/3.
5.3Просмотр сведений о Web of Science ID 000223081500003
Посмотреть подробности для PubMedID 12875632
- Точность оценки скорости корреляторами Рейхардта Журнал Оптического общества Америки A Дрор, Р. О., О’Кэрролл, Д. К., Лафлин, С. Б. 2001: 241-252
- Математический критерий устойчивости в кольце связанных генераторов на основе фазовых характеристик БИОЛОГИЧЕСКАЯ КИБЕРНЕТИКА Дрор, Р., Канавьер, К.С., Бутера, Р.Дж., Кларк, Дж.В., Бирн, Дж.Х. 1999 г.; 80 (1): 11-23
Реферат
Canavier et al. (1997) использовали кривые фазовой характеристики (PRC) отдельных генераторов, чтобы охарактеризовать возможные режимы синхронизированного по фазе увлечения кольцевой сети N-генераторов. Мы расширяем эту работу, разрабатывая математический критерий для определения локальной устойчивости такого режима на основе ФРК. Наш метод не предполагает симметрии; ни генераторы, ни их соединения не должны быть идентичными.
Чтобы использовать эти методы для прогнозирования режимов и определения их устойчивости, нужно только определить PRC каждого генератора в кольце либо экспериментально, либо с помощью вычислительной модели. Мы показываем, что стабильность сети нельзя определить, просто проверив способность каждого осциллятора увлекать за собой следующий. Стабильность зависит от количества нейронов в кольце, типа моды и наклона каждой PRC в точке захвата соответствующего нейрона. Мы также описываем простые критерии, которые либо необходимы, либо достаточны для устойчивости, и исследуем последствия этих результатов.Посмотреть сведения о Web of Science ID 0000781002
Посмотреть подробности для PubMedID 20809292
- Характеристики фазового отклика модельных нейронов определяют, какие паттерны выражены в модели кольцевой цепи генерации походки. БИОЛОГИЧЕСКАЯ КИБЕРНЕТИКА Канавьер, К.С., Бутера, Р.Дж., Дрор, Р.О., Бакстер, Д.А., Кларк, Дж.
В., Бирн, Дж.Х.
1997 год; 77 (6): 367-380 Abstract
Чтобы оценить относительный вклад внутренних свойств отдельных нейронов и их связности в формирование паттернов, мы исследовали кольцевую цепь, состоящую из четырех сложных физиологически основанных осцилляторов. Эта схема создала паттерны, соответствующие нескольким четвероногим походкам, включая шаг, скачок и галоп. Анализ с использованием кривой фазовой характеристики (PRC) несвязанного осциллятора точно предсказал все режимы, демонстрируемые этой схемой, и их фазовые соотношения — с оговоркой, что в определенных диапазонах параметров бистабильность отдельных осцилляторов добавляла непоходные паттерны, которые не поддавались анализу. анализ PRC, но еще больше обогатил репертуар схемы, генерирующий паттерны. Ключевым выводом в анализе PRC было то, что в паттерне походки, поскольку все осцилляторы увлечены одной и той же частотой, фазовое опережение или задержка, вызванные действием каждого осциллятора на его постсинаптический осциллятор, должны быть одинаковыми, а сумма нормализованные разности фаз вокруг кольца должны быть равны целому числу.
Как было предложено в нескольких предыдущих исследованиях, наш анализ показал, что способность демонстрировать большое количество шаблонов присуща конфигурации кольцевой схемы. Кроме того, наш анализ показал, что форма PRC для отдельных генераторов определяет, какие из теоретически возможных режимов могут быть сгенерированы с использованием этих генераторов в качестве элементов схемы. PRC, которые имеют сложную форму, позволяют схеме создавать более широкий спектр паттернов, и, поскольку сложные нейроны, как правило, имеют сложные PRC, обогащение репертуара паттернов, демонстрируемых схемой, может быть функцией некоторой внутренней сложности нейронов. Наш анализ показал, что переходы походки или, в более общем смысле, переходы паттернов в кольцевой цепи не требуют перемонтажа цепи или каких-либо изменений в силе соединений. Вместо этого переходы могут быть достигнуты с помощью управляющего параметра, такого как интенсивность стимула, для формирования PRC таким образом, чтобы он имел соответствующую форму для желаемого паттерна (паттернов). Тогда переход может быть достигнут простым изменением значения управляющего параметра таким образом, что первая модель либо перестанет существовать, либо потеряет устойчивость, а вторая модель либо появится, либо обретет устойчивость. Наш анализ иллюстрирует прогностическую ценность PRC в анализе цепей и может быть расширен для предоставления метода проектирования схем, генерирующих шаблоны.Просмотр сведений о Web of Science ID 000071002200001
Посмотреть подробности для PubMedID
- 52
- Поиск наилучших констант в максимальной теореме Харди-Литтлвуда Журнал анализа Фурье и приложений Дрор Р.О., Гангули С., Стрихарц Р.С. 1996: 473-486
https://orcid.org/0000-0002-6418-2793
Г-жа Бохари — Информатика 10 класса
г. г-жа Бохари
w3.org/1999/xhtml» cellspacing=»0″>
Описание
Этот курс знакомит студентов с программированием. Учащиеся будут планировать и писать
простые компьютерные программы, применяя фундаментальные концепции программирования, и изучать
для создания понятной и удобной в сопровождении внутренней документации. Они также научатся управлять
компьютером, изучая конфигурации оборудования, выбор программного обеспечения, операционную систему
функции, работа в сети и безопасные методы работы с компьютером. Учащиеся также изучат
социальное воздействие компьютерных технологий и разовьют понимание экологических
и этических проблем, связанных с использованием компьютеров.
Для получения дополнительной информации о курсе см. план курса.
В этом курсе мы будем программировать с помощью Turing.
Скачать Turing 4.
1.1. для ПК (бесплатно)Вы будете использовать онлайн-учебник вместе с курсом, чтобы дополнить свое обучение. Каждому уроку будет назначено чтение. Нажмите здесь, чтобы получить доступ к учебнику.
Календарь курсов
2 сентября
Введение в курсПочему мы программируем?
3
1,1 Части компьютераЧитать 1.6 (с.21–27)
Назначение — разработка оборудования
4
Рабочий период5
Рабоче Модель компьютера
Чтение 1.4 (стр. 14–18)
Чтение 1.7 (стр. 27–30)Assignment — Buying a personal computer system
9
Work Period10
Work Period11
Work Period12
Buying a Personal Computer DUE15
2.1 History of ComputersRead 1.1 — 1.3
(стр. 2 – 14)
Задание – История ЭВМ16
Период работы17
История ЭВМ DUE
2. 2 Computer ImpactЧтение 1.3 (стр. 3–3)0015
Назначение — Влияние на компьютер
18
Период работы19
Влияние на компьютер DUE22
Решение проблемПробный код
Алгоритм кодирования 915code900!
23
3.1 Intro toProgramming in TuringRead page 77-84
Do page 84 # 1 — 10
24
Work Period25
Programming Problems 3.126
Work Period29
3.2 Variable and InputsRead page 88 – 98
Do page 98 # 1 – 15
30
Work PeriodOct 1
Quiz # 12
Work Period3
Work Period6
3.3 Цикл разработки программного обеспеченияПарное программирование День
13
Thanksgiving Holiday14
Programming Assignment #3 Due15
Unit 3 Test — Written16 17 20 Programming Quiz
21 Loops Note
22 Work период
23
Рабочий период24
Отправить вопросы 8, 12 и 15 (или другой между 6-12)Викторина по циклам
537 271853 Nested Loops
class notes
Reference for reading: chap 9 and 13 in textbook28
Work on 13. 6
questions 1-5Then find a partner for:
Pair Programming29 Work Period
30 Период работы
Парный вопрос по программированию и вопрос № 431
Графический экран
Цвета Тьюринга
Практика в использовании:
Команды рисования
Зацикливание и рисованиеноября 3
Список графики Тьюринга
Вопросы для4
Рабочий период5
Graphics
. Период7
Период работыНаверстывание
Исследование для теста10
Тест по программированию
(на компьютере)
-циклы/вложенные циклы
-графики1 8 18402189212
Work Period13
Work Period14
Work Period17 Functions Assignment
18 Work period
19 Pair Programming
20 Work Period
21 PD DAY.
..24 Период работы
25
Жизненный цикл разработки программного обеспечения (SDLC)
Опубликуйте свою проблему26 - SDLC Assignment0015
27 Рабочий период
28
Рабочий период. Сдайте (распространите) задание в конце сегодняшнего дня или в начале занятий в понедельник.1
Hand in SLDC assignmentIntroduction to Scratch
further exercise2 Scratch variables
Scratch Assignment1
3 Work period
4 Scratch Pen
Scratch Assignment2
1,2, 5,7,8,10,12,20,23,24
27,28,30,35,41,43,44,48
49,54,555 Work period
8 Scratch Loops
9 Scratch Conditions
10 Work Period
11 Work period
12
Submit all 3 задания. 0013 Задание на выполнение (продолжение)19 С праздником!
Рождество 5
Задача производительности6
Задача производительности.1853 Come up with test questions9
Performance task cont’d12 submit questions
13 14
practice test15 16 actual test
19
Performance task
DUE20
Feedback Please21
Last day before exams22 23 26 27
Period 5
Компьютерный экзамен28 29
День возврата экзаменаЦентр передового опыта в области инженерии и разнообразия
29 сентября 2022 г.
– SOLES Первое общее собрание: 18–20 часов | Mong Auditorium in Engineering VI
4 октября 2022 г.
– Latinx Добро пожаловать: с 16:00 до 18:00 | Wilson Plaza
Ссылка для ответа на приглашение: нажмите здесь
– Встреча AISES: 18–19 часов | 6270 Boelter Hall (Центр CEED)
5 октября 2022 г.
– Black Convocation: 17:00 | Covel Commons
Ссылка для ответа на приглашение: Нажмите здесь
Чтобы узнать обо всех мероприятиях True Bruin Welcome, нажмите на следующую ссылку: https://community.ucla.edu/truebruinwelcome
По состоянию на 1 июля 2022 г.
Доктор выпускников CEED , Реган Паттерсон —
доцент в области гражданского строительства и экологии
для Инженерной школы Самуэли Калифорнийского университета в Лос-Анджелесе!
они были награждены
на
Карина Баллестерос Айдан Каррисалес Джереми Фернандес Джереми Гарсия Майкл Пилладо Коннор Робертсон Вероника Кэмпбелл+ 9 Иман Фаузи Саймон Хадгу Айдан Хасэгава# Амайя Эрнандес Деррик Маги Дэвид Мартинес Анабелла Ногера Ричард Тружек Пабло Александр Веласко# 9С отличием Tri-Org Awards 2021-2022
SOLES: SHPE Blue Chip Award
NSBE: Национальная глава годовой награды: Годовой награда.
для профессионального развития и развития отделенийПоздравляем следующих победителей UCLA MESA Center!
Coding Solutions
Средняя школа
Ибрагим Пири, LACES MS, 2 место
Средняя школа
Феникс Ри, Брайан Сео, Лос-Анджелес Х.С., 1-е местоMesa Machine
Средняя школа (11th-12-й класс)
HAYENHERE, HERCHEN, HERCHEN, HERCHEN. 1-е место за инновационный дизайн
3-е место за точностьАналитический центр MESA
Средняя школа (9-10 классы)
Наоми Патель, Айман Хабиб, LACES Base,- Moon
52356
Средняя школа (6-й класс)
Пуння Навин, Эйвери Смит, LACES MS
1-е место за инновационный дизайн
3-е место в целом
Средняя школа (7-8-й класс) 910 018
3-е место за инновационный дизайн
2-е место в общем зачете
Средняя школа (9-10 классы)
Гетаджати Лэнгли, университет HS2810
София и Елена Бехзади, LACES HS,
2-е место в номинации «Инновационный дизайн»
3-е место в общем зачетеNEDC – Проектирование для справедливости в вашем сообществе
Средняя школа , Эндрю Вебстер, MS- 35
2-е место Плакат
3-е место Дизайн-брифинг
3-е место Техническая презентация и интервью
3-е место Презентация,
3-е место в целом6291 Boelter Hall
0.0.0-1660071545928″ data-quickaccess-id=»header»> Часы работы:
Понедельник – Четверг: 8:30 – 17:30
Пятница: 10:00 – 17:00
Последние новости
29 сентября 2022 г.
(нажмите, чтобы увеличить)
30 марта 2022 г.
День MESA в районе метро Лос-Анджелеса 2022 года будет проходить виртуально и лично в кампусе Калифорнийского университета в Лос-Анджелесе 23 апреля 2022 года с 9:00 до 14:00. Соревнования будут проходить очно и онлайн. Крайний срок для регистрации и подачи журнала инженерной лаборатории для грузового планера, MESA…
3 марта 2022 г.
(нажмите, чтобы увеличить)
SAMUELI NEWSROOM
Познакомьтесь с персоналом
Найдите сотрудника по программе в нашем справочнике сотрудников.
Or jump to a staff member alphabetically by last name: a b c d e f g h i j k l m n o p q r s t u v w x y z
Adoma Addo, Population and Sustainability Associate , supports Center research and campaigns on waste prevention, sexual and reproductive health and rights, and системная несправедливость, связанная с неравным экологическим бременем и неравным доступом к услугам здравоохранения.
Она учится в Йельском университете, где занимается экологическими исследованиями и глобальным здравоохранением.Контактное лицо: электронная почта Адома
Коллетт Эдкинс, директор по охране хищников, старший прокурор, , возглавляет программу сохранения хищников, в рамках которой она занимается борьбой с эксплуатацией и жестоким обращением с волками и другими редкими животными. Она получила юридическое образование в Университете Миннесоты, где также получила степень магистра в области охраны дикой природы. До прихода в Центр Коллетт занималась частной практикой, где ее работа на безвозмездной основе была сосредоточена на сохранении исчезающих видов и мест их обитания. Она также работала клерком у достопочтенного Джона Р. Танхейма в Окружном суде США по округу Миннесота.
Контактное лицо: Миннеаполис, Миннесота, 651.955.3821, электронная почта Коллетт
Роуз Мари Акача, младший бухгалтер , помогает административной группе Центра обрабатывать дебиторскую задолженность.
До прихода в Центр Роуз Мари работала бухгалтером и кассиром в кредитном союзе полиции Буэа. Имеет диплом бухгалтера Ассоциации дипломированных сертифицированных бухгалтеров.Контактное лицо: Тусон, Аризона, 520.623.5252 доб. 300, электронная почта Роуз Мари
Кристин Акланд, прокурор Северных Скалистых гор, работает в программе Центра «Исчезающие виды». До прихода в Центр в 2020 году она занималась частной практикой по защите исчезающих видов, которым угрожают вырубка и чрезмерный выпас скота на северо-западе. Она имеет степень бакалавра биологии Университета Северной Аризоны и степень юриста Университета Монтаны.
Контактное лицо: Миссула, штат Монтана, эл. и Центральной Калифорнии. Районы ее проекта включают земли в калифорнийских пустынях и горах, водораздел реки Санта-Ана, водораздел реки Санта-Клара, а также внутреннюю империю Южной Калифорнии и Центральной Калифорнии и другие места. Она имеет степень магистра биологии в Калифорнийском штате Нортридж.
Контактное лицо: Лос-Анджелес, Калифорния, 213.785.5407, электронная почта Илин
Твиттер: @andersonileeneЭми Этвуд, старший юрисконсульт, , разрабатывает стратегию и ведет судебные разбирательства по высокоприоритетным делам о сохранении видов. До прихода в Центр в 2007 году она работала штатным поверенным в Западном центре экологического права и помощником поверенного в компании Meyer & Glitzenstein (теперь Eubanks & Associates). Она получила степень юриста в 2000 году в юридической школе Вермонта и степень бакалавра политических наук в Калифорнийском университете в Беркли в 19-м году.95.
Контактное лицо: Портленд, штат Орегон, 503.283.5474, электронная почта Эми
Твиттер: @atwood55Джастин Августин, старший прокурор, , занимается исчезающими видами и проблемами леса. Он получил степень бакалавра наук в области систем Земли в Стэнфордском университете и получил юридическую степень в юридической школе Льюиса и Кларка.
До поступления в юридическую школу Джастин работал биологом дикой природы и работал над проектами в горах Сан-Бернардино, Йеллоустонском национальном парке, Национальном парке Гавайских вулканов, а также в районах дикой природы Джона Мьюира и Ансела Адамса.Контактное лицо: Окленд, Калифорния, 510-844-7100, доб. 302, электронная почта Джастин
Сара Бэйли, организатор по вопросам народонаселения и устойчивого развития, , возглавляет информационно-разъяснительную работу, чтобы помочь людям понять, как давление нашего растущего населения и высокие уровни потребления вредят дикой природе и среде обитания. Она руководит нашим проектом «Презервативы для исчезающих видов» и координирует мероприятия Pillow Talk. Сара имеет степень бакалавра в области охраны дикой природы Университета Делавэра, степень магистра биологии Университета Вилланова и степень магистра государственного управления Университета Аризоны.
Контактное лицо: Буффало, штат Нью-Йорк, 520-623-5252 доб.
308, электронная почта СараДэн Беккер, директор кампании по безопасному климатическому транспорту, , работает в Институте климатического права. Дэн начал свою карьеру в организациях Environmental Action, MassPIRG и Public Citizen’s Congress Watch и боролся в Конгрессе за Закон о чистом воздухе, стандарты CAFE, Суперфонд и другие политики ответственной энергетики. Он возглавил борьбу за чистый автомобиль, начиная с 1989 года, в качестве директора программы Sierra Club по глобальному потеплению и энергетике, а затем в качестве директора кампании за безопасный климат. Он помог выиграть и защитить Стандарт чистого автомобиля Обамы и был назван одним из 28 мировых «героев климата» журналом Rolling Stone и Salon.com. Дэн окончил юридический факультет Северо-восточного университета и Гамильтон-колледж.
Контактное лицо: Вашингтон, округ Колумбия, 202.494.5577, электронная почта Dan
Лиза Беленький, старший юрисконсульт, занимается защитой редких и находящихся под угрозой исчезновения видов и мест их обитания в соответствии с законами штата и федеральными законами.
Лиза имеет диплом юриста Калифорнийского университета, юридический факультет Беркли, и степень бакалавра философии Калифорнийского университета в Санта-Круз. До прихода в Центр в 2005 году она занималась частной практикой, занимаясь экологическим правом и судебными разбирательствами по вопросам вознаграждения сотрудников.Контактное лицо: Окленд, Калифорния, 510-844-7100, доб. 307, электронная почта Лизы
Твиттер: @LeafStemRootЭлиз Беннетт, директор Флориды, старший прокурор, , выступает за исчезающие виды и дикие места Флориды. Она родилась и выросла во Флориде, имеет юридическое образование и сертификат специалиста по экологическому праву юридического колледжа Стетсонского университета, а также степень бакалавра экологических наук и политики Университета Южной Флориды. Прежде чем присоединиться к программе Центра во Флориде, Элиза занималась защитой редких амфибий и рептилий на востоке США. До этого она работала штатным поверенным в 13-м судебном округе Флориды.
Контактное лицо: Санкт-Петербург, Флорида, 727.755.6950, электронная почта Элис
Кейт Бермудес-Голдман, директор по работе с персоналом, председатель комитета JEDAI Центра , занимается всеми вопросами, связанными с жизненным циклом сотрудников в Центре. . До прихода к нам она работала директором по персоналу в национальных компаниях, таких как Buffalo Exchange и Tetakawi. В прошлом она была президентом исполнительного совета Общества управления человеческими ресурсами Большого Тусона и занимала должность директора по защите интересов Торговой палаты ЛГБТ. Кейт имеет степень бакалавра наук в области экономики окружающей среды и степень магистра в области международного бизнеса.
Контактное лицо: Тусон, Аризона, 520.623.5252 доб. 327, электронная почта Кейт
Виктория Богдан Техеда, штатный прокурор , работает в Институте климатического права, чтобы бороться с ложными климатическими решениями, такими как улавливание и хранение углерода, а также загрязняющими отраслями, такими как нефтехимия и энергия биомассы.
До прихода в Центр она работала младшим юристом в Earthjustice, где в ее обязанности входило оспаривание правил, касающихся токсичных химических веществ, и оказание помощи перегруженным сообществам в продвижении экологической справедливости. Она имеет юридическое образование в Калифорнийском университете. Юридическая школа Дэвиса.Контактное лицо: Окленд, Калифорния, 510.844.7103 доб. 303, электронная почта Виктории
Твиттер: @v_boggКурт Брэдли, старший научный сотрудник, специалист по ГИС, , помогает кампаниям Центра с анализом географических информационных систем и картографией. Он имеет степень магистра гидрологии водоразделов и степень бакалавра наук в области машиностроения Аризонского университета. До прихода в Центр он был специалистом по ГИС в Sky Island Alliance.
Контактное лицо: Тусон, Аризона, 520.623.5252 доб. 310, электронная почта Курт
Брэди Брэдшоу, старший участник кампании Oceans , разрабатывает и проводит кампании по поэтапному отказу от морского бурения и гидроразрыва нефтяных и газовых скважин.
До прихода в Центр Брейди работал в Oceana, защищая от кампании Трампа по повсеместному бурению, постепенно отказываясь от дрифтерных сетей и ярусов у побережья Калифорнии и добиваясь поддержки федерального запрета на продажу акульих плавников. Он с отличием окончил Университет Северной Каролины в Уилмингтоне по специальности «морская биология» и является соавтором Глобального атласа морского рыболовства.Контактное лицо: электронная почта Brady
Роуз Браз, в память
Питер Бродерик, юридический директор Urban Wildlands, старший прокурор, работает в программе Центра Urban Wildlands по противодействию расползанию и защите среды обитания и видов в дикой природе -городской интерфейс. Питер также имеет опыт консультирования общественных групп по вопросам местного землепользования; противодействие разработке нефти и газа; и защита правил безопасного землепользования, общественного здравоохранения и безопасности. Питер получил юридическое образование в Стэнфордской школе права и степень бакалавра в Орегонском университете.
Контактное лицо: Портленд, штат Орегон, 503.283.5474 доб. 421, электронная почта Питера
Энн Браун, координатор открытого правительства , работает со всеми программами Центра по обеспечению прозрачности правительства, отправляя и содействуя запросам на регистрацию в государственные и федеральные агентства. Она имеет юридическое образование юридического факультета Саффолкского университета и степень бакалавра женских исследований Университета Денисона. До прихода в Центр она работала с юристом по гражданским делам в Бостоне, выписывала гранты для многочисленных организаций, занимающихся репродуктивными правами, и выступала за планирование безопасности для людей, пострадавших от домашнего насилия.
Контактное лицо: Портленд, штат Орегон, 971.717.6412, электронная почта Энн
Крис Багби, Юго-западный адвокат по охране природы , полевой эколог, специализирующийся на охране дикой природы. Он работал с различными таксонами в самых разных экосистемах, от крокодилов и питонов в Эверглейдс до хищных млекопитающих, таких как медведи и дикие кошки.
До прихода в Центр, где он занимается защитой среды обитания находящихся под угрозой исчезновения местных видов, Крис проводил исследования дикой природы приграничья, в том числе находящихся под угрозой исчезновения ягуаров и оцелотов. Он имеет степень бакалавра биологии Университета Святого Лаврентия и степень магистра междисциплинарной экологии с упором на охрану дикой природы Университета Флориды.Контактное лицо: Тусон, Аризона, 305.498.9115, эл. вещества. Она получила степень бакалавра в Колорадском колледже и юридическую степень в Льюисе и Кларке. До прихода в Центр она работала штатным юристом и руководителем кампании в компании Bark, защитниках национального леса Маунт-Худ, а также в Национальной федерации дикой природы, занимаясь вопросами горных работ по добыче угля и нефтеносных песков, а также в Центре безопасности пищевых продуктов. , фокусируясь на пестицидах и промышленном сельском хозяйстве. Она входит в совет Crag Law Center.
Контактное лицо: Портленд, штат Орегон, 971.
717.6405, электронная почта Лори Энн
Твиттер: @loriannburdДжон Бьюз, главный юрисконсульт, юридический директор, , координирует юридическую работу Центра и занимается делами, связанными с сохранением исчезающих видов и землепользованием. До прихода в Центр в 2005 году Джон работал в Центре защиты окружающей среды в Санта-Барбаре и Вентуре, Калифорния. Джон получил юридическое образование в Школе права Дэвиса Калифорнийского университета, степень магистра биохимии в Иллинойском университете в Чикаго и степень бакалавра истории, философии и социальных исследований науки и медицины в Чикагском университете.
Контактное лицо: 323.533.4416, электронная почта John
Кристин Карден, старший научный сотрудник , работает в программе Oceans над сохранением находящихся под угрозой морских видов и экосистем. До прихода в Центр она работала помощником поверенного и штатным научным сотрудником организации Earthjustice. Она также имеет опыт научной коммуникации и образования; работал научным сотрудником Кнаусса в Вашингтоне, округ Колумбия; и работал в Службе национальных парков на Аляске и Гавайях.
Она получила докторскую степень. Она получила степень бакалавра наук об окружающей среде в Калифорнийском университете в Санта-Барбаре, степень юриста в Гарвардской школе права и степень бакалавра права. в области возобновляемых природных ресурсов Университета Аризоны.Контактное лицо: Bozeman, MT, 510.844.7100 доб. 327, электронная почта Кристин
Кара Клаузер, специалист по ГИС , работает над ГИС-анализом, картографией и веб-картографией, помогая различным кампаниям Центра. Она имеет степень магистра наук в области технологии географических информационных систем и степень бакалавра наук в области экологии и эволюционной биологии Аризонского университета.
Контактное лицо: Тусон, Аризона, 520.623.5252 доб. 317, электронная почта Кара
Ханна Коннор, старший прокурор, работает в программе Центра по гигиене окружающей среды, чтобы защитить исчезающие виды, водные пути, рабочих и сообщества от токсичных угроз, таких как пестициды, промышленные фермы и разрушительные горнодобывающие работы.
До прихода в Центр она работала штатным юристом в секции судебных разбирательств по защите животных Общества защиты животных США; до этого она работала штатным юристом в Альянсе хранителей воды. Она имеет юридическое образование в Школе права Вермонта и степень бакалавра наук в Бостонском колледже.Контактное лицо: Ричмонд, Вирджиния, 202.681.1676, электронная почта Ханны
Камила Коссио, штатный прокурор , работает в программе Центра по охране исчезающих видов. Ранее она была адвокатом сельскохозяйственных рабочих в Программе сельскохозяйственных рабочих Орегонского юридического центра. Она имеет степень доктора права юридического факультета Техасского университета, степень магистра права в области права животных юридического факультета Льюиса и Кларка и степень бакалавра творческого письма Хьюстонского университета.
Контактное лицо: Портленд, штат Орегон, электронная почта Камила
Мэгги Коултер, штатный прокурор , работает в Институте климатического права Центра по федеральным вопросам нефти и газа.
До прихода в Центр она работала защитником окружающей среды в различных некоммерческих организациях, включая American Forests, Defenders of Wildlife, Hudson Riverkeeper и юридическую фирму Meyer Glitzenstein & Eubanks LLC, представляющую общественные интересы. Мэгги также работала старшим научным сотрудником в Совете Белого дома по качеству окружающей среды при президенте Обаме и имеет степень юриста и степень магистра глобальной экологической политики Американского университета, а также степень бакалавра философии и политологии Калифорнийского университета в Ирвине. .Контактное лицо: Вашингтон, округ Колумбия, электронная почта Мэгги
Ховард Кристал, юридический директор программы Energy Justice, старший прокурор , курирует судебные процессы в рамках программы Energy Justice, продвигающие переход к экологически чистой энергии, включая борьбу с препятствиями коммунальных предприятий к распределенной энергии и централизованное управление энергоресурсами.
Он провел свою карьеру в частной и общественной практике, защищая окружающую среду и дикую природу, общественное здравоохранение, безопасную энергию и открытые правительственные дела. Он получил степень юриста в юридическом центре Джорджтаунского университета в 1993 года и степень бакалавра Северо-Западного университета.Контактное лицо: Вашингтон, округ Колумбия, 202-849-8401 доб. 102, эл. , Закон о чистой воде и множество других государственных и федеральных законов. До работы в Центре Брендан занимался частной практикой, специализируясь на судебных процессах по защите окружающей среды и гражданских прав.
Контактное лицо: Джошуа Три, Калифорния, 510.844.7100 доб. 341, электронная почта Брендан
Тьерра Карри, директор кампании «Спасение жизни на Земле», старший научный сотрудник, , занимается организацией движения за прекращение вымирания. Она работает на национальном уровне с отдельными лицами и группами в поддержку празднования и защиты биоразнообразия.
До прихода в Центр в 2007 году она работала полевым биологом-земноводным, педагогом-экологом и общественным организатором. Она имеет степень бакалавра английского языка в Berea College и степень магистра биологии в Portland State University.Контактное лицо: Somerset, KY, 928.522.3681, электронная почта Tierra
Твиттер: @TierraMusselМиранда Давидюк, старший специалист по онлайн-членству , работает в нашей команде разработчиков, занимаясь электронной почтой и цифровым сбором средств. До прихода в Центр Миранда работала внештатным продюсером визуального контента, занимаясь фото- и видеосъемкой, уделяя особое внимание науке и рассказыванию историй об окружающей среде. Она имеет степень бакалавра массовых коммуникаций Делавэрского университета и степень магистра журналистики Орегонского университета.
Контактное лицо: Корваллис, штат Орегон, 541.224.7631, электронная почта Миранды
Даника Дэвисон, сотрудник по членству , оказывает поддержку, отвечая на электронные письма, обрабатывая пожертвования и помогая с базами данных членов Центра.
До прихода в Центр она работала куратором музея/архивариусом проекта в Западном археологическом центре консервации, Службе национальных парков через Аризонский университет. Она имеет степень магистра библиотечных и информационных наук Университета Аризоны и степень бакалавра политических наук Университета штата Аризона.Контактное лицо: Тусон, Аризона, электронная почта Danica
Перрин де Йонг, штатный прокурор , защитник исчезающих видов, защиты климата и гигиены окружающей среды в штате Северная Каролина и за его пределами. До работы в Центре семь лет занимался частной практикой. Он получил степень юриста в юридической школе Льюиса и Кларка и степень бакалавра в колледже Береа.
Контактное лицо: Эшвилл, Северная Каролина, 828.252.4646, электронная почта Perrin
Глэдис Дельгадилло, организатор по климату , сотрудничает с Институтом климатического права, чтобы бороться за дикую природу, экосистемы и людей, продвигая справедливый переход от ископаемого топлива к чистой энергии.
До прихода в Центр она работала на бывшего сенатора США Боба Грэма в качестве администратора Коалиции по охране природы Флориды, участвовала в успешных кампаниях по сохранению земель и возглавляла принятие постановления округа Коллиер, штат Флорида, о предотвращении конфликта между людьми и медведями. Она имеет степень бакалавра наук в области систем Земли Стэнфордского университета.Контакт: электронная почта Глэдис
Фабиола Дельгадо, Специалист по цифровому производству , работает в программе Digital, поддерживающей акции, SMS-кампании и вебинары. Она получила степень бакалавра антропологии со специализацией в области археологии в Аризонском университете. До прихода в Центр Фабиола работала стажером в Национальном парке Сагуаро.
Контактное лицо: Тусон, Аризона, 520.623.5252, электронная почта Фабиолы
Келли Деннингс, участник кампании в области народонаселения и устойчивого развития , разрабатывает и реализует информационно-просветительские инициативы, посвященные связям между репродуктивным здоровьем, гендерным равенством, бесконечным ростом, несправедливым потреблением, климатом и кризисом вымирания.
До Центра она работала в сфере управления отходами и охраны лесов. Она имеет степень бакалавра природных ресурсов Университета штата Северная Каролина и степень магистра общественного здравоохранения Университета Южной Флориды. Она является консультантом по планированию семьи и сертифицирована в области общественного здравоохранения, социального маркетинга и управления проектами.Контактное лицо: Вашингтон, округ Колумбия, 919.355.8102, электронная почта Келли
Ким Динан, старший специалист по СМИ , работает над коммуникациями в рамках программы Центра по народонаселению и устойчивому развитию. Прежде чем присоединиться к нам, она почти десять лет работала внештатным журналистом и занималась переработкой отходов, сокращением отходов и обеспечением устойчивого развития в округе Мэрион, штат Орегон, и в городе Портленд. Она имеет степень бакалавра английского языка Университета Огайо.
Контактное лицо: Эшвилл, Северная Каролина, электронная почта Ким
Твиттер: @kimdinanНатан Донли, директор по науке о гигиене окружающей среды , работает с программой гигиены окружающей среды над проблемами, связанными с растущим воздействием токсинов на людей и диких животных.
До прихода в Центр он работал научным сотрудником в Орегонском центре исследований токсикологии труда и окружающей среды, изучая связи между воздействием токсикантов окружающей среды и раком. Он имеет докторскую степень в области биологии клеток и развития Орегонского университета здравоохранения и наук.Контактное лицо: Портленд, штат Орегон, 971.717.6406, электронная почта Нейт
Твиттер: @Nathan_DonleyПатрик Доннелли, директор Большого бассейна , работает над защитой дикой природы и диких мест Невады и окружающих пустынных регионов, уделяя особое внимание эндемичным видам и ресурсам подземных вод. Патрик провел более десяти лет, руководя молодыми людьми в практической работе по сохранению и в длительных образовательных поездках на открытом воздухе. Он руководил кампаниями по защите национальных памятников, прекращению ненадлежащего развития энергетики и предотвращению чрезмерного присвоения скудной пустынной воды. Патрик имеет степень бакалавра экологических наук и политики Калифорнийского университета в Беркли.
Контактное лицо: Лас-Вегас, Невада, 702.483.0449, электронная почта Патрика
Твиттер: @bitterwaterblueДайан Дюбуа, штатный научный сотрудник , работает над защитой дикой природы и диких земель за пределами США в рамках Международной программы. Она имеет степень бакалавра биологии Вестфилдского государственного университета и степень магистра экологических исследований со специализацией в области природоохранной биологии Антиохийского университета. До прихода в Центр она изучала лесовосстановление в районе Монтеверде в Коста-Рике и работала преподавателем-экологом в западном Массачусетсе.
Контактное лицо: Эшвилл, Северная Каролина, 413.530.9257, электронная почта Дайан
Синтия Элкинс, старший помощник юриста , получила сертификат помощника юриста в Университете штата Гумбольдт в 2012 году и степень бакалавра искусств в области коммуникаций в Университете Алабамы в 1993 году. Она соруководил отделом новостей общественной радиостанции KMUD, был штатным репортером газеты Северной Калифорнии, а также директором по судебным разбирательствам и программным директором Информационного центра по охране окружающей среды.
Она присоединилась к персоналу Центра в 2015 году после работы помощником юриста по контрактам.Контактное лицо: электронная почта Cynthia
Лаура Энрикес, специалист по развитию , оказывает поддержку команде по связям с донорами, занимающейся исследованиями и общением с членами Leadership Circle. Уроженец Тусона, она девять лет работала в демократической политике, прежде чем присоединиться к Центру. Ее карьерная политика включала полевые работы, сбор средств и управление кампаниями. После работы в качестве полевого директора демократического комитета Arizona List, выступающего за выбор, она руководила информационно-пропагандистской деятельностью для успешного переизбрания члена городского совета Тусона Регины Ромеро и руководила кампаниями нескольких представителей штата.
Контактное лицо: Тусон, Аризона, 520.358.3331, электронная почта Лаура
Гейл Эванс, старший прокурор, работает в Институте климатического права, занимаясь вопросами добычи нефти и газа и загрязнения окружающей среды в Нью-Мексико.
До прихода в Центр она работала с прифронтовыми сообществами, коренными народами и молодежью над разработкой правовых стратегий, позволяющих привлечь штат Нью-Мексико к ответственности за последствия загрязнения нефтью и газом. В течение 14 лет Гейл работала юридическим директором Центра права и бедности Нью-Мексико. Она имеет степень юриста Университета Нью-Мексико и степень магистра права Джорджтаунского университета.Контактное лицо: Альбукерке, Нью-Мексико, электронная почта Gail
Джонатан Эванс, юридический директор по гигиене окружающей среды, старший прокурор, , работает над защитой находящихся под угрозой исчезновения диких животных от угроз загрязнения окружающей среды и снижением токсических угроз пестицидов, тяжелых металлов и химического загрязнения в наше окружение. Джонатан получил юридическое образование в Школе права Орегонского университета и степень бакалавра в области сохранения и ресурсоведения в Калифорнийском университете в Беркли.
До прихода в Центр Джонатан работал в Национальном фонде рыб и дикой природы, управляя грантами на восстановление экосистем. Он также привносит в Центр опыт работы в области образования на открытом воздухе в качестве натуралиста и проводника по всей Калифорнии.Контактное лицо: Окленд, Калифорния, 510-844-7100 доб. 318, электронная почта Джонатану
Марк Эванс, администратор базы данных SQL и разработчик , разрабатывает и поддерживает базы данных Центра, чтобы дать сотрудникам возможность выполнять задачи, требующие обработки больших объемов данных. До прихода в Центр он работал в Emerge! Центр против домашнего насилия в качестве единственного ИТ-специалиста и разработчика базы данных. Марк пришел к нам с более чем 20-летним опытом разработки баз данных для малых и средних компаний, проектирования и управления ИТ-инфраструктурой, администрирования серверов, а также разработки и управления виртуализированными центрами обработки данных. Он называл Тусон своим домом почти 30 лет.
Контактное лицо: Тусон, Аризона, 520.623.5252, электронная почта Марк
Кинан Фальк, ИТ-специалист и администратор учетных записей , работает в группе информационных технологий Центра. Кинан пришел в Центр из Объединенного школьного округа Тусона, где он работал выездным специалистом по информационным технологиям. Кинан имеет опыт администрирования сетей и серверов, а также управления виртуальными машинами. Его прежние должности варьируются от пиротехника в местном каскадерском шоу до инспектора пожарного оборудования.
Контактное лицо: Тусон, Аризона, 520-526-4627, электронная почта Кинан
Стефани Фельдштейн, директор по вопросам народонаселения и устойчивого развития , возглавляет работу Центра по выявлению и устранению угроз исчезающим видам и диким местам из-за безудержного роста человеческой популяции и чрезмерное потребление. Ранее Стефани работала на Change.org, где помогла сотням людей начать и выиграть онлайн-кампании по защите дикой природы.
Она имеет степень бакалавра Мичиганского университета и многолетний опыт организации, работы с общественностью и коммуникации, уделяя особое внимание животным и окружающей среде. Она автор Руководство для любителей животных по изменению мира (Гриффин Святого Мартина, 2018).Контактное лицо: Портленд, штат Орегон, 971.717.6423, электронная почта Стефани
Твиттер: @sfeldsteinЭлиза Фергюсон, , помощник юриста , работает в программе общественных земель, помогая защищать виды и среду обитания. Она получила степень бакалавра географии в Калифорнийском государственном университете в Станиславе, со степенью бакалавра в области изучения окружающей среды и ресурсов, а также получила степень юриста в Университете Джона Ф. Кеннеди. До прихода в Центр Элиза занималась общественными делами и работала волонтером в некоммерческих организациях, занимающихся социальной справедливостью, справедливым обращением с животными и защитой окружающей среды.
Контактное лицо: Окленд, Калифорния, 510-844-7100 доб. 306, электронная почта Элизы
Марк Финк, директор по правовым вопросам общественных земель, старший прокурор , курирует судебные процессы в рамках программы Центра по общественным землям. В его досье входят различные виды, находящиеся под угрозой исчезновения, и случаи с общественными землями по всей стране. Марк окончил Юридическую школу Льюиса и Кларка с сертификатом в области права окружающей среды и природных ресурсов, а также получил степень бакалавра политических наук в Атлантическом университете Флориды. До прихода в Центр в 2007 году он работал штатным юристом в Западном центре экологического права.
Контактное лицо: Дулут, Миннесота, 218.464.0539, мфинк
Твиттер: @MarcdfДжон Флеминг, старший научный сотрудник , работает в Институте климатического права Центра. Он получил степень бакалавра геолого-геофизических наук и сертификат по экологическим исследованиям в Принстонском университете и получил степень доктора геологических наук в Университете Южной Калифорнии.
Во время своего пребывания в USC Джон проводил исследования, изучающие связи между аспектами изменения климата и биологической потребностью в кислороде в морских водах у побережья Лос-Анджелеса.Контактное лицо: Лос-Анджелес, Калифорния, 213.785.5403, электронная почта John
Твиттер: @CFlemingJohnПитер Галвин, Директор программ , является основателем Центра. Он имеет степень бакалавра в Прескотт-колледже и степень магистра в Норвичском университете. Питер помогает координировать юридические действия и кампании Центра, помогает в разработке организационной политики и стратегии и входит в руководящую группу Центра. До работы в Центре он работал исследователем дикой природы по контракту в Лесной службе США, Службе охраны рыбных ресурсов и дикой природы США и Департаменте охоты и рыболовства Аризоны. Давний активист-эколог, Питер также входит в совет директоров Фонда Бич Хилл и является членом группы научного надзора за проектом Global Owl.
Контактное лицо: Shelter Cove, CA, 707-986-2600, электронная почта Питера
Камилла Гетц, научный сотрудник , работает в программе гигиены окружающей среды и Институте климатического права. Ожидается, что она получит степень юриста в Калифорнийском университете, юридический колледж Гастингса, а также степень бакалавра городской экологической политики в Западном колледже. До прихода в Центр Камилла работала в различных некоммерческих организациях по борьбе с изменением климата и обеспечению экологической справедливости; оказывали прямые юридические медицинские услуги; и работал в экологическом историческом консалтинге.
Контакты: электронная почта Камилла
Скотт Гилман, директор по сбору средств в Интернете , работает в нашей команде разработчиков, занимаясь сбором средств по электронной почте и в цифровом формате. Прежде чем присоединиться к нам, он помогал другим некоммерческим организациям в разработке онлайн-стратегии; работал директором по онлайн-коммуникациям в Национальном центре обучения с ограниченными возможностями; и был помощником директора по Интернет-инициативам в том, что сейчас называется Еврейскими федерациями Северной Америки.
Он получил степень магистра в области медиа в Новой школе, степень бакалавра литературы в Колумбийском университете и степень бакалавра в области Талмуда в Еврейской теологической семинарии.Контактное лицо: Остин, Техас, 917.886.2770, электронная почта Скотта
J.W. Гласс, специалист по политике Агентства по охране окружающей среды , работает с нашими программами по связям с государственными органами и охране окружающей среды. До прихода в Центр J.W. работал клерком в Агентстве по охране окружающей среды и научным сотрудником в Программе права окружающей среды и землепользования Университета Флориды. Он имеет степень бакалавра английского языка и доктора юридических наук Университета Флориды с сертификатом в области экологического права и права землепользования.
Контактное лицо: Вашингтон, округ Колумбия, 813.833.5301, электронная почта J.W.
Эрик Глитценштейн, директор судебного отдела , курирует и координирует судебную стратегию Центра.
До прихода к нам он был соучредителем и управляющим партнером юридической фирмы Meyer & Glitzenstein в Вашингтоне, округ Колумбия. До этого он работал в Public Citizen Litigation Group. Он имеет степень доктора права юридического центра Джорджтаунского университета и степень бакалавра права. из Университета Джона Хопкинса.Контактное лицо: Вашингтон, округ Колумбия, 202.849.8401 доб. 109, электронная почта Эрик
Майя Голден-Краснер, заместитель директора по климату, старший прокурор , помогает управлять Институтом климатического права Центра. До прихода в Центр Майя была штатным поверенным организации «Сообщества за лучшую окружающую среду», где она выступала за экологическую справедливость в малообеспеченных цветных сообществах Калифорнии. Она также преподает право экологической справедливости в качестве адъюнкт-инструктора в Юридической школе Калифорнийского университета в Лос-Анджелесе. Майя имеет юридическое образование в Школе права Калифорнийского университета в Лос-Анджелесе, степень магистра истории окружающей среды и права США в Университете Висконсин-Мэдисон и степень бакалавра истории в Вашингтонском университете в Сиэтле.
Контактное лицо: Лос-Анджелес, Калифорния, 213.785.5402, электронная почта Maya
Бенджамин Голофф, старший участник кампании по борьбе с изменением климата , работает с Институтом климатического права, поддерживая сообщества и организации по всей стране, организуя преобразующие федеральные действия, чтобы положить конец эре ископаемых топлива, решать чрезвычайные климатические ситуации и добиваться экологической справедливости. Он получил степень магистра экологического управления в Оксфордском университете и изучал биологию, экологическую справедливость и климатическую политику в Суортмор-колледже.
Контактное лицо: Вашингтон, округ Колумбия, 917.828.0473, адрес электронной почты Benjamin
Twitter: @benjamingoloffСела Гудсон Белл, участник кампании Energy Justice , работает в программе Центра Energy Justice и поддерживает ее стремление к возобновляемой, справедливой и равноправной энергии в будущем.
До прихода в Центр Села работал научным сотрудником в Институте экологического права. Он также стал соучредителем возглавляемой студентами группы под названием Yale Environmental Education Collaborative, которая проводила уроки окружающей среды в школах Нью-Хейвена. Села выросла в Йоханнесбурге, Южная Африка, и имеет степень бакалавра экологических исследований Йельского университета.Контактное лицо: Вашингтон, округ Колумбия, электронная почта Selah
Ной Гринвальд, директор по охране исчезающих видов , руководит усилиями Центра по защите новых видов в соответствии с Законом об исчезающих видах, чтобы гарантировать, что находящиеся под угрозой исчезновения виды получают эффективную защиту и что у нас есть самые сильные виды, находящиеся под угрозой исчезновения. Закон о видах возможен. Он также работает над информированием общественности о важности защиты биоразнообразия и о множестве угроз для выживания дикой природы Северной Америки. Он имеет степень бакалавра наук в области экологии, полученную в Государственном колледже Эвергрин, и степень магистра в области экологии и сохранения лесов, полученную в Вашингтонском университете.
До прихода в Центр в 19В 97 году Ной работал полевым биологом, изучая северных пятнистых сов и мраморных пыжиков, а также кольцуя гавайских певчих птиц.Контактное лицо: Портленд, штат Орегон, 503.484.7495, электронная почта Noah
Twitter: @Noah_Ark_757Рене Гривуа, сотрудник по членству , работает с командой разработчиков над сбором средств для поддержки наших программ. До прихода в Центр Рене работала в отделе маркетинга в Провиденсской лиге спасения животных и журнале Провиденс. Она имеет степень бакалавра в области маркетинга Университета Джонсона и Уэльса.
Контактное лицо: Тусон, Аризона, 520.345.5714, электронная почта Рене
Уилл Харлан, штатный научный сотрудник и старший защитник охраны природы , работает в программе «Исчезающие виды». До прихода в Центр Уилл работал в Sierra Club, защищая леса и земли коренных народов. Он также написал национальный бестселлер Untamed: The Wildest Woman in America and the Fight for Cumberland Island, , а его работы были опубликованы в The New York Times и .
Национальный географический журнал . Он имеет степень магистра биологии Университета Клемсона и степень магистра английского языка Университета Эмори.Контактное лицо: Эшвилл, Северная Каролина 828.230.6818, электронная почта Will
Твиттер: @WillHarlanHumanБретт Хартл, директор по делам правительства, , координирует работу Центра по федеральным законодательным вопросам, касающимся исчезающих видов, общественных земель, океанов, климата и энергетики. Он имеет степень бакалавра Прескотт-колледжа в области природоохранной биологии и степень юриста Юридической школы Льюиса и Кларка. До поступления в юридический колледж Бретт провел пять лет в качестве полевого биолога, работая с вымирающими видами на северо-западе Гавайских островов, Кауаи и в Южной Калифорнии. До прихода в Центр Бретт работал в комитете Палаты представителей по природным ресурсам среди демократов и был старшим научным сотрудником Общества биологии сохранения.
Контактное лицо: Вашингтон, округ Колумбия, 202.
817.8121, электронная почта Бретт
Твиттер: @brett_hartlБилл Хаскинс, директор по информационным технологиям , отвечает за компьютерные системы Центра, управление сетями и веб-сайтами. Прежде чем присоединиться к нашим сотрудникам, он помог основать Экологический центр и Институт сохранения большого неба в Миссуле, штат Монтана, и провел предыдущее десятилетие, работая в области компьютерной географии и картографии. Он имеет степень бакалавра наук в области экологии и систематики Университета Небраски и степень магистра экологических исследований Университета Монтаны.
Контактное лицо: Сакраменто, Калифорния, 520.609.8334, электронная почта Bill
Скотт Хохберг, штатный прокурор , работает в Институте климатического права Центра над усилением защиты качества воздуха, стандартов эффективности автомобилей и программ электромобилей. Ранее он получил стипендию Skadden для запуска программы защиты прав рабочих в Community Legal Services в Восточном Пало-Альто, и его деятельность была сосредоточена на преодолении климатических и рабочих движений и разработке местной политики справедливого перехода.
Скотт имеет дипломы Гарвардской школы права и Брауновского университета.Контактное лицо: Тусон, Аризона, 520.623.5252, доб. 332, электронная почта Скотта
Макенна Хорн, координатор отдела кадров , поддерживает персонал Центра по работе с персоналом. До прихода в Центр Макенна работала специалистом по кадрам в Buffalo Exchange. Она имеет степень бакалавра гуманитарных наук Университета Северной Аризоны.
Контактное лицо: Tucson, AZ, 520.623.5252, электронная почта Makennah
Майкл Хадсон, главный операционный директор, работает над предоставлением услуг, которые повысят эффективность операций Центра и помогут организации более эффективно выполнять свою миссию. . Майкл присоединился к нам с более чем 20-летним опытом работы на руководящих должностях в области финансового и операционного управления, 17 из которых в некоммерческом экологическом секторе (в Пенсильванском экологическом совете, Inc. и Фонде Закона о сохранении, Inc.
). Он имеет степень бакалавра делового администрирования (бухгалтерский учет) Государственного университета Фейетвилля и степень магистра менеджмента Кембриджского колледжа.Контактное лицо: Тусон, Аризона, 520.623.5252, доб. 332, электронная почта Майкла
Каруна Джаггар, директор климатической кампании , проводит стратегические кампании по общественному давлению на низовом уровне, чтобы добиться структурных изменений, необходимых для продвижения климатической и энергетической справедливости. До прихода в Центр Каруна в течение десяти лет работала исполнительным директором независимой организации по контролю за справедливостью в области здравоохранения. Действия по борьбе с раком молочной железы. Первую половину своей карьеры она провела, работая над экономической и расовой справедливостью, в том числе в качестве исполнительного директора Инициативы женщин по самостоятельной занятости в Ист-Бэй. Она имеет степень магистра экономической и политической географии Калифорнийского университета в Беркли и степень бакалавра Смит-колледжа.
Каруна также является выпускницей LeaderSpring и Института политики доктора Беатрис Марии Солиз.Контактное лицо: Окленд, Калифорния, электронная почта Karuna
Твиттер: @karunajaggarЭмили Джефферс, штатный прокурор, , работает в программе Центра «Океаны». Эмили окончила юридический факультет Калифорнийского университета в Беркли и получила степень бакалавра биологии в Йельском университете. До прихода в Центр Эмили работала клерком у достопочтенного Грегори Дж. Хоббса-младшего в Верховном суде Колорадо и работала биологом дикой природы в Калифорнии и Айдахо.
Контактное лицо: Окленд, Калифорния, 510-844-7100 доб. 309, электронная почта Эмили
Лиз Джонс, штатный прокурор, работает в Институте климатического права. До прихода в Центр Лиз была юристом в Los Angeles Waterkeeper и Южном центре экологического права. Лиз имеет юридическое образование Стэнфордской школы права, степень магистра экологических ресурсов Стэнфордского университета и степень бакалавра колледжа Вассар.
Контактное лицо: Лос-Анджелес, Калифорния, 213.785.5400, электронная почта Лиз
Натали Джонс, специалист по СМИ , занимается связями со СМИ и коммуникациями для программ Центра «Океаны» и «Международные». Ранее она много лет работала внештатным репортером и аудиопродюсером. Она имеет степень магистра Высшей школы журналистики Калифорнийского университета в Беркли и степень бакалавра экологических исследований Колледжа Скриппса в Клермонте, Калифорния.
Контактное лицо: Окленд, Калифорния, 510.418.0179, электронная почта Натали
Дипика Кадаба, ученый-эколог и специалист по связям с общественностью , — эколог, работающий с визуализацией данных для обсуждения вопросов науки об окружающей среде в рамках программ Центра. Она начала свою карьеру в качестве ветеринара, занимающегося эпидемиологией окружающей среды, изучала охрану окружающей среды в рамках программы Duke Master of Environmental Management, а теперь использует технологии и дизайн для междисциплинарного общения.
Контактное лицо: Тусон, Аризона, 512.217.1681, электронная почта Дипика
Твиттер: @DipikaKadabaКриста Кемппинен, старший научный сотрудник, 9 лет1849 г. работает над сохранением видов в рамках программы «Исчезающие виды». До прихода в Центр она работала в Университете штата Аризона, руководя переоценкой мировых рифообразующих кораллов, тунцов и морских рыб для МСОП в координации с учеными всего мира, а сейчас занимает эту должность по совместительству. Криста также провела два года, работая с ASU и Conservation International в основном над сохранением наземного биоразнообразия и экосистемных услуг. Она имеет докторскую степень. в климатологии и степень бакалавра Кембриджского университета.
Контактное лицо: Тусон, Аризона, электронная почта Криста
Кэтрин Килдафф, старший прокурор , работает в программе Центра по защите морских видов и экосистем. Кэтрин получила юридическое образование в Университете Вирджинии, степень магистра естественных наук в Институте морских наук Вирджинии Колледжа Уильяма и Мэри и степень бакалавра экологии и эволюционной биологии в Дартмутском колледже.
Прежде чем стать адвокатом, Кэтрин работала законодательным сотрудником в Комитете по ресурсам Палаты представителей США, Подкомитете по рыболовству, дикой природе и океанам.Контактное лицо: Норфолк, Вирджиния, 202.780.8862, электронная почта Кэтрин
Кэй Кинг, сотрудник по членству , занимается управлением базами данных для программы членства Центра. До прихода в Центр она была администратором маркетинговой базы данных SWCA Environmental Consultants в Фениксе. Она имеет степень бакалавра экологических исследований Университета Редлендс в Калифорнии.
Контактное лицо: Тусон, Аризона, 520.623.5252 доб. 325, электронная почта Кей
Бекки Кирк, заместитель ИТ-директора по программному обеспечению и данным , занимается планированием и разработкой приложений, позволяющих персоналу и общественности получать доступ к контенту, созданному Центром, в дополнение к другим ИТ-задачам, таким как создание веб-интерфейсов для обмена данными.
и помощь с компьютерными системами. Она имеет степень бакалавра компьютерных наук Университета Аризоны. До прихода в Центр она жила в Орегоне в течение 22 лет, работая в области ИТ в Intel и Департаменте качества окружающей среды штата Орегон, где она курировала технологические проекты и занималась веб-программированием и администрированием баз данных. Она также работала волонтером в нескольких некоммерческих организациях, занимающихся в первую очередь проблемами животных и окружающей среды.Контактное лицо: Тусон, Аризона, 520.623.5252, электронная почта Бекки
Блейк Копчо, старший активист программы Oceans , работает в программе Oceans, разрабатывая и проводя кампании по защите морской жизни и прибрежных сообществ от пластикового загрязнения и морской нефти и газа разработка. До прихода в Центр Блейк руководил массовыми кампаниями по защите интересов отказа от одноразового пластика на местном, государственном и федеральном уровне. Он имеет степень магистра естественных наук Оклендского университета, Новая Зеландия, и степень бакалавра водной биологии Калифорнийского университета в Санта-Барбаре.
Контактное лицо: Санта-Барбара, Калифорния, 805.708.3435, электронная почта Блейка
КрисЭнн Коукс, сотрудник по развитию операций , поддерживает главного директора по развитию и директора по членству и обеспечивает административную поддержку грантов. До прихода в Центр КрисЭнн была помощником исполнительного директора в Центре дикой природы Тусона и работала в местной студии портретной фотографии. Она имеет степень бакалавра из Аризонского университета.
Контактное лицо: Тусон, Аризона, 520.237.2129, электронная почта KrisAnn
Кибела Ноулз, заместитель директора по цифровым технологиям , помогает руководить цифровой стратегией и коммуникациями Центра. До прихода в Центр она работала в Pixar Animation Studios и Центре поэзии Университета Аризоны, а также в других местах. Она имеет степень магистра искусств в области писательского мастерства в Университете Аризоны и степень магистра английской литературы в Калифорнийском университете.
Беркли.Контактное лицо: Тусон, Аризона, 520.623.5252 доб. 324, электронная почта Cybele
Холлин Крецманн, старший прокурор г., помогает Институту климатического права Центра отстаивать действия, которые смягчят последствия изменения климата. Прежде чем присоединиться к Центру, Холлин работал с Советом по чистому воздуху Пенсильвании, выступая за поддержание чистоты воздуха посредством судебных разбирательств и государственного надзора. Холлин имеет степень бакалавра государственного управления Гарвардского университета и степень доктора права юридического факультета Чикагского университета.
Контактное лицо: Окленд, Калифорния, 510-844-7100 доб. 333, электронная почта Hollin
Гай Куаву, директор по административным и финансовым вопросам , работает с отделом бухгалтерского учета, чтобы обеспечить точность бухгалтерских книг Центра и полное соответствие общепринятым принципам бухгалтерского учета в США. Гай присоединился к Центру с многолетним опытом работы в сфере финансов и операций в стране и за рубежом, прежде всего в других некоммерческих организациях.
Он имеет степень магистра делового администрирования (финансы) и степень MBA в области глобального управления.Контактное лицо: Тусон, Аризона, 520.623.5252 доб. 309, электронная почта Гай
Аарон Канклер, специалист по СМИ г., работает в команде СМИ, помогая освещать работу программ по сохранению хищников и исчезающих видов. До прихода в Центр Аарон семь лет работал репортером в нескольких газетах штата Вашингтон. Он имеет степень бакалавра журналистики и политологии Центрального университета Вашингтона.
Контактное лицо: Сиэтл, Вашингтон, 206.949.5353, электронная почта Аарон
Твиттер: @aaronkunkler1Стефани Куросе, старший специалист по политике в отношении исчезающих видов, 9 лет1849 анализирует и реагирует на законодательство Конгресса и усилия федерального агентства, направленные на ослабление Закона об исчезающих видах и защите дикой природы. Она получила юридическое образование в Вашингтонском юридическом колледже Американского университета со специализацией в области экологического права, а также степень магистра глобальной экологической политики в Школе международной службы Американского университета.
До своей нынешней должности специалиста по политике она была научным сотрудником Центра. Она также была клерком в Western Resource Advocates в Боулдере и научным сотрудником Специального докладчика ООН по правам человека и опасным веществам.Контактное лицо: Вашингтон, округ Колумбия, 202-849-8401 доб. 103, эл. почта Стефани
Халли Кутак, штатный поверенный и старший адвокат по вопросам охраны природы , работает в программе Центра «Городские дикие земли» по защите среды обитания, видов и здоровья населения. Она занимается развитием складов и логистики во Внутренней Империи Калифорнии и пустынных регионах, а также специальными проектами, направленными на защиту биоразнообразия Калифорнии. До прихода в Центр Холли работала заместителем генерального прокурора в Министерстве юстиции Калифорнии, где она выступала против небезопасной застройки на границе между дикой местностью и городом, боролась с федеральными откатами и охраняла доступ общественности к побережью. Она получила юридическое образование в Калифорнийском университете в Лос-Анджелесе и степень бакалавра в Калифорнийском университете в Беркли.
Контактное лицо: Лос-Анджелес, Калифорния, 510-844-7100 доб. 317, электронная почта Халли
Скотт Лейк, Штатный прокурор штата Невада , работает в программах «Вымирающие виды и общественные земли», уделяя особое внимание вопросам, затрагивающим Неваду. До прихода в Центр Скотт работал директором проекта Western Watersheds в штате Айдахо и судебным клерком в Верховном суде Аляски. Он имеет степень бакалавра английского языка Колледжа Айдахо, степень магистра экологического права и политики Юридической школы Вермонта и степень юриста Юридической школы Вермонта.
Контактное лицо: Рино, Невада, 802.299.7495, электронная почта Скотта
Тео ЛеКвесн, организатор климата , работает с Институтом климатического права, чтобы поддержать передовые усилия сообщества по сохранению ископаемого топлива в земле и продвижению справедливого перехода к чистой энергии. . До прихода в Центр он участвовал в двух успешных кампаниях по отказу от ископаемого топлива (UC и Fossil Free Warwick) в кампусе, а совсем недавно работал с 350 Santa Barbara над разработкой стратегий справедливого перехода и остановкой расширения бурения нефтяных скважин в Округ Санта-Барбара.
Он имеет докторскую степень в области глобальных исследований Калифорнийского университета в Санта-Барбаре.Контактное лицо: Окленд, Калифорния, 510.844.7100, электронная почта Тео
Твиттер: @theolequesneВенди Леунг, старший специалист по СМИ , помогает координировать отношения со СМИ и стратегию для программ Urban Wildlands и Government Affairs. До прихода в Центр Венди два десятилетия проработала репортером в газетах Южной Калифорнии. Она имеет степень бакалавра литературы Калифорнийского университета в Санта-Круз и степень магистра Высшей школы журналистики Колумбийского университета.
Контактное лицо: Лос-Анджелес, Калифорния, 818.625.3128, электронная почта Венди
Твиттер: @Leung__WendyРоджер Лин, старший прокурор , работает в программе Energy Justice Центра, выступая за справедливое будущее экологически чистой энергии. До прихода в Центр он работал с организациями экологической справедливости по всей Калифорнии и участвовал в судебных процессах в области экологической справедливости и гражданских прав.
Он является автором книги «Экологическая справедливость: закон, политика и положение 9».2810 и входит в Консультативную группу по работе с малообеспеченными сообществами Калифорнии. Роджер получил юридическое образование в Школе права Университета Золотых Ворот и степень бакалавра в Стэнфордском университете.Контактное лицо: Окленд, Калифорния, электронная почта Роджер
Тара Лохан, заместитель редактора The Revelator , пишет и редактирует статьи и помогает увеличить число читателей The Revelator . Она более десяти лет проработала цифровым редактором и журналистом-экологом, занимаясь вопросами пересечения энергии, воды и климата. Ее работы были опубликованы The Nation , American Prospect , High Country News и другие издания, а также она является редактором двух книг о глобальном водном кризисе. Она имеет степень бакалавра колледжа Миддлбери в области экологических исследований и написания документальной литературы, а также степень магистра повествовательной документальной литературы в Школе журналистики Орегонского университета.
Контактное лицо: Сан-Франциско, Калифорния, 415.800.4088, электронная почта Тара
Твиттер: @TaraLohanПауло Лопес, старший специалист по государственной земельной политике г., работает в офисе Центра в округе Колумбия, помогая в юридических, политических и коалиционных усилиях. До прихода в Центр он работал в Global Witness, Институте экологического права и Центре международного экологического права. Он имеет юридическое образование и степень магистра государственной политики Американского университета, а также степень бакалавра делового администрирования в области финансов Техасского университета в Остине.
Контактное лицо: Вашингтон, округ Колумбия, 202-849-8401 доб. 105, электронная почта Пауло
Мелисса Лундхольм, менеджер по эксплуатации и эксплуатации г., является административным ресурсом штаб-квартиры в Тусоне. До прихода в Центр Мелисса работала помощником руководителя в Unitek Learning. Мелисса имеет опыт работы в области управления персоналом и управления; она изучала антропологию и женские исследования в Аризонском университете.
Контактное лицо: Тусон, Аризона, 520.668.9901, электронная почта Мелисса
Гретхен Майс, директор по членству , ведет кампании по членству, управляет усилиями Центра по связям с донорами и поддерживает Лидерский круг. До прихода к нам она работала старшим директором по развитию в American Farmland Trust, где руководила отделами развития и членства, контролируя бюджетирование доходов и расходов, администрирование баз данных, прямое реагирование, исследования доноров и управление. Она имеет степень бакалавра Прескоттского колледжа, а также степень магистра гуманитарных наук с упором на социальную и экологическую этику потребления продуктов питания.
Контактное лицо: Тусон, Аризона, 520.623.5252 доб. 333, электронная почта Гретхен
Джаред Марголис, старший прокурор , работает над кампанией Центра «Энергия и исчезающие виды». Он получил степень бакалавра. получил степень магистра географии в Университете Колгейт и получил степень магистра экологических исследований в Университете Брауна, прежде чем поступить в юридическую школу Вермонта.
Джаред представлял некоммерческие и гражданские группы, работающие над защитой окружающей среды; он бросал вызов крупномасштабным разработкам, включая атомные электростанции, и преподавал экологическое право в Университете Вермонта. Он продолжает преподавать по совместительству в Орегонском университете.Контактное лицо: Портленд, штат Орегон, 802.310.4054, электронная почта Джаред
Эрик Матчетт, разработчик SQL , специализируется на анализе данных и визуализации в ИТ-отделе Центра. До прихода в Центр Эрик работал с базами данных и отчетами в сфере высшего образования, в том числе в муниципальном колледже Пима в Аризоне, муниципальном колледже Клакамас и колледже Льюиса и Кларка в Орегоне. Он получил степень бакалавра в Гриннелл-колледже, а также изучал музыку в Государственном университете Тоусона.
Контактное лицо: Тусон, Аризона, 520.623.5252, электронная почта Эрика
Тейлор Маккиннон, старший защитник общественных земель , работает над защитой общественных земель и находящихся под угрозой исчезновения видов на западе Соединенных Штатов.
Выдвигая множество вопросов, он сосредотачивается на сдерживании разработки ископаемого топлива на государственных землях. Ветеран кампании, Тейлор начал работать в Центре в 2007 году и ранее работал в Grand Canyon Trust, а также в советах и комиссиях на региональном и национальном уровнях. Он имеет степень бакалавра Прескотт-колледжа.Контактное лицо: Флагстафф, Аризона, 801.300.2414, электронная почта Тейлор
Твиттер: @publiccarbonРасс МакСпадден, юго-западный адвокат по охране природы , работает над защитой общественных земель — и диких животных, которые называют их домом — в Аризоне и на остальной части юго-запада. До того, как присоединиться к Центру в 2012 году, Расс занимался массовой экологической активностью. Он имеет степень магистра истории окружающей среды Атлантического университета Флориды.
Контактное лицо: Тусон, Аризона, 520.623.5252 доб. 329, эл. Он недавно переехал в Тусон из пригорода Чикаго. В Иллинойсе он руководил небольшой сельскохозяйственной некоммерческой организацией и вызвался содействовать работе по защите интересов Группы научной политики в Университете Иллинойса.
Джо получил степень бакалавра в области управления сельским хозяйством, специализируясь на политике, в Университете Иллинойса, Урбана-Шампейн.Контактное лицо: Тусон, Аризона, 520.867.6658, электронная почта Джо
Эллисон Мелтон, старший прокурор , занимается противодействием нападениям на общественные земли. Она работала в High Country Conservation Advocates, прежде чем присоединиться к Центру, защищая общественные земли округа Ганнисон от добычи полезных ископаемых, фрекинга, лесозаготовок и неустойчивого использования внедорожников. Она также работала в области законодательства об энергетике и охране окружающей среды, представляя клиентов в делах, связанных с Законом о свободе информации и Законом о национальной экологической политике; она имеет юридическое образование в Университете Колорадо.
Контактное лицо: Crested Butte, CO, 970.309.2008, электронная почта Эллисон
Гвинет Мернер, старший специалист по развитию , работает с группами по связям с членами и донорами для поощрения благотворительной деятельности.
До прихода в Центр Гвинет работала помощником директора по связям с донорами и управлению в колледже Маунт-Холиок. Она также обучала творческому письму студентов колледжей, молодых родителей, сдающих экзамены на соответствие требованиям средней школы, и женщин-заключенных. Она имеет степень магистра художественной литературы Вашингтонского университета в Сент-Луисе и степень бакалавра Хэмпширского колледжа.Контактное лицо: Тусон, Аризона, 520.345.5712, электронная почта Гвинет
Джин Мерриган, старший помощник юриста и специалист по исследованиям , работает с программой Центра по гигиене окружающей среды. В течение последних нескольких лет она представляла некоммерческую организацию Women’s Energy Matters в работе Калифорнийской комиссии по коммунальным предприятиям, выступая за политику устойчивой энергетики и вывод из эксплуатации атомной электростанции Diablo Canyon. Джин имеет опыт работы в судебных процессах, а также снималась в документальном кино.
Контактное лицо: Окленд, Калифорния, 510-844-7151 доб.
319, электронная почта ДжинДжефф Миллер, старший адвокат по охране природы, , пишет материалы для прессы и информационно-просветительские материалы по вопросам исчезающих видов, работает над петициями о включении в список исчезающих видов, а также занимается организацией сообщества и работой со СМИ для многочисленных кампаний Центра, от защиты кондоров до пестицидов. сведение к проблемам разрастания городов в районе залива. Джефф также был директором Alameda Creek Alliance с 1997 года, а в 2007 и 2009 годахполучил награду «Прыгающая стальная голова» за свои усилия по восстановлению популяций рыб и водных экосистем Аламеда-Крик и Калифорнии.
Контактное лицо: Сан-Франциско, Калифорния, 510.499.9185, электронная почта Джеффа
Лидия Миллет, главный редактор, , редактирует и пишет ряд материалов для прессы и информационно-просветительских материалов для Центра. Она имеет степень магистра экологической политики Университета Дьюка и работала в NRDC в Нью-Йорке, прежде чем присоединиться к Центру в 1999 году.
Она также является писателем-фантастом, чьи работы часто затрагивают темы отношений человека и животных, вымирания и изменения климата. Ее три последние книги — Детская Библия (2020 г.), Нет больше борьбы (2018 г.) и Sweet Lamb of Heaven (2016 г.).Контактное лицо: Тусон, Аризона, электронная почта Лидии
Анна Мироча, редактор отдела цифровых коммуникаций, , редактирует электронные информационные бюллетени Центра; работает над поддержанием и привлечением трафика на веб-сайты Центра; и помогает писать, корректировать и редактировать оповещения о действиях и другие сообщения. Анна уроженка Тусона и имеет степень бакалавра английского языка в Reed College; до прихода в Центр она работала в некоммерческой организации, которая позволяла авторам обучать творческому письму молодежь американских индейцев Южной Аризоны.
Контактное лицо: Тусон, Аризона, 520.623.5252 доб. 306, эл. Она возглавляет инициативы программы «Население и устойчивость» в рамках программы «Диета, благоприятная для Земли», связанные с промышленным животноводством, перенаселением и чрезмерным потреблением, а также влиянием наших продовольственных систем на дикую природу и планету.
Прежде чем присоединиться к Центру в 2015 году, она работала над рядом кампаний, посвященных еде, дикой природе и окружающей среде, в качестве штатного сотрудника Фонда правовой защиты животных; она имеет докторскую степень. из Университета Нотр-Дам и много лет преподавал в качестве профессора в Университете штата Канзас и Университете штата Сан-Франциско.Контактное лицо: Mount Shasta, CA, электронная почта Дженнифер
Твиттер: @JenniferMolidorКристен Монселл, Директор по судебным разбирательствам программы Oceans, старший прокурор , работает с программой Oceans Центра по защите морских видов и их среды обитания. До прихода в Центр Кристен работала помощником генерального прокурора в отделе природных ресурсов Министерства юстиции штата Орегон и штатным юристом в Обществе защиты животных США в Вашингтоне, округ Колумбия. Школа и степень бакалавра Университета Святого Лаврентия.
Контактное лицо: Окленд, Калифорния, 510-844-7100 доб.
337, электронная почта КристенМолли Морабито, организатор климата , работает с Институтом климатического права, чтобы поддержать сообщества, мобилизующиеся для справедливого отказа от ископаемого топлива. До прихода в Центр она работала в сфере защиты экологической справедливости и исследований в области экологически чистой энергии. Она имеет степень магистра наук в области экологической политики и регулирования Лондонской школы экономики и степень бакалавра в области коммуникаций, права, экономики и управления Американского университета.
Контактное лицо: электронная почта Молли
Брайан Новицки, старший адвокат по общественным землям, , живет в Сакраменто, где он работает в Институте климатического права Центра по вопросам, связанным с климатом в Калифорнии, таким как ископаемое топливо, выбросы углерода, устойчивость к изменению климата, леса и Огонь. Брайан получил степень магистра наук в области лесного хозяйства в Университете Северной Аризоны, прежде чем присоединиться к Центру в 2002 году, где он сначала работал в Тусоне, штат Аризона, в качестве биолога по сохранению для наших кампаний по национальной политике в отношении лесов и федеральной политики в отношении исчезающих видов.
Контактное лицо: Сакраменто, Калифорния, 916.201.6938, электронная почта Брайана
Алекс Оливера, старший представитель в Мексике , работает над сохранением дикой природы Мексики, в том числе находящихся под угрозой исчезновения морских свиней вакита и морских черепах. Он морской биолог из Университета Южной Нижней Калифорнии и имеет степень магистра в области использования, управления и сохранения природных ресурсов, а также диплом в области экологического права. Он приходит в Центр после многих лет работы в Мексиканском центре экологического права (Cemda) и Greenpeace México.
Контактное лицо: Ла-Пас, Мексика, электронная почта Алекс
Уитни Палмер, помощник юриста , , работает с юристами Центра в стратегических судебных процессах. До прихода в Центр в 2019 году Уитни работала секретарем по уголовным делам и законам о травмах в Сандпойнте, штат Айдахо. Она имеет степень бакалавра Орегонского университета.
Контактное лицо: Sandpoint, ID, электронная почта Whitney
Стефани Пэрент, старший юрисконсульт , работает в программе Центра по гигиене окружающей среды.
До того, как присоединиться к нам, она была старшим помощником генерального прокурора в Министерстве юстиции штата Орегон, а до этого она работала управляющим адвокатом и клиническим профессором в клинике экологических судебных процессов в юридической школе Льюиса и Кларка. Она также работала судебным поверенным в Отделе окружающей среды и природных ресурсов Министерства юстиции США и почетным поверенным в Министерстве сельского хозяйства США. Она имеет юридическое образование от Lewis & Clark и степень бакалавра наук от Университета Висконсин-Мэдисон.Контактное лицо: Портленд, штат Орегон, 971.717.6404, электронная почта Стефани
Венди Парк, старший прокурор , работает над ограничением добычи ископаемого топлива на государственных землях Америки. До прихода в Центр Венди была поверенным в офисе Earthjustice в Сан-Франциско, где она вела судебные тяжбы по широкому кругу дел штата и федерального уровня, включая дела о прекращении урбанизации озера Тахо, защите находящихся под угрозой исчезновения кижуча и ограничении загрязнения воздуха нефтеперерабатывающими заводами.
Венди также была научным сотрудником ACLU штата Иллинойс, где занималась вопросами подотчетности полиции и национальной безопасности. Она работала клерком у достопочтенного Джорджа П. Казена в Южном округе Техаса и получила степень юриста в Школе права Техасского университета.Контактное лицо: Окленд, Калифорния, 510-844-7100, доб. 338, электронная почта Венди
Энди Паркер, старший специалист по СМИ, , помогает координировать, производить и контролировать работу Центра со средствами массовой информации и коммуникациями в области гигиены окружающей среды. В течение 20-летней журналистской карьеры он работал репортером, редактором и обозревателем, а также преподавал писательское мастерство и журналистику в нескольких колледжах. До прихода в Центр он был обозревателем в The Oregonian в Портленде. Он имеет степень бакалавра истории Колледжа Уильяма и Мэри.
Контактное лицо: Портленд, штат Орегон, 503.310.5569, электронная почта Энди
Лорен А.
Паркер, штатный прокурор , работает в Институте климатического права. До прихода в Центр она была помощником юриста в Министерстве юстиции США. Она имеет степень бакалавра наук в области сельскохозяйственного образования в Университете штата Северная Каролина A&T и степень юриста в Школе права Центрального университета Северной Каролины.Контактное лицо: Вашингтон, округ Колумбия, электронная почта Лорен
Ниши Перкинсон, старший специалист по СМИ, помогает продвигать Институт климатического права Центра. До прихода в Центр она была продюсером новостей на MSNBC, CNN и других каналах. Она также работала в социальных сетях в Мехико и редактировала англоязычную Viet Nam News в Ханое. Она имеет степень бакалавра американистики Колорадского университета в Боулдере и степень магистра творческого письма Городского колледжа Нью-Йорка.
Контакт: 718.928.5148, электронная почта Нышие
Твиттер: @thatnyshieДжейсон Пфайфл, старший участник климатической кампании , работает с Институтом климатического права над борьбой с загрязнением от добычи нефти и газа.
До прихода в Центр он руководил информационно-пропагандистской и политической работой CALPIRG по вопросам общественного здравоохранения, таким как удаление свинца из школьной питьевой воды и прекращение чрезмерного использования антибиотиков на промышленных фермах. Он имеет степень доктора политических наук Калифорнийского университета в Санта-Барбаре.Контактное лицо: Окленд, Калифорния, 510-844-7100 доб. 313, напишите Джейсону
Макс Филлипс, гавайский директор, штатный прокурор , руководит гавайской программой Центра. До прихода в Центр Макс был советником по вопросам политики и юристом в Сенате штата Гавайи, а также управляющим директором Mālama Pūpūkea-Waimea, добровольной некоммерческой организации, созданной для пополнения, поддержания и защиты природных и культурных ресурсов Pūpūkea Marine. Район сохранения жизни на северном берегу Оаху. Она имеет степень бакалавра Калифорнийского университета в Сан-Диего и юридическую степень Юридической школы Уильяма С.
Ричардсона, которую она закончила с отличием, получив сертификаты в области экологического права и гавайского права.Контактное лицо: Гонолулу, Гавайи, 808.284.0007, электронная почта Maxx
Джон Платт, редактор The Revelator, , имеет более чем десятилетний опыт работы журналистом-экологом, освещающим такие темы, как исчезающие виды, изменение климата и возобновляемые источники энергии. Он приносит эту историю и точку зрения на сайт Центра новостей и идей The Revelator. В 2012 году его произведения получили награду IFAW Animal Action Award и были номинированы на несколько других наград. В дополнение к его журналистике художественная литература, поэзия, эссе и комиксы Джона публиковались в журналах и антологиях по всему миру.
Контактное лицо: Портленд, штат Орегон, 503.928.7528, электронная почта John
Twitter: @johnrplattЭми Плоппер, старший специалист по развитию, оказывает поддержку в решении операционных и аналитических задач, связанных с членством, а также поддерживает членов нашего круга лидеров.
Она имеет степень магистра классической археологии Университета Аризоны, а до прихода в Центр работала волонтером службы AmeriCorps на образовательной ферме и в группе разработчиков детского музея.Контактное лицо: Тусон, Аризона, 520.623.5252 доб. 311, электронная почта Эми
Аруна Прабхала, директор городских диких земель, старший прокурор , работает над защитой среды обитания исчезающих видов и ограничением расползания. За свою работу против Newhall Ranch, предполагаемого мегастроительства в Южной Калифорнии, Аруна вместе с другими адвокатами Центра получила награду «Калифорнийский юрист-адвокат года». Она окончила юридический факультет Мичиганского университета и получила двойную специальность в области биологии и журналистики на бакалавриате Бостонского университета. Прежде чем стать поверенным, она работала в Вашингтоне, округ Колумбия, над вопросами науки и политики.
Контактное лицо: Окленд, Калифорния, 510-844-7100 доб. 322, электронная почта Aruna
Хизер Раух, начальник штаба, работает в офисе в Тусоне, чтобы поддерживать исполнительного директора.
Хизер имеет опыт управления природоохранными и избирательными кампаниями, в основном на Аляске. Она имеет степень бакалавра социологии Виттенбергского университета.Контактное лицо: Тусон, Аризона, 520.433.1091, эл.2356 — административный ресурс офиса в Портленде. Крис имеет опыт работы в области технологий и делопроизводства, а также имеет степень бакалавра английского языка Университета Южного Орегона.
Контактное лицо: Портленд, штат Орегон, 503.283.5474 доб. 408, электронная почта Крис
Фрэнсис Тинни, научный сотрудник по правовым вопросам , , работает с юристами Центра в программе Urban Wildlands. Окончила Городской колледж Нью-Йорка и Стэнфордскую юридическую школу. До окончания юридического факультета Фрэнсис служила в Корпусе мира в Никарагуа и в Корпусе охраны природы в Аризоне.
Контактное лицо: Окленд, Калифорния, 509.432.9256, электронная почта Фрэнсис
Куинн Рид, директор по политике штата Орегон , работает над защитой и восстановлением исчезающих видов и ландшафтов Орегона.
До прихода в Центр Куинн работал директором программы Северо-Запада в организации «Защитники дикой природы». Она имеет степень бакалавра политических наук Вашингтонского университета и степень юриста юридического факультета Университета Сан-Диего.Контактное лицо: Портленд, штат Орегон, электронная почта Куинн
Сильвия Риган, помощник юриста , работает в Институте климатического права. До прихода в Центр Сильвия работала ассистентом по судебным проектам в международной юридической фирме. Она имеет степень бакалавра в области гендерных и сексуальных исследований Северо-Западного университета.
Контактное лицо: Окленд, Калифорния, электронная почта Сильвия
Элизабет Рид-Вейнскоут, активистка , работает в программе Центра «Городские дикие земли» по защите природных ресурсов исчезающих видов и членов сообщества путем ограничения застройки. Ее работа включает в себя кампании по связям с дикой природой, водными ресурсами и разрушительной политикой землепользования.
До прихода в Центр Элизабет работала старшим исследователем и аналитиком по вопросам политики в организации Калифорнийского университета в Лос-Анджелесе по устойчивому развитию в Лос-Анджелесе, а также была сотрудником Управления устойчивого развития мэра Лос-Анджелеса. Она имеет степень бакалавра экологических систем Калифорнийского университета в Сан-Диего, а также степень магистра экологии и эволюционной биологии Калифорнийского университета в Лос-Анджелесе.Контактное лицо: Лос-Анджелес, Калифорния, 831.428.3312, эл. почта Элизабет
Мэри К. Рейнхарт, заместитель директора программы для СМИ , помогает проводить и координировать работу Центра со СМИ и коммуникациями на общественных землях, включая приграничные районы. В течение 25-летней журналистской карьеры она работала репортером, редактором и обозревателем в Аризоне и была соучредителем онлайн-службы новостей, освещавшей политику и политику штата. До того, как присоединиться к нам, она была директором по коммуникациям в некоммерческой организации по охране психического здоровья.
Она имеет степень бакалавра журналистики Университета штата Аризона.Контактное лицо: Феникс, Аризона, 602.320.7309, электронная почта Мэри К.
Twitter: @marykreinhart
София Ресслер, штатный прокурор , занимается защитой волков, медведей, косаток и других находящихся под угрозой исчезновения или преследуемых диких животных. София училась в Университете Колгейт, где она специализировалась на испанском языке и географии, и на юридическом факультете Пейс, где она получила степень доктора права с сертификатом в области экологического права. До прихода в Центр она участвовала в судебных процессах по Закону о чистой воде в качестве штатного юриста компании Puget Soundkeeper и работала в соответствии с Законом о загрязнении нефтью в деле Deepwater Horizon в Plauche & Carr LLP.
Контактное лицо: Сиэтл, штат Вашингтон, 206.399.4004, электронная почта Софии
Тереза Реттингхаус, помощник юриста , работает в программе Urban Wildlands по сохранению среды обитания для видов с особым статусом.
Она получила сертификат помощника юриста в Калифорнийском государственном университете в Ист-Бэй и степень бакалавра зоологии в Государственном университете Сономы. Она также работает волонтером, помогая Службе охраны рыбных ресурсов и дикой природы США сохранять колонию калифорнийских наименьших крачек в Аламеде.Контактное лицо: Окленд, Калифорния, 510-844-7100 доб. 320, электронная почта Тереза
Линда Рико, специалист по связям с общественностью , занимается социальными сетями, веб-сайтом и графическим дизайном программы «Население и устойчивость». Она окончила Гавайский Тихоокеанский университет со степенью бакалавра в области визуальных коммуникаций, по специальности «международные исследования». До прихода в Центр она работала в некоммерческом секторе, занимаясь цифровыми медиа, маркетингом и коммуникациями, а также внештатным консалтингом в области мультимедиа.
Контактное лицо: Тусон, Аризона, 520.623.5252 доб. 304, напишите Линде
Марк Рифкин, старший специалист по политике в области продовольствия и сельского хозяйства , работает в программе Центра «Население и устойчивость» для продвижения устойчивого питания с помощью политики и адвокации.
Он имеет степень магистра в области санитарного просвещения и является зарегистрированным диетологом, специализирующимся на растительных диетах и их значении для устойчивости, политики и здоровья, а также их практическом применении. До прихода в Центр Марк работал над политикой в области питания в Академии питания и диетологии и консультировал по вопросам питания. Он также провел 15 лет, работая в местной области гигиены окружающей среды.Контактное лицо: Балтимор, штат Мэриленд, электронная почта Марк
Майкл Робинсон, старший адвокат по охране природы , занимается защитой и восстановлением высших хищников, таких как мексиканские серые волки и ягуары. Он был связан с Центром с момента нашего основания и присоединился к персоналу в 1997 году. Майкл имеет степень магистра литературы Университета Колорадо в Боулдере и степень бакалавра – Техасского университета в Остине; он также является автором получившей хорошие отзывы книги по истории волков в Соединенных Штатах под названием Хищная бюрократия: истребление волков и трансформация Запада (Университетское издательство Колорадо, 2005).
Контактное лицо: Силвер-Сити, Нью-Мексико, 575.313.7017, электронная почта Майкла
Дж. П. Роуз, директор по политике городских диких земель и старший прокурор , работает в рамках программы Центра городских диких земель для защиты среды обитания исчезающих видов путем ограничения их расползания. В сферу его интересов входит защита реки Утом (Санта-Клара) и видов, обитающих в ее водоразделе. До того, как присоединиться к Центру, он практиковал право землепользования в общественных интересах в фирме в округе Ориндж, где успешно боролся с расширением мусороперегрузочного предприятия под открытым небом в районе с низким доходом. JP имеет степень бакалавра английского языка с упором на постколониальную литературу, а также степень юриста в Университете Санта-Клары.
Контактное лицо: Лос-Анджелес, Калифорния, 213.785.5406, электронная почта J.P.
Генри Т. Рубин, директор отдела наследия и благотворительных пожертвований , работает с членами Центра на национальном уровне, чтобы помочь им реализовать свои благотворительные цели.
Ранее он занимал должность вице-президента по развитию в Университетской системе Туро, а до этого — старшего директора по плановым пожертвованиям в Университете Ешива. Он также практиковал наследственное и филантропическое право в известной юридической фирме Нью-Йорка; был адъюнкт-профессором финансового и имущественного планирования; и является национальным спикером по инвестициям, финансовому и благотворительному планированию. Окончил юридический факультет Нью-Йоркского университета.Контактное лицо: Нью-Йорк, штат Нью-Йорк, 914.960.4466, электронная почта hrubin
Джейсон Райландер, юридический директор Института климатического права , работает с Институтом климатического права Центра над судебными разбирательствами и политическими инициативами по ограничению использования ископаемого топлива и продвижению экологически чистой энергии. будущее. Ранее он работал старшим советником по исчезающим видам в организации «Защитники дикой природы», советником советника по правам сообщества, сотрудником Perkins Coie, LLP и главным редактором Land Letter.
Он получил степень бакалавра государственного управления в Корнельском университете и степень доктора права в Школе права Уильяма и Мэри.Контактное лицо: Вашингтон, округ Колумбия, 202.744.2244, электронная почта Джейсона
Миёко Сакашита, директор по океанам, старший юрисконсульт, , работает с командой океанов, чтобы обеспечить защиту морской жизни и экосистем, находящихся под угрозой, от угроз, таких как глобальное потепление и закисление океана. к рыболовству и загрязнению. Миёко имеет юридическое образование в Калифорнийском университете в Беркли, где она также получила степень бакалавра наук в области сохранения и ресурсоведения. До прихода в Центр Миёко была активисткой местной валюты и сторонником устойчивого сельского хозяйства.
Контактное лицо: Окленд, 510-844-7100 доб. 308, электронная почта Миёко
Твиттер: @endangeredoceanТаня Санериб, директор по международным правовым вопросам, старший прокурор , работает в Международной программе Центра по защите находящихся под угрозой исчезновения видов и биологического разнообразия во всем мире.
До прихода в Центр она была штатным юристом в Crag Law Center в Портленде, штат Орегон, и партнером в юридической фирме по защите общественных интересов Meyer Glitzenstein & Eubanks в Вашингтоне, округ Колумбия. Она получила степень юриста и сертификат в области охраны окружающей среды и природных ресурсов. закон о ресурсах в 2002 году в юридической школе Льюиса и Кларка и получил степень бакалавра наук об окружающей среде в колледже Колорадо.Контактное лицо: Сиэтл, Вашингтон, 206.379.7363, электронная почта Тани
Твиттер: @ts4biodiversityРик Сантора, старший сотрудник по членству , оказывает поддержку, отвечая на электронные письма, обрабатывая пожертвования и помогая с базами данных членов Центра. До прихода в Центр Рик работал в сфере каршеринга в Портленде, штат Орегон. Он имеет степень бакалавра психологии Бостонского университета.
Контактное лицо: Тусон, Аризона, 520.623.5252 доб. 323, электронная почта Ric
Габриэла (Габи) Сарри-Тобар, участник кампании Energy Justice , работает над продвижением справедливого и равноправного перехода к 100% чистой, демократичной и распределенной энергии по всей стране.
Прежде чем присоединиться к команде Energy Justice в Центре, она работала с Chesapeake Climate Action Network над кампанией, которая успешно приняла закон о чистой энергии в Мэриленде. Она работала законодательным стажером в офисе конгрессмена члена палаты представителей Джейми Раскина и в фонде «Наши дети» 9 сентября.2809 Juliana v. United States Дело, мобилизующее членов Конгресса на поддержку основных прав детей и плана восстановления климата. Она имеет степень бакалавра биологии Оберлинского колледжа.Контактное лицо: Вашингтон, округ Колумбия, 240.462.5461, электронная почта Габи
Твиттер: @GabySarriTobarКристина Скариндж, старший специалист по законодательным вопросам штата Калифорния , работает в Институте климатического права , занимаясь решением проблем, связанных с климатом и кризисом биоразнообразия, защитой видов и отказом от ископаемого топлива. До прихода в Центр она работала генеральным юрисконсультом Международной организации защитников животных, поддерживая международные операции по спасению диких животных и выступая за защиту от торговли, незаконного оборота и эксплуатации диких животных.
Кристина является членом Коллегии адвокатов Флориды и Рабочей группы по климату и правам природы Международного комитета ABA по законам о животных.Контактное лицо: Сакраменто, Калифорния, 213.544.8791, электронная почта Кристины
Тодд Шульке, старший сотрудник, соучредитель, , курирует программу Центра по защите и восстановлению лесов. Тодд имеет степень бакалавра экологических исследований Государственного колледжа Эвергрин и имеет опыт работы в области обучения молодежи дикой природе. Он является членом правления Альянса дикой природы Нью-Мексико и Gila WoodNet. Он также является членом Консультативного комитета по охране здоровья лесов при губернаторах западных штатов, Комитета по охране здоровья лесов при губернаторе Аризоны, Консультативного комитета по совместной программе восстановления лесных ландшафтов и Комитета по планированию охраны здоровья лесов и водоразделов штата Нью-Мексико.
Контактное лицо: Пинос Альтос, Нью-Мексико, 575.
388.8799, tschulkeDeeda Seed, Старший участник кампании по общественным землям , работает с программой общественных земель. Прежде чем присоединиться к Центру, Дида в течение 10 лет проработала в Альянсе дикой природы Южной Юты, где она организовала поддержку дикой природы штата Юта. За свою 30-летнюю карьеру активиста и организатора в штате Юта она работала над широким спектром вопросов социальной справедливости, гражданских прав и окружающей среды. Она также проработала четыре года в городском совете Солт-Лейк-Сити и была начальником штаба и директором по связям с общественностью в администрации мэра Солт-Лейк-Сити Рокки Андерсона.
Контактное лицо: Солт-Лейк-Сити, Юта, 801.803.9892, электронная почта Deeda
Брайан Седжи , юридический директор по вопросам исчезающих видов, старший прокурор , курирует и ведет судебные дела в рамках программы Центра по исчезающим видам, обеспечивая защиту видов и среды обитания в соответствии с Законом об исчезающих видах и другими законами.
До возвращения в Центр в 2017 году Брайан работал в Центре защиты окружающей среды в округе Вентура и Санта-Барбаре, в организации «Защитники дикой природы» в Вашингтоне, округ Колумбия, и в Центре в Тусоне. Он получил степень юриста в Школе права Колорадского университета и степень бакалавра политических наук в Калифорнийском университете в Сан-Диего.Контактное лицо: Ojai, CA, 805.750.8852, bsegee
Райан Шеннон, штатный прокурор , работает над защитой Закона об исчезающих видах и исчезающих видов от промышленности и атак администрации Трампа. До прихода в Центр в 2017 году Райан был научным сотрудником юридического центра Earthrise Law Center в юридической школе Льюиса и Кларка в Портленде, штат Орегон. Он получил степень юриста в юридической школе Льюиса и Кларка и получил степень бакалавра в области политики и философии в Калифорнийском университете. , Санта Круз.
Контактное лицо: Портленд, штат Орегон, 503.283.5474 доб.407, rshannon
Кэсси Сигел, директор Института климатического права, старший юрисконсульт, разрабатывает и проводит кампании по сокращению выбросов парниковых газов и других загрязнений воздуха, а также по защите диких животных и сообществ, которым угрожает нарушение климата.
Она написала петицию и вела судебные дела, приведшие к защите белого медведя Законом об исчезающих видах, и она была лидером в борьбе за запрет гидроразрыва пласта и сохранение ископаемого топлива в земле. Она была названа одним из десяти самых влиятельных калифорнийских юристов десятилетия по версии Daily Journal в 2010 году за ее работу по глобальному потеплению и экологическому праву.Контактное лицо: Окленд, Калифорния, 510-844-7100 доб. 310, ксигель
Робин Сильвер, старший сотрудник, соучредитель, , является одним из основателей Центра. Вышедший на пенсию врач отделения неотложной помощи в Фениксе и профессиональный фотограф дикой природы, Робин занимается вопросами охраны природы на юго-западе, уделяя особое внимание реке Сан-Педро.
Контактное лицо: Флагстафф, Аризона, 602.799.3275, серебристый
Джули Тил Симмондс, старший прокурор, , работает в программе Центра по океанам для защиты морского биоразнообразия и экосистем.
Джули получила юридическое образование в Нью-Йоркском университете и степень бакалавра наук в области сохранения и изучения ресурсов (с упором на морскую экологию и загрязнение) в Калифорнийском университете в Беркли. Джули также работала на юридическом факультете Университета Колорадо, в городской прокуратуре Сан-Диего, в офисе организации «Справедливость Земли» в Скалистых горах и в Институте экологического права.Контактное лицо: Боулдер, штат Колорадо, 619.990.2999, электронная почта Джули
Паула Симмондс, директор по развитию, , возглавляет программу национального развития Центра, работая над увеличением и диверсификацией доходов. До прихода в Центр Паула работала директором по развитию в JCC на Манхэттене. Она также руководила программами развития и наращивала потенциал некоммерческих организаций в сфере высшего образования, социальных услуг, исторического общества и глобальной службы новостей. Паула имеет степень бакалавра в Государственном университете Нью-Йорка в Стоуни-Брук, работала в Морской лаборатории Корнеллского мелководья, работала в Морском научно-исследовательском центре льняного пруда Стони-Брук и на протяжении всей своей жизни интересовалась морской наукой, устойчивым развитием альтернативной энергетики и сохранением экосистемы.
Контактное лицо: Нью-Йорк, штат Нью-Йорк, 646.770.7206, эл. Получив юридическое образование в Университете Джорджа Вашингтона, он написал множество статей по вопросам охраны окружающей среды и за свою карьеру вел судебные разбирательства по многим федеральным экологическим делам. Помимо работы в Центре, он также преподает в Вашингтонском юридическом колледже Американского университета и ранее тренировал плавание в Университете Галлодета, где четыре раза был назван тренером года на конференциях. Он редактор Биоразнообразие и Закон , опубликованный Island Press.
Контактное лицо: Вашингтон, округ Колумбия, 202-849-8401 доб. 107, электронная почта Билл
Твиттер: @SnapeBisonАнна София, специалист по стратегии социальных сетей , работает с цифровой командой Центра, чтобы предоставлять публике своевременные и актуальные обновления программы через платформы социальных сетей Центра. До прихода в Центр Анна работала менеджером по коммуникациям и защите интересов Sky Island Alliance, где она рассказывала людям о невероятно богатом биоразнообразием регионе Sky Island.
Анна имеет степень магистра письма в Университете Джона Хопкинса и степень бакалавра технических коммуникаций и профессионального письма в Государственном университете Метрополитен в Сент-Поле, штат Миннесота.Контактное лицо: Бисби, Аризона, эл. климат. До прихода в Центр она была вице-президентом по политике и связям с правительством Института Геос; она также была исполнительным директором Американского земельного альянса, где помогла объединить сообщество защитников леса вокруг конкретных природоохранных позиций для обучения американских политиков. У нее большой опыт работы в области политики в отношении государственных земель и защиты интересов. Рэнди получила степень бакалавра. по рекламе и маркетингу в Бостонском университете.
Контактное лицо: Вашингтон, округ Колумбия, 310.779.4894, электронная почта Рэнди
Кайла Стейли, научный сотрудник по правовым вопросам , работает в Программе гигиены окружающей среды и Институте климатического права.
Стипендиат организации «Юристы для Америки», она получила степень бакалавра политических наук в Калифорнийском университете в Санта-Круз и рассчитывает получить юридическую степень в Калифорнийском университете, юридический колледж Гастингса. Прежде чем присоединиться к Центру, она стажировалась у члена палаты представителей Джимми Панетты и работала клерком в Центре безопасности пищевых продуктов, специализируясь на пестицидах и промышленном сельском хозяйстве.Контактное лицо: электронная почта Kylah
Майк Старк, креативный директор, , помогает создавать и направлять творческую работу Центра над кампанией «Спасение жизни на Земле», а также над другими проектами. Он имеет степень журналиста Университета Южного Орегона и 15 лет проработал газетным репортером и писателем-фрилансером на Западе, в том числе в Орегоне, Вайоминге и Монтане. До прихода в Центр он работал в Associated Press в Солт-Лейк-Сити.
Контактное лицо: Тусон, Аризона, 520.623.5252 доб. 315, напишите Майку
Челси Стюарт-Фусек, юрисконсульт , работает над защитой находящихся под угрозой исчезновения видов и их среды обитания.
Недавно она окончила юридический факультет Льюиса и Кларка, где получила сертификат в области права окружающей среды и природных ресурсов, а также имеет степень бакалавра наук в области биологии дикой природы в Государственном университете Гумбольдта. Во время учебы в юридической школе она работала клерком в юридическом центре Cascadia Wildlands и Earthrise, уделяя особое внимание судебным разбирательствам в отношении дикой природы и государственных земель на северо-западе Тихого океана.Контактное лицо: Портленд, штат Орегон, эл. , а также помощь отделу кадров в расчете заработной платы. Она получила степень бакалавра в Колледже Эльмира в Нью-Йорке, где она специализировалась в области бухгалтерского учета, имеет степень магистра делового администрирования в Университете Теннесси в Ноксвилле и имеет сертификат по основным принципам расчета заработной платы Американской ассоциации расчета заработной платы.
Контактное лицо: Тусон, Аризона, 520.623.5252 доб. 307, электронная почта Джоди
Тамара Штробель, штатный научный сотрудник , работает в Программе по охране исчезающих видов, чтобы защитить дополнительные виды в соответствии с Законом об исчезающих видах.
Тамара провела 9 лет в Центре, работая над развитием, работая с участниками Wild Uprising, и имеет степень магистра прикладной энтомологии Университета Мэриленда со степенью бакалавра наук. в области образования Университета Северной Аризоны во Флагстаффе, штат Аризона. До прихода в Центр она работала в местной некоммерческой организации в Западном Массачусетсе, занимаясь местными растениями, комплексной борьбой с вредителями и экологическим просвещением.Контактное лицо: Вашингтон, округ Колумбия, 202.731.4323, электронная почта Тамара
Джин Су, директор программы Energy Justice, старший прокурор , курирует и развивает кампании программы Energy Justice, направленные на ускорение наступления чистого, демократического энергетического будущего, столь необходимого для защиты дикой природы, сообществ и климата. Джин также работает над противодействием строительству стен на границе США и Мексики и входит в советы директоров Международной сети климатических действий и SustainUS.
До прихода в Центр она работала юристом по финансированию проектов в области возобновляемых источников энергии, а также в области изменения климата и международного развития в Африке и Азии. Она является первым членом юридического факультета Калифорнийского университета в Ирвине, имеет степень магистра Лондонской школы экономики и политических наук и степень бакалавра Принстонского университета.Контактное лицо: Вашингтон, округ Колумбия, 202-849-8401 доб. 101, электронное письмо Джин
Твиттер: @ajeansuКиран Саклинг, исполнительный директор, , является основателем Центра биологического разнообразия. Он изучал информатику и математику в Вустерском политехническом институте, Колумбийском и Стэнфордском университетах. Он имеет степень по философии Государственного университета Нью-Йорка в Стонибруке (магистр) и Колледжа Святого Креста (бакалавр), посвященную греческой, континентальной, лингвистической и экологической мысли.
Помимо надзора за программами Центра по сохранению, финансированию, сбору средств и управлению, он пишет и читает лекции об угрозах, сохранении и отношениях между культурным и биологическим разнообразием. Он также поддерживает самую полную базу данных исследований и управления исчезающими видами в Соединенных Штатах.Контактное лицо: Тусон, Аризона, 520.623.5252 доб. 351, электронная почта Кирана
Твиттер: @kieransucklingПатрик Салливан, медиа-директор, , курирует работу Центра по связям со СМИ. До прихода в Центр Патрик более 10 лет писал для газет и журналов в Техасе, Нью-Мексико и Калифорнии.
Контактное лицо: Окленд, Калифорния, 510.844.7116, электронная почта Патрика
Бен Тиджани, бухгалтер , отвечает за кредиторскую задолженность. Он получил степень бакалавра наук в области делового администрирования в Аризонском университете. До прихода в Центр Бен работал специалистом по восстановлению и финансовым консультантом.
Контактное лицо: Тусон, Аризона, 520.
623.5252 доб. 300, электронная почта БенаКендра Тодд, администратор льгот , поддерживает персонал Центра по работе с персоналом. До прихода к нам она работала менеджером по персоналу в Buffalo Exchange. В настоящее время Кендра получает степень бакалавра социальной работы в Университете штата Аризона.
Контактное лицо: Тусон, Аризона, электронная почта Кендры
Джейсон Тотойу, старший прокурор , работает в юго-восточном регионе Центра, защищая исчезающие виды и общественные земли. Он вырос на Берегу сокровищ Флориды; он получил степень бакалавра в Эмори и юридическую степень в Тулейне. До прихода в Центр он был исполнительным директором Юридического центра Эверглейдс, где работал над восстановлением Эверглейдс в Америке. В прошлом он был сопредседателем Коалиции Эверглейдс.
Контактное лицо: Winter Haven, FL, электронная почта Джейсона
Маргарет Таунсенд, штатный прокурор , работает в программе «Вымирающие виды», защищающей находящиеся под угрозой исчезновения пресноводные виды и их среду обитания.
Маргарет проработала пять лет в качестве открытого государственного поверенного Центра, специализируясь на судебных процессах по вопросам прозрачности и Закона о свободе информации. Она имеет юридическое образование в Школе права Университета Орегона, где она получила сертификаты в области права в области охраны окружающей среды и общественных интересов, а также степень бакалавра политических наук в Университете Колорадо. До прихода в Центр она работала над вопросами дикой природы и пресноводных ресурсов с многочисленными природоохранными организациями, включая Cascadia Wildlands, Западный центр экологического права и WildEarth Guardians.Контактное лицо: Портленд, штат Орегон, 971.717.6409, электронная почта Маргарет
Панайоти Цолкас, специалист по цифровым коммуникациям , помогает писать и редактировать предупреждения о действиях Центра, информационные бюллетени, контент в социальных сетях и многое другое. До прихода в Центр он редактировал Prison Legal News и Earth First! Journal и был координатором программы цифровой гражданской активности в Коалиции иммигрантов Флориды.
Панайоти также был организатором сообщества, занимающимся вопросами экологической справедливости, экологии и массового лишения свободы. Он бросил школу и всю жизнь не учится.Контактное лицо: Lake Worth, FL, электронная почта Panagioti
Джесс Тайлер, штатный научный сотрудник , работает в программе гигиены окружающей среды. До прихода в Центр он работал над общественными проектами, связанными с городскими опылителями, восстановлением полога городских лесов и ручьев, а также имеет опыт работы в бригадах по охране окружающей среды и в сельском хозяйстве. Он имеет степень магистра наук об окружающей среде Портлендского государственного университета.
Контактное лицо: Портленд, штат Орегон, 406.366.4872, электронная почта Джесс
Сара Улеманн, директор международной программы, старший прокурор , присоединилась к Центру в 2010 году. Сара возглавляет международную работу Центра, включая судебные разбирательства, защиту интересов и международную дипломатию для защиты находящихся под угрозой исчезновения видов за пределами США.
До прихода в Центр Сара была штатным юристом Общества защиты животных США. Она получила степень юриста в 2005 году в Юридической школе Льюиса и Кларка и степень бакалавра в области экологического менеджмента в Университете Индианы.Контактное лицо: Сиэтл, штат Вашингтон, 206.327.2344, электронная почта Сара
Роберт Укейли, старший прокурор , работает в рамках Программы гигиены окружающей среды, борясь с загрязнением воздуха. Он получил степень юриста в Школе права Университета Джорджа Вашингтона. До прихода в Центр он работал в различных экологических некоммерческих организациях и имел собственную частную юридическую фирму по охране окружающей среды, представляющую общественные интересы.
Контактное лицо: Boulder, CO, 720.496.8568, электронная почта Robert
Liz VanDenzen, менеджер по цифровым коммуникациям г., работает в Цифровой программе Центра. До прихода в Центр Лиз работала национальным полевым директором Лиги дикой природы Аляски, а до этого занимала различные должности в Коалиции исчезающих видов.
Она имеет степень бакалавра в области государственного управления и экологических исследований Университета Лоуренса.Контактное лицо: Санта-Фе, Нью-Мексико, электронная почта Лиз
Вирджиния Ву, электронный регистратор , работает со всеми программами Центра для обеспечения прозрачности правительства, облегчая запросы на запись в государственные и федеральные агентства. Она имеет степень бакалавра в области общественного развития Портлендского государственного университета.
Контактное лицо: Портленд, штат Орегон, электронная почта Вирджиния:
Дэйв Уолш, сотрудник земельного фонда, , работает с Центром, чтобы помочь определить возможности для стратегических приобретений земли, поскольку они связаны с государственными землями и более масштабными целями сохранения. В начале 1990-х Дэйв входил в совет директоров EPIC, а в настоящее время является руководителем Ancient Forest International. Дэйв сыграл центральную роль в нескольких сделках по приобретению охраняемых земель в Калифорнии и Эквадоре.
Изучив лесоводство в Калифорнийском политехническом институте Гумбольдта, Дэйв возглавил усилия во время Лесных войн в Северной Калифорнии, а позже спровоцировал покупку всех промышленных лесных угодий, разделяющих государственный парк Гумбольдт-Редвудс и дикую местность Кинг-Рейндж. Дэйв в течение десяти лет был президентом Фонда Паньякоча в эквадорской Амазонии.Контактное лицо: Redway, CA, 707.362.0307, электронная почта Dave
Андреа Вебер, директор по взаимодействию и взаимодействию персонала, приближается к взаимодействию и взаимодействию, прислушиваясь к голосам сотрудников и концентрируясь на них, а также предоставляя сотрудникам возможности для взаимодействия и создания динамичной Центр сообщества. Будучи бывшим театральным профессионалом, адъюнкт-профессором и старшим помощником юриста, а также многолетним офис-менеджером офиса Центра в Окленде, Андреа обладает широким спектром навыков и опыта на этой должности.
Контактное лицо: Окленд, Калифорния, 510-844-7100 доб.
311, электронная почта АндреаАмарок Вайс, старший адвокат по волкам , работает с программой Центра по сохранению хищников. Она занимается проблемами волков на Западном побережье, в других регионах и на федеральном фронте. Компания Amaroq десятилетиями работала в сфере охраны волков и была представителем заинтересованных сторон в двух отдельных государственных процессах по составлению планов сохранения волков и управления ими в Орегоне и Калифорнии. Она имеет степень бакалавра наук Университета штата Айова, степень магистра наук Университета Висконсин-Мэдисон и степень доктора права Калифорнийского университета в Гастингсе.
Контактное лицо: Сан-Франциско, Калифорния, 707.779.9613, электронная почта Amaroq
Хизер Уайтхед, директор по цифровым технологиям , возглавляет цифровую команду Центра. До прихода в Центр она была директором по цифровым технологиям в Гринпис США, а также директором по цифровому взаимодействию и защите интересов в Центре безопасности пищевых продуктов.
Она имеет степень магистра государственной политики Северо-Западного университета и степень бакалавра социологии, а также степень бакалавра политологии.Контактное лицо: Ричмонд, Калифорния, электронная почта Хизер
Рэган Уитлок, штатный прокурор , занимается защитой находящихся под угрозой исчезновения видов и диких мест Флориды. Уроженец Джорджии, Рэган имеет юридическое образование и сертификат по экологическому праву юридического колледжа Стетсонского университета, а также степень бакалавра профессионального письма Университета Западной Каролины. До того, как присоединиться к программе Центра во Флориде, он работал штатным поверенным в 6-м судебном округе Флориды, а до этого был редактором и автором статей в нескольких журналах для активного отдыха.
Контактное лицо: Санкт-Петербург, Флорида, 727.426.3653, электронная почта Рагана:
Августа Уилсон, старший прокурор , работает с программой Energy Justice Центра, где она использует административное право и судебные инструменты для содействия быстрому и справедливому переходу к чистая энергия.
До прихода в Центр она восемь лет работала защитником по вопросам энергетики и окружающей среды, в том числе в Совете по чистому воздуху; Центр Гуарини по экологическому, энергетическому и земельному праву Нью-Йоркского университета; и Фонд правовой защиты наук о климате. Она также работала клерком в Hon. Уильям П. Джонсон в окружном суде США по округу Нью-Мексико. Она имеет степень бакалавра биохимии Университета Кейс Вестерн Резерв и степень доктора юридических наук Корнельского юридического факультета.Контактное лицо: Вашингтон, округ Колумбия, электронная почта Огаста
Шей Вульф, директор по науке о климате, , работает в Институте климатического права Центра. Она получила степень бакалавра биологии в Йельском университете и получила докторскую степень в области экологии и эволюционной биологии, а также степень магистра наук об океане в Калифорнийском университете в Санта-Круз, где она изучала влияние изменения климата океана на популяции морских птиц. Во время учебы в аспирантуре Шей работала с группами по защите биоразнообразия Conservación de Islas и Island Conservation в Мексике и Калифорнии; до этого она была биологом дикой природы в проектах с морскими птицами, певчими птицами, хищниками и пауками в Панаме, Гавайях, Флориде, Калифорнии, Вайоминге и Айдахо.
Контактное лицо: Окленд, Калифорния, 510-844-7100 доб. 301, эл. почта Shaye
Лила Волошин, помощник юриста , работает в программе «Исчезающие виды» и оказывает вспомогательную поддержку команде Центра «Открытое правительство». До прихода к нам она работала главным образом помощником юриста по административным вопросам и офис-менеджером в фирмах, занимающихся семейным правом и банкротством. Лила имеет степень бакалавра истории в Колледже Льюиса и Кларка и написала диссертацию о средневековой практике уголовного преследования домашних животных.
Контактное лицо: Портленд, штат Орегон, 503.283.5474 доб. 426, электронная почта Lila
Тиффани Яп, старший научный сотрудник и защитник коридора дикой природы , работает с программой Urban Wildlands для защиты биоразнообразия и здоровья окружающей среды на границе между людьми и природной средой. До прихода в Центр она была научным исследователем, изучающим глобальные закономерности болезней амфибий и последствия торговли дикими животными.
Она также работала полевым биологом, занимаясь в основном амфибиями, морскими приливными местообитаниями и рыболовством. Она имеет степень бакалавра биологии Калифорнийского университета в Беркли, а также степень магистра в области гигиены окружающей среды и докторскую степень в области наук об окружающей среде и техники Калифорнийского университета в Лос-Анджелесе.Контактное лицо: Окленд, Калифорния, 510-844-7100 доб. 339, электронная почта Тиффани
Андреа Заккарди, юридический директор Центра по сохранению хищников, старший прокурор , работает в программе Центра по сохранению хищников, уделяя особое внимание защите хищников. До прихода в Центр Андреа работала над различными вопросами дикой природы и общественных земель с другими экологическими организациями, включая Western Watersheds Project, Greater Yellowstone Coalition и Earthjustice. Она получила юридическое образование в юридической школе Вермонта в 2005 году и имеет степень бакалавра испанского языка и социологии в колледже Роанок.
Контактное лицо: Виктор, ID, 303.854.7748, asantarsiere
Тед Зукоски, старший прокурор , занимается вопросами общественных земель, включая защиту бездорожных лесов. До прихода в Центр в 2019 году Тед в течение 15 лет работал штатным юристом в офисе Earthjustice в Денвере, где он вел судебные дела, касающиеся нападений на дикие земли и национальные парки в результате строительства дорог, добычи полезных ископаемых и разработки. До этого он работал поверенным по государственным землям в Land and Water Fund of the Rockies (теперь Western Resource Advocates) в Боулдере, штат Колорадо. Тед — выпускник Гарвардского колледжа и Йельской школы права, а также член совета директоров Wilderness Workshop.
Контактное лицо: Денвер, Колорадо, 303.641.3149, электронная почта Тед
Твиттер: @TedZukoskiФото © Робин Сильвер
Couprie’s How I Teach Computer Science
Информатика в 10 классе — Информатика и дизайн игр 10 (включает вводное программирование вплоть до операторов if и циклов)
Вот упрощенная разбивка прошлогоднего 2011/12 Информатика 10 курс.
Полный документ с ежедневным планом урока находится непосредственно ниже.Classes 1-10
Classes 11-16
Classes 17-25ish
Classes 26-35
Classes 36-40
Classes 41-47
Class 48-56
Classes 57-63
Классы 64–75
Классы 76–80
Введение в курс, Техническая история, Scratch
Game Maker
Java (структурированное программирование 1 — ввод, вывод, переменные)
Scratch, часть 2
0 Двоичный код Уроки Maker 7–10 плюс Танковая игра
Действия с логическими элементами
Теория информатики
Java (структурированное программирование 2 — операторы if, циклы, переключение)
Дополнительные уроки Game Maker
Основной проект Game Maker
Введение в смартфон, наверстывание и т. д.3 Завершить 3 Завершить Планы уроков — 2011/12 год, но, пожалуйста, сначала прочитайте примечания ниже. Для тех, кто использует мои прошлые уроки, 2010/11 все еще доступен здесь.
- Нужен файл, упомянутый в документе «План урока»? Ссылка на мои примеры в классе и страницу с файлами образцов. Эта страница не завершена, поэтому, пожалуйста, напишите мне, если вам что-то нужно.
- Обратите внимание, что предоставленные планы уроков являются рабочими документами, созданными для МОИХ ГЛАЗ. Это означает, что могут быть объяснения или действия, которые замалчиваются. Если вы не понимаете какие-либо ссылки, сделанные в уроках, пожалуйста, свяжитесь со мной.
- Я использую документы Google и наши сетевые диски для обмена файлами со студентами. Некоторые сопутствующие файлы могут быть недоступны здесь. Пожалуйста, свяжитесь со мной для любых необходимых файлов, запрашивая их по имени.
- Уроки не охватывают кредиты в определенном порядке, указанном ниже. Вы обнаружите, что CS1 и Sec. Ланг. 1 интегрированы в течение года.
- Помимо перечисленных 5 кредитов, есть много других вариантов. Однако первые три в значительной степени считаются обязательными.
- Название курса «Программирование и дизайн игр 10» — это маркетинговый инструмент. Он полностью отражает курсы по компьютерным наукам 10, предлагаемые в других местах.
Альберта Кредиты, предлагаемые в 10 классе Информатика (учебные ресурсы ниже на этой странице)
- CSE1010 Информатика 1 — Темы включают: Аппаратное и программное обеспечение, двоичные числа, память, процессор, компоненты компьютера, история компьютеров
- Структурированное программирование CSE1110 1. Темы включают: Среда программирования Scratch , введение в программирование на Java (переменные, ввод/вывод, математические операции, форматированный вывод).
- CSE1120 Структурированное программирование 2. , принятие решений (оператор if), зацикливание (do…while), вложенные циклы, контрольные значения, случайное число
- CSE2140 Программирование на втором языке 1 — Темы включают: Введение в GameMaker (спрайты, объекты, переменные, звуковые эффекты и другие события) , сравнение языков
- CSE1910 CSE Project 1A – Крупный проект(ы) по дизайну игр в GameMaker, Scratch или Java
Информатика в 11 классе — Информатика 20 (включает Java-методы, массивы и вводное ООП плюс Vex robotics)
Полный план урока — здесь
Нужен файл, который упоминается в документе «План урока»? Ссылка на мои примеры в классе и страницу с файлами образцов.
Эта страница не завершена, поэтому, пожалуйста, напишите мне, если вам что-то нужно.Альберта Кредиты, предлагаемые в CS20 (учебные ресурсы ниже на этой странице)
- CSE2120 Процедурное программирование 1 – – Темы включают: Использование методов в Java
- CSE 2120: Структуры данных 1 – Темы включают: Использование массивов и другое структуры для хранения данных, поиска и сортировки
- CSE3120 Объектно-ориентированное программирование 1 — Темы включают: Объектно-ориентированное программирование с использованием Java. Игра Джеру будет использоваться в качестве введения.
- CSE2010 Информатика 2. Основываясь на темах, затронутых на уровне 10, этот модуль исследует тенденции в области вычислительной техники и более подробно рассматривает процесс разработки программного обеспечения
- CSE2910 CSE Project B или CSE3140 Второй язык 2 – Робототехника с использованием Vex и RobotC
Информатика в 12 классе — Информатика 30
В настоящее время у меня нет полного плана урока.
Каждый студент работал над своими кредитами индивидуально. Прокрутите вниз, чтобы увидеть некоторые проекты и задания, выполненные для меня учащимися. Они отсортированы по кредитному имени.Альберта Кредиты, предлагаемые в CS30 (учебные материалы ниже на этой странице)
- Примечание: зачет 30-го уровня: CSE3120 «Объектно-ориентированное программирование» является частью курса «Информатика 20».
- CSE3010 Информатика 3. Основываясь на темах, затронутых на уровне 20, этот модуль исследует тенденции в вычислительной технике и более подробно рассматривает процесс разработки программного обеспечения
- CSE3110 Итеративный алгоритм 1. Темы включают: поиск, сортировку и другие ключевые алгоритмы
- CSE3140 Второй язык программирования 2 — робототехника Arduino (см. раздел «Робототехника» ниже)
- CSE3910 CSE Project D. Тема будет изменена в соответствии с интересами учащихся. Студенты IB будут использовать этот кредит для своего проекта IB Dossier.
- CSE3920 CSE Project E. Тема будет изменена в соответствии с интересами учащихся.
- Плюс один из:
- CSE2130 Файлы и файловые структуры. Темы включают: Взаимодействие с текстовыми файлами в Java
- OR
- CSE3310 Рекурсивные алгоритмы 1
выше)2356
CSE1010 Информатика 1 — Темы включают: аппаратное и программное обеспечение, двоичные числа, память, процессор, компоненты компьютера, история компьютеров .
- Задание по истории технологий
- Соревнование по временной шкале оборудования
- Лаборатория логики с автомобилем
- Задание по карьере CS
- Задание по двоичному коду
- Термины по оборудованию Создание кроссворда Задание
- Как работает память. Задание
CSE1110 Структурированное программирование 1 . для обучения этим занятиям связаны выше на этой странице.
- Scratch Trash Talk
- Scratch Store Assignment
- Java Assign 1 — Использование Println
- Java Assign 2 — Points
- Java Assign 3 — Использование переменных
- Java Assign 4 — So You Think You Can Rap
CSE1120 Структурированное программирование 2 создание (оператор if), зацикливание (do…while), вложенные циклы, контрольные значения, случайное число
Полные планы уроков для обучения этим действиям приведены выше на этой странице.
- Нарисуй свое собственное приключение
- Scratch Game Project
- Java 5 — Продажа фильмов (операторы If)
- Java 6 — Корзина (циклы Switch и While)
- Java 7 — 99 бутылок (для циклов)
- Окончательный вариант проекта 1 — Rock, Paper Ножницы
- Окончательный вариант проекта 2 — Игра «Симпсоны»
Дизайн игры (CSE2140 Программирование на втором языке 1 и CSE1910 CSE Project 1A)
Полные планы уроков для обучения этим занятиям приведены выше на этой странице.
Примечание. В прошлом году я преподавал эти два предмета с помощью Game Maker. Все задания здесь.
- Game Maker Lesson Progress — это набор уроков, взятых из основного документа урока CS10, ссылка на который приведена выше.
- Задание по игровой статистике
- Breakout Game
- Tank Game Часть 1
- Tank Game Часть 2
- Tank Game Часть 30007
- Задание по платформенной игре
- Презентации Game Maker (обратите внимание, что я, скорее всего, не буду делать эти презентации в будущем, но я включил файл в том виде, в котором он есть, в моем документе с планом урока)
- Итоговый проект Game Maker
- Итоговый проект Game Maker Рубрика
Ресурсы для 10-го класса
Ресурсы по робототехнике (В настоящее время преподается на втором языке CSE3140 2.
Другие варианты включают кредиты по робототехнике или проектам.)- Сводка деятельности Vex и RobotC
- Групповая активность подсистем Vex
- Vex и RobotC — Назначение Namebot
- Vex и RobotC — Назначение функций
- Vex и RobotC — Назначение Slam Dunk Учитель
- Units
- Ученический модуль Arduino (в процессе разработки)
- Назначение 7-сегментного дисплея Arduino, части 1 и 2
- Назначение 7-сегментного дисплея Arduino, часть 3
- Сравнение языков программирования. ссылка выше на этой странице.
- Сводка заданий CS2
- Лаборатория логики — Примечание: в этом году это также использовалось на 10-м уровне. Мне нужно будет обновить его с новым вызовом для моих 20-х годов.
- Знакомство с машинным кодом
- Жизненный цикл разработки программного обеспечения, часть 1
- Жизненный цикл разработки программного обеспечения, часть 2
- Жизненный цикл разработки программного обеспечения, часть 3 отправить ученикам. Однако вы можете использовать его в качестве примера для создания собственного исследовательского задания.
- Как работает ЦП. Для этого требуется дополнительный учебник, но, опять же, вы можете использовать его в качестве отправной точки для создания собственной деятельности.
- Задание по этике — обратите внимание, что это написано вместе с несколькими другими файлами, которые совместно используются учащимися. Пример файла также связан ниже.
- Пример общего файла с заданием по этике
- Задание по взаимодействию с программным обеспечением
- Купить компьютер
CSE2120 Процедурное программирование
Полные планы уроков для обучения этим занятиям приведены выше на этой странице.
Обратите внимание, что эти назначения написаны с учетом Java, и поэтому для описания функций, подпрограмм и т. д. используется термин «методы».0015
- Игра с числами
- Простой калькулятор
- Использование JavaDocs для изучения новых методов
- Треугольники
- Домашний калькулятор Рино
- Игра PNZ. Я дал это задание только более продвинутым ученикам
- Методы недоступны через веб-экзамены . Пожалуйста, напишите мне напрямую.
Структуры данных CSE2120 1
Полные планы уроков для обучения этим занятиям приведены выше на этой странице.
Обратите внимание, что эти задания сосредоточены на использовании массивов Java. Заключительное задание знакомит учащихся с более сложной структурой данных ArrayLists.
- Структуры данных Кредитное резюме
- Структуры данных 0 Введение — требуется учебник Blue Pelican Java. Это бесплатный онлайн-ресурс.
- Структуры данных 2 — требуется дополнительный файл Java. Ссылка на мои примеры в классе и страницу с файлами образцов.
- Структуры данных 3 — Инвентаризация магазина
- Структуры данных 4 — Магический квадрат (двумерные массивы)
- Генератор псевдонимов И проект «Виселица» — обратите внимание, что проект «Виселица» является ВАААААА более сложным выбором, чем Генератор псевдонимов.
- Структуры данных 6 — Поиск друзей
- ArrayList Ipod
CSE3120 Объектно-ориентированное программирование
Полные планы уроков для обучения этим занятиям приведены выше на этой странице.
Обратите внимание, что я решил преподавать этот кредит уровня 3000 на уровне 11 класса.
- ООП Временная шкала для индивидуальных учащихся
- ООП 1: Введение в чтение
- ООП 2: Простой кружок
- ООП 3: Теоретические вопросы . Пожалуйста, напишите мне напрямую.
Я также уделяю некоторое время знакомству своих студентов с Java Swing. Первое действие ниже не требует особых знаний в Swing, но ДЕЙСТВИТЕЛЬНО требует дополнительных файлов. Второй предназначен только для продвинутых студентов и требует значительного понимания Swing.
- Игра в кости. Обратите внимание, что внизу задания есть ссылка. Эта ссылка приведет вас к дополнительным файлам, которые необходимы.
- Заключительный проект — использование Java Swing
ресурсы для 11 класса
CSE3110 Итеративные алгоритмы 1
- Итеративные алгоритмы.
- Идентификация кодов фосфорилирования для рекрутирования аррестина рецепторами, связанными с G-белком. Сотовый Чжоу, X. Э., Хе, Ю., де Ваал, П. В., Гао, X., Канг, Ю., Ван Эпс, Н., Инь, Ю., Пал, К., Госвами, Д., Уайт, Т. А., Барти А., Латоррака Н.Р., Чепмен Х.Н., Хаббелл В.Л., Дрор Р.О., Стивенс Р.С.
Science (Нью-Йорк, штат Нью-Йорк) Тауншенд Р.Дж., Эйсманн С., Уоткинс А.М., Ранган Р., Карелина М., Дас Р., Дрор Р.О.
2021; 373 (6558): 1047-1051 
Поскольку он использует только атомные координаты в качестве входных данных и не включает информацию, специфичную для РНК, этот подход применим к различным проблемам структурной биологии, химии, материаловедения и других областей.
Здесь мы определяем, как фосфорилирование GPCR влияет на поведение аррестина, используя моделирование на атомном уровне и сайт-направленную спектроскопию, чтобы выявить влияние паттернов фосфорилирования на связывание и конформацию аррестина. Мы обнаружили, что паттерны, благоприятствующие связыванию, отличаются от паттернов, благоприятствующих конформационным изменениям, связанным с активацией. И связывание, и конформация больше зависят от расположения фосфатов, чем от их общего количества, при этом фосфорилирование в разных положениях иногда оказывает противоположное действие. Паттерны фосфорилирования избирательно благоприятствуют большому разнообразию конформаций аррестина, по-разному влияя на сайты аррестина, участвующие в создании каркасов различных сигнальных белков. Мы также раскрываем молекулярные механизмы этих явлений. Наша работа раскрывает структурную основу давней гипотезы «штрих-кода» и имеет важное значение для разработки функционально селективных препаратов, нацеленных на GPCR.
Рецептор принимает две основные сигнальные конформации, одна из которых соединяется почти исключительно с аррестином, тогда как другая также эффективно соединяется с G-белком. Аллостерическая сеть дальнего действия позволяет лигандам во внеклеточном связывающем кармане поддерживать любую из двух внутриклеточных конформаций. Руководствуясь этим компьютерно определенным механизмом, мы разработали лиганды с желаемыми сигнальными профилями.
Связь с природой Холлингсворт, С. А., Келли, Б. н., Валант, К. н., Михаэлис, Дж. А., Мастромихалис, О. н., Томпсон, Г. н., Венкатакришнан, А. Дж., Хертиг, С. н., Скаммеллс, П. Дж. , Секстон П.М., Фелдер С.С., Кристопулос А.Н., Дрор Р.О.
2019; 10 (1): 3289 
Этот загадочный карман формируется гораздо чаще при моделировании молекулярной динамики M1 mAChR, чем при моделировании других mAChR. Эти наблюдения согласовывают данные о мутагенезе, которые ранее казались противоречивыми. Дальнейшие эксперименты по мутагенезу подтверждают наш прогноз о том, что предотвращение открытия криптических карманов снижает аффинность M1-селективных PAM. Наши результаты указывают на возможность разработки подтип-специфических лекарств, использующих скрытые карманы, которые открываются в определенных рецепторах, но не в других рецепторах с почти идентичными статическими структурами.
Здесь мы раскрываем этот механизм посредством обширного моделирования аррестина на атомном уровне. Мы обнаружили, что трансмембранное ядро и цитоплазматический хвост рецептора, которые связываются с различными поверхностями на аррестине, могут каждый независимо стимулировать активацию аррестина. Мы подтверждаем эту непредвиденную роль ядра рецептора и аллостерическую связь между этими удаленными поверхностями аррестина с помощью сайт-направленной флуоресцентной спектроскопии. Эффект ядра рецептора на конформацию аррестина опосредован в первую очередь взаимодействиями внутриклеточных петель рецептора с телом аррестина, а не заметной перестройкой пальцевых петель, которая наблюдается при связывании с рецептором. В отсутствие рецептора аррестин часто принимает активные конформации, когда его собственный С-концевой хвост отсоединяется, что может объяснить, почему некоторые аррестины остаются активными долгое время после диссоциации рецептора. Наши результаты, которые предполагают, что различные способы связывания рецепторов могут активировать аррестин, обеспечивают структурную основу для разработки функционально селективных («предвзятых») лигандов, нацеленных на GPCR, с желаемыми эффектами на передачу сигналов аррестина.
Эти структуры обеспечивают отчетливые сигнальные снимки действия ЛСД, начиная от частично активного состояния без преобразователя и заканчивая полностью активным состоянием, связанным с преобразователем. Выводы из этого исследования обеспечат всестороннее молекулярное понимание сигнальных механизмов прототипа психоделического ЛСД и ускорят открытие новых психоделических препаратов.
Аутоантитела, которые активируют ТТГ, патологически повышают уровень тиреоидных гормонов при болезни Грейвса3. Остается неясным, как аутоантитела имитируют функцию ТТГ. Мы определили криогенно-электронную микроскопию структур активного и неактивного TSHR. В неактивном TSHR внеклеточный домен расположен близко к бислою мембраны. ТТГ выбирает вертикальную ориентацию внеклеточного домена из-за стерических столкновений между консервативным гормоном гликаном и бислоем мембраны. Активирующее аутоантитело от пациента с болезнью Грейвса выбирает аналогичную вертикальную ориентацию внеклеточного домена. Переориентация внеклеточного домена вызывает конформационные изменения в семи трансмембранном домене посредством консервативного шарнирного домена, связанного пептидного агониста и фосфолипида, который связывается внутри семи трансмембранного домена. Вращение внеклеточного домена TSHR относительно бислоя мембраны достаточно для активации рецептора, обнаруживая общий механизм для других рецепторов гликопротеиновых гормонов, который также может распространяться на другие рецепторы, связанные с G-белком, с большими внеклеточными доменами.
Здесь мы разрабатываем экспериментальный подход для преодоления ограничения по размеру путем создания двойной оболочки белка, чтобы разместить домен KIX между апоферритином в качестве внутренней оболочки и белком, связывающим мальтозу, в качестве внешней оболочки. Чтобы способствовать однородной ориентации мишени, дисульфидные связи вводятся на границе раздела мишень-апоферритин, что приводит к крио-ЭМ структуре с разрешением 2,6 Å. Мы использовали моделирование молекулярной динамики для разработки пептидов, которые блокируют взаимодействие домена KIX CBP с внутренне неупорядоченным доменом pKID CREB. Конструкция с двойной оболочкой позволяет проводить анализы поляризации флуоресценции, подтверждающие связывание между доменом KIX в двойной оболочке и этими взаимодействующими пептидами. Дальнейший крио-ЭМ анализ выявляет взаимодействие спираль-спираль между одной спиралью KIX и лучшим пептидом, обеспечивая возможную стратегию разработки ингибиторов следующего поколения.
1021/acscentsci.1c01090
Здесь мы представляем крио-ЭМ-структуру ChRmine с разрешением 2,0 А, выявляющую архитектурные особенности, нетипичные для канальных родопсинов: тримерную сборку, короткую трансмембранную спираль 3, извилистую внеклеточную петлю 1, большие вестибюли внутри мономера и отверстие в конце. интерфейс тримера. Мы применили эту структуру для разработки трех белков (rsChRmine и hsChRmine, придающих дополнительные свойства с красным смещением и высокой скоростью соответственно, и frChRmine, сочетающий в себе более быструю работу и более высокую производительность с красным смещением), подходящих для фундаментальных возможностей нейронауки. Эти результаты проливают свет на проводимость и блокирование насосоподобных каналородопсинов и указывают путь к дальнейшему структурно-управляемому созданию каналородопсинов для приложений в биологии.
Научные достижения Цуцуми Н., Маэда С., Ку К., Фогеле М., Джуд К. М., Суомивуори К., Панова О., Ваграй Д., Като Х. Э., Веласко А., Дрор, Р. О., Скиниотис Г., Кобилка Б. К., Гарсия К. С.
1800; 8 (3): eabl5442 
Комплекс CX3CL1-US28-Gq/11, вероятно, представляет собой захваченный промежуточный продукт во время продуктивной передачи сигналов, обеспечивая представление о переходном состоянии в связывании белка GPCR-G для передачи сигналов. Наши коллективные результаты дают новое представление об уникальных структурных механизмах GPCR HCMV, опосредованных G-белком, по сравнению с аналогами GPCR млекопитающих для подрыва иммунитета хозяина.
Такие методы, которые имеют решающее значение для рационального дизайна лекарств, делятся на две категории: основанные на физике методы, которые непосредственно моделируют взаимодействие лиганда с мишенью с учетом трехмерной (3D) структуры мишени, и методы на основе лиганда, которые предсказывают свойства лиганда. данные экспериментальных измерений для подобных лигандов. Здесь мы представляем строгую статистическую основу для объединения этих двух источников информации. Мы разрабатываем метод предсказания положения лиганда — трехмерной структуры лиганда, связанного со своей мишенью, — который использует широко доступный источник информации: список других лигандов, которые, как известно, связываются с той же мишенью, но для которых нет трехмерной структуры. доступный. Эта комбинация моделирования на основе физики и лиганда повышает точность прогнозирования позы для всех основных семейств лекарственных мишеней. Используя ту же структуру, мы разрабатываем метод виртуального скрининга кандидатов в лекарства, который превосходит стандартные методы виртуального скрининга, основанные на физике и лигандах.
Наши результаты предлагают широкие возможности для улучшения предсказания различных свойств лиганда путем объединения различных источников информации с помощью индивидуальных подходов к машинному обучению.
SGLT ответственны за активную абсорбцию глюкозы и галактозы в кишечнике и за реабсорбцию глюкозы в почках4, и на них нацелено множество лекарств для лечения диабета5. Несколько членов семейства SGLT переносят ключевые метаболиты, отличные от глюкозы2. Здесь мы сообщаем о структурах криоэлектронной микроскопии прототипа человеческого SGLT1 и родственного монокарбоксилатного транспортера SMCT1 из того же семейства. Структуры вместе с моделированием молекулярной динамики и функциональными исследованиями определяют архитектуру SGLT, раскрывают механизм связывания и селективности субстрата и проливают свет на водопроницаемость SGLT1. Эти результаты дают представление о многогранных функциях SGLT.
А., Фауст Б., Гондин А. Б., Дамген М. А., Суомивуори К., Вельдхуис Н. А., Ченг Ю., Дрор Р. О., Тал Д. М., Манглик А.
2021 
Таким образом, структурная динамика агонистов NK1R зависит от взаимодействия с внеклеточными петлями рецептора и регулирует избирательность передачи сигналов G-белком. Сходные взаимодействия между другими нейропептидами и родственными им рецепторами могут настраивать внутриклеточную передачу сигналов.
Таким образом, MFSD2A представляет собой привлекательную мишень для модулирования проницаемости гематоэнцефалического барьера для доставки лекарств. Здесь мы сообщаем о структуре криоэлектронной микроскопии мышиного MFSD2A. Наша структура определяет архитектуру этого важного транспортера, раскрывает его уникальный внеклеточный домен и его полость, связывающую субстрат. Структура вместе с нашими функциональными исследованиями и моделированием молекулярной динамики идентифицирует консервативный сайт связывания натрия, раскрывает потенциальный путь проникновения липидов и помогает рационализировать мутации MFSD2A, которые лежат в основе синдромов микроцефалии. Эти результаты проливают свет на критическую функцию MFSD2A по транспорту липидов и обеспечивают основу для помощи в разработке конкретных модуляторов для терапевтических целей.
Ультрамикроскопия Ягота М., Тауншенд Р. Дж., Канг Л., Бушнелл Д. А., Дрор Р. О., Корнберг Р. Д., Азубель М.
2021; 227: 113302 
электронная жизнь Санборн А.Л., Йех Б.Т., Фейгерле Дж.Т., Хао С.В., Таунсенд Р.Дж., Либерман-Эйден Э., Дрор Р.О., Корнберг Р.Д.
2021; 10 
Эти находки решают давнюю загадку структуры и функции AD и дают обоснование их роли в биологии.
Тем не менее, рациональный структурно-ориентированный дизайн предвзятых агонистов остается весьма сложной задачей, поскольку взаимодействия, опосредованные лигандами, которые являются ключевыми для активации каждого сигнального пути, остаются неясными. Мы идентифицируем несколько соединений, для которых R- и S-энантиомеры имеют разные профили смещения при μOR. Эти соединения служат отличными сравнительными инструментами для изучения смещения, поскольку идентичные физико-химические свойства пар энантиомеров гарантируют, что различия в профилях смещения обусловлены различиями во взаимодействиях с карманом связывания μOR. Моделирование соединений на атомном уровне при μOR показывает, что R- и S-энантиомеры принимают разные позы, которые образуют разные взаимодействия с карманом связывания. Несколько специфических взаимодействий с высококонсервативными остатками кармана связывания, по-видимому, ответственны за существенные различия в рекрутировании аррестина между энантиомерами. Наши результаты предлагают руководство для рационального дизайна предвзятых агонистов в μOR и, возможно, в родственных GPCR.
Архитектура нашей нейронной сети сочетает в себе несколько компонентов, которые вместе обеспечивают сквозное обучение на молекулярных структурах, содержащих десятки тысяч атомов: точечное представление атомов, эквивариантность относительно вращения и перемещения, локальные свертки и иерархические операции субдискретизации. При использовании в сочетании с ранее разработанными оценочными функциями наша сеть существенно улучшает идентификацию точных структурных моделей среди большого набора возможных моделей. Наша сеть также может использоваться для прогнозирования точности данной структурной модели в абсолютном выражении. Представленная нами архитектура легко применима к другим задачам, связанным с изучением трехмерных структур больших атомных систем. Эта статья защищена авторским правом. Все права защищены.
электронная жизнь Джонс, Э. М., Лабок, Н. Б., Венкатакришнан, А. Дж., Ван, Дж., Ценг, А. М., Пагги, Дж. М., Латоррака, Н. Р., Кансилла, Д., Сатьяди, М., Дэвис, Дж. Э., Бабу, М. М., Дрор, Р. О. , Косури, С.
2020; 9 
Используя неконтролируемое обучение, мы разрешаем критические для передачи сигналов остатки, включая все основные структурные мотивы и молекулярные интерфейсы. Мы также обнаруживаем ранее не охарактеризованную структурную защелку, охватывающую первые две внеклеточные петли, которая высоко консервативна для GPCR класса A и является конформационно жесткой как в неактивном, так и в активном состояниях рецептора. В более широком смысле, связывая глубокое мутационное сканирование со сконструированными транскрипционными репортерами, мы создаем универсальный метод для изучения фармакогеномики, структуры и функции широких классов рецепторов лекарств.
П., Кляйнхенц, А.Л., Суомивуори, К., Латоррака, Н.Р., Дрор, Р.О., Лефковиц, Р.Дж., Крузе, А.С.
2020; 367 (6480): 888–92 
.
Здесь мы сообщаем о структурном, вычислительном и биохимическом анализе комплекса CaM с GRK5, показывая, как CaM формирует реакцию GRK5 на кальций. Домены CaM N и C независимо связываются с двумя спиральными областями на концах N и C GRK5, чтобы ингибировать фосфорилирование GPCR, хотя только взаимодействие домена C нарушает ассоциацию GRK5 с мембраной, тем самым облегчая цитоплазматическую транслокацию. N-домен CaM сильно активирует GRK5 посредством упорядочения амфипатической αN-спирали GRK5 и аллостерического нарушения взаимодействия киназы-RH домена для фосфорилирования цитоплазматических субстратов GRK5. Эти результаты обеспечивают основу для понимания того, как два функциональных эффекта, активация и локализация GRK5, могут взаимодействовать под контролем CaM для селективного нацеливания на субстрат с помощью GRK5.
Природа Биллесбёлле, С.Б., Азумая, К.М., Креч, Р.К., Пауэрс, А.С., Гонен, С.н., Шнайдер, С.н., Арведсон, Т.н., Дрор, Р.О., Ченг, Ю.н., Манглик, А. н.
2020 
Карбокси-конец гепсидина напрямую контактирует с двухвалентным металлом в С-домене ферропортина. Далее мы показываем, что связывание гепсидина с ферропортином связано со связыванием железа с 80-кратным увеличением сродства к гепсидину в присутствии железа. Эти результаты предполагают модель гепсидиновой регуляции ферропортина, в которой только молекулы ферропортина, нагруженные железом, подвергаются деградации. В более широком смысле, наши структурные и функциональные идеи, вероятно, позволят более целенаправленно манипулировать осью гепсидин-ферропортин при нарушениях гомеостаза железа.
Они играют важную роль в регулировании объема клеток, контроле поглощения и секреции ионов через эпителий и поддержании внутриклеточного гомеостаза хлоридов. Эти переносчики являются основными мишенями для некоторых из наиболее часто назначаемых лекарств. Здесь мы определили структуру криоэлектронной микроскопии котранспортера Na-K-Cl NKCC1, широко изученного члена семейства CCC, из Danio rerio. Структура определяет архитектуру этого семейства белков и показывает, как цитозольные и трансмембранные домены стратегически расположены для коммуникации. Структурный анализ, функциональная характеристика и компьютерные исследования раскрывают путь переноса ионов, сайты связывания ионов и ключевые остатки для транспортной активности. Эти результаты дают представление об ионной селективности, связывании и транслокации и создают основу для понимания физиологических функций CCC и интерпретации мутаций, связанных с заболеванием.
Природа Дешпанде И., Лян Дж., Хедин Д., Робертс К.Дж., Чжан Ю., Ха Б., Латоррака Н.Р., Фауст Б., Дрор Р.О., Бичи П.А., Майерс Б.Р., Манглик, А.
2019 
В отличие от недавних моделей 3-5, молекула холестерина, которая имеет решающее значение для активации SMO, связана глубоко внутри семи-трансмембранного кармана. Мы предполагаем, что инактивация PTCh2 с помощью Hedgehog позволяет трансмембранному стеролу получить доступ к этому семи-трансмембранному сайту (потенциально через гидрофобный туннель), который управляет активацией SMO. Эти результаты в сочетании с исследованиями сигналов и моделированием молекулярной динамики определяют структурную основу регуляции PTCh2-SMO и предлагают стратегию преодоления клинической резистентности к ингибиторам SMO.
Р., Иноуэ, А., Дрор, Р. О., Кобилка, Б. К., Скиниотис, Г.
2019 
Эта структурная информация, дополненная моделированием молекулярной динамики и функциональными исследованиями, дает представление о сложном процессе активации G-белка.
Однако для связывания лигандов нет всестороннего анализа повышения производительности за счет адаптивного отбора проб, особенно для систем белок-лиганд, типичных для тех, которые встречаются при открытии лекарств. Более того, большинство предыдущих работ предполагает знание положения связанного лиганда. Здесь мы обрисовываем в общих чертах существующие методы для адаптивной выборки процесса связывания лиганда и вводим несколько улучшений, уделяя особое внимание методам, которые не требуют предварительного знания сайта связывания или связанной позы. Затем мы оцениваем эти методы, сравнивая их с традиционными длительными моделями МД для реалистичных систем белок-лиганд. Мы обнаружили, что симуляции адаптивной выборки обычно не позволяют достичь связанной позы более эффективно, чем традиционная МД. Однако адаптивная выборка идентифицирует несколько потенциальных сайтов связывания более эффективно, чем традиционный метод MD, а также обеспечивает лучшую характеристику путей связывания. Мы объясняем эти результаты, показывая, что связывание белок-лиганд является примером дилеммы исследования-эксплуатации.
Существующие адаптивные методы выборки для связывания лиганда в отсутствие известной связанной позы значительно благоприятствуют широкому исследованию пространства белок-лиганд, иногда не в состоянии в достаточной мере использовать промежуточные состояния по мере их обнаружения. Мы предлагаем возможные направления будущих исследований для устранения этого недостатка.
, Шалев-Бенами, М., Робертсон, М.Дж., Ху, Х., Банистер, С.Д., Холлингсворт, С.А., Латоррака, Н.Р., Като, Х.Е., Хильгер, Д., Маеда, С., Вайс, В.И. , Фарренс Д.Л., Дрор Р.О., Малхотра С.В., Кобилка Б.К., Скиниотис Г.
2019; 176 (3): 448-+ 
Мониторинг расстояний между 10 парами нитроксильных меток, распределенных по внутриклеточным областям, позволил составить карту четырех базовых наборов конформаций. Лиганды из разных функциональных классов оказывают различные характерные эффекты на конформационную гетерогенность рецептора. По сравнению с ангиотензином II, эндогенным агонистом, агонисты с усиленным связыванием Gq более сильно стабилизируют «открытую» конформацию с доступным сайтом связывания преобразователя. агонисты бета-аррестина с недостаточным связыванием Gq не стабилизируют эту открытую конформацию, а вместо этого отдают предпочтение еще двум закрытым конформациям. Эти данные свидетельствуют о структурном механизме предвзятого действия лиганда на рецептор ангиотензина, который можно использовать для рациональной разработки препаратов, нацеленных на GPCR, с большей специфичностью действия.
Л., Беди Р., Суриана П.А., Дрор Р.О., Уоллах Х., Ларошель Х., Бейгельзимер А., д’Альш-Бук Ф., Фокс Э., Гарнетт Р.
НЕЙРОННЫЕ СИСТЕМЫ ОБРАБОТКИ ИНФОРМАЦИИ (НИПС). 2019 
Здесь мы представляем структуру сигнального комплекса CB1-Gi, связанного с сильнодействующим агонистом MDMB-Fubinaca (FUB), недавно появившимся незаконным синтетическим каннабиноидом, добавленным в уличные наркотики, которые были связаны с многочисленными передозировками и смертельными исходами. Структура иллюстрирует, как FUB стабилизирует рецептор в активном состоянии, чтобы облегчить замену нуклеотидов в Gi. Результаты составляют структурную основу для объяснения активации CB1 различными классами лигандов и дают представление о механизмах связывания и селективности G-белка, принятых рецептором.
, Пардон Э. ., Steyaert, J., Sunahara, R.K., Weis, W.I., Zhang, C., Kobilka, B.K.
2018 
Безопасность и механизм действия салметерола вызывают споры. Чтобы понять его необычное фармакологическое действие и частичный агонизм, мы получили кристаллическую структуру связанного с салметеролом бета2АР в комплексе с нанотелом, стабилизирующим активное состояние. Структура показывает расположение экзосайта салметерола, где различия в последовательностях между beta1AR и beta2AR объясняют высокую селективность по подтипу рецептора. Структурное сравнение с бета2AR, связанным с полным агонистом адреналина, выявляет различия в сети водородных связей, включающей остатки Ser2045.43 и Asn29.36.55. Мутагенез и биофизические исследования показали, что эти взаимодействия приводят к определенной конформации активного состояния, которая отвечает за частичную эффективность активации G-белка и ограниченное рекрутирование бета-аррестина для салметерола.
П., Джо, Х., Валькур, Дж.Р., Шринивасан, Ю., Пан, А.С., Каппони, С., Грабе, М., Дрор, Р.О., Шоу, Д.Е., ДеГрадо, В.Ф., Кафлин, С.Р.
2018; 57 (39): 5748–58 
Перед полной диссоциацией ворапаксар останавливался в метастабильных промежуточных соединениях, стабилизированных взаимодействиями с головными группами рецепторов и липидов. Производные ворапаксара с алкильными цепями, которые, по прогнозам, простираются между TM6 и TM7 в липидном бислое, ингибировали PAR1 с очевидной скоростью, сходной со скоростью исходного соединения в анализах клеточной передачи сигналов. Эти данные согласуются со связыванием ворапаксара с PAR1 посредством пути, который проходит между TM6 и TM7 из липидного двойного слоя, что согласуется с наиболее последовательным путем, наблюдаемым с помощью молекулярной динамики. Хотя есть некоторые свидетельства проникновения лиганда в родопсин и активируемые липидами GPCR из клеточной мембраны, наше исследование предоставляет первое такое доказательство активируемого пептидами GPCR и предполагает, что метастабильные промежуточные соединения на путях связывания и диссоциации лекарственного средства могут быть стабилизированы с помощью специфические взаимодействия между липидами и лигандом.
Эти структуры обнаруживают уникальную позу связывания для агониста. Структуры и сопутствующие модели молекулярной динамики (МД) идентифицируют структурные перестройки в рецепторе, вызванные агонистами. Кроме того, мы показываем, что связывание лиганда с σ1 представляет собой многоступенчатый процесс, скорость которого ограничена изменением конформации рецептора. Мы использовали моделирование МД для реконструкции пути связывания лиганда, включающего два основных конформационных изменения. Эти данные обеспечивают основу для понимания молекулярной основы агонизма σ1.
Значительные улучшения в скорости, точности и доступности моделирования, а также распространение экспериментальных структурных данных повысили привлекательность биомолекулярного моделирования для экспериментаторов — тенденция, особенно заметная в нейробиологии, хотя, конечно, не ограничивающаяся ею. Моделирование оказалось полезным для расшифровки функциональных механизмов белков и других биомолекул, для раскрытия структурных основ болезней, а также для разработки и оптимизации малых молекул, пептидов и белков. Здесь мы описываем, в практических терминах, типы информации, которую может предоставить моделирование МД, и способы, которыми они обычно мотивируют дальнейшую экспериментальную работу.
, Фенно, Л.Е., Ямасита, К., Хильгер Д., Ли С.Ю., Берндт А., Шен К., Кандори Х., Дрор Р.О., Кобилка Б.К., Дейссерот К.
2018 
Эти результаты позволили нам создать родопсин с анион-проводящим каналом, объединяющий ключевые особенности большого фототока и быстрой кинетики наряду с исключительной селективностью по анионам.
Здесь мы представляем кристаллическую структуру G. theta ACR1 при 2,9Резолюция. Структура обнаруживает необычные архитектурные особенности, которые охватывают внеклеточный домен, ретинально-связывающий карман, область оснований Шиффа и путь анионной проводимости. Вместе с электрофизиологическим и спектроскопическим анализом эти результаты раскрывают фундаментальную молекулярную основу естественной светозависимой анионной проводимости и обеспечивают основу для разработки оптогенетических инструментов следующего поколения.
Индуцированные положительные эффекты обезболивания и эйфории опосредованы передачей сигналов muOR через ингибирующий аденилатциклазу гетеротримерный G-белок Gi. Здесь мы представляем структуру криоэлектронной микроскопии с разрешением 3,5 А muOR, связанного с пептидом-агонистом DAMGO и не содержащим нуклеотидов Gi. DAMGO занимает карман морфинанового лиганда, при этом его N-конец взаимодействует с консервативными остатками рецептора, а его C-конец взаимодействует с областями, важными для селективности опиоидного лиганда. Сравнение комплекса muOR-Gi с ранее определенными структурами других GPCR, связанных со стимулирующим G-белком Gs, выявляет различия в положении трансмембранной спирали рецептора 6 и во взаимодействиях между альфа-субъединицей G-белка и ядром рецептора. Вместе эти результаты проливают свет на структурные особенности, которые вносят вклад в специфичность связывания белков Gi в OR.
, Джулли, Д., Барси-Райн, Б., Латоррака, Н. Р., Мазурел, М., Сибарита, Дж., Дрор, Р. О., фон Застров, М.
2018; 557 (7705): 381-+