Геометрия 7 мерзляк: ГДЗ по геометрии 7 класс Мерзляк Полонский Якир учебник

Контрольная работа № 2 по теме «Треугольники» (7 класс, Мерзляк А.Г. и др.)

Контрольная работа № 2 по теме «Треугольники»

Вариант 1

1. Докажите равенство треугольников ABF и CBD (рис. 42), если AB = BC и BF = BD.

2. Найдите стороны равнобедренного треугольника, если его периметр равен 33 см, а основание на 3 см меньше боковой стороны.

3. На боковых сторонах AB и BC равнобедренного треугольника ABC отметили соответственно точки D и E так, что ∠ACD =∠CAE. Докажите, что AD = CE.

4. Известно, что EK = FK и EC = FC (рис. 43). Докажите, что ∠EMK =∠FMK.

5. Серединный перпендикуляр стороны AB треугольника ABC пересекает его сторону AC в точке M. Найдите сторону AC треугольника ABC, если BC = 8 см, а периметр треугольника MBC равен 25 см.

Вариант 2

1. Докажите равенство треугольников ABD и CBD (рис. 44), если AB = BC и ∠ABD =∠CBD.

2. Найдите стороны равнобедренного треугольника, если его периметр равен 30 см, а боковая сторона на 6 см меньше основания.

3. На основании AC равнобедренного треугольника ABC отметили точки M и K так, что ∠ABM =∠CBK, точка M лежит между точками A и K. Докажите, что AM = CK.

4. Известно, что AB = AD и BC = DC (рис. 45). Докажите, что BO = DO.

5. Медиана BM треугольника ABC перпендикулярна его биссектрисе AD. Найдите сторону AC, если AB = 7 см.

Вариант 3

1. Докажите равенство треугольников ABM и CDM (рис. 46), если AM = CM и
BAM =∠DCM.

2. Найдите стороны равнобедренного треугольника, если его периметр равен 49 см, а основание на 7 см больше боковой стороны.

3. На боковых сторонах AB и BC равнобедренного треугольника ABC отметили соответственно точки M и K так, что BM = BK. Докажите, что ∠BAK =∠BCM.

4. Известно, что CK = DK и ∠CKP =∠DKP (рис. 47). Докажите, что ∠MCP =∠MDP.

5. Серединный перпендикуляр стороны AC треугольника ABC пересекает его сторону BC в точке D. Найдите периметр треугольника ABD, если AB = 10 см, BC = 15 см.

Вариант 4

1 . Докажите равенство треугольников ABD и ACD (рис. 48), если AB = AC и BD = CD.

2. Найдите стороны равнобедренного треугольника, если его периметр равен 40 см, а боковая сторона на 2 см больше основания.

3 . На основании AC равнобедренного треугольника ABC отметили точки D и E так, что AD = CE, точка D лежит между точками A и E. Докажите, что ∠ABD =∠CBE.

4. Известно, что ∠BST =∠AST и ∠STB =∠STA (рис. 49). Докажите, что BK = AK.

5. Прямая, проведённая через вершину A треугольника ABC, перпендикулярна его медиане CM и делит её пополам. Найдите сторону AC, если AB = 18 см.

Замороженная геометрия | Казино против Японии

$root.artistsMenu.setActiveLabelMemberBand(id)»>••• $root.artistsMenu.setActiveLabelMemberBand(id)»>свернуть

по Казино против Японии

поддерживается

майк0831

майк0831 Я действительно наслаждаюсь звуками. Звуки какие-то успокаивающие и замысловатые одновременно. Мне очень нравится музыка Эрика

Коди Драссер

Коди Драссер Массивная и обширная коллекция преимущественно гитарных (вероятно, других звуков, вплетенных в эти треки) эмбиента и электроники. Этот огромный релиз, кажется, далеко ушел от его более ориентированного на биты прошлого, но конечные результаты по-прежнему очень приятны для меня и напоминают атмосферу и атмосферу, которые я привык ассоциировать с этим проектом.

лицо дакоты

На меня этот художник оказывает звериное влияние. Спасибо Эрик

еще…

МаДжоХе

Доктор Рек

Эрикшостер

тренникс

Аарон Стигберг

Смилодон63

Райан Шелби

Эрик Шефстром

робробсон

преунет

фура

супермогадон

телефазный90

ногбадтебад

бегун

Джастин Морган

Диалектические виды

ствол

КоверСуп

лазекмарцин

вода

тройной_черный

Кори Фейн

бпб001

Примечание

Bindingeclipse

ритмплекс

Лоуренс Инглиш

конечность

Уильям Манганаро

гимнастические палки

Дэмиен МакГрейн

Роджер Фралич

бреннанв

Найджел Корнуолл

повсеместноxx

иск77

Гуура∴

Том Шмидлин

нова Милн

матиас_11

Данатил

микедоблер

Стивен Дрон

обыкновенный

тактический бродяга

Мэтт Уиллиби

Бликстфальт

Дж. Круд

Джо Клэй

Эммет Рамирес

Райан Хилл

Линдси

марка дамико

к_рид

Асуна

Джейсон МакКоллум

просто база

Джесспрайс65

подробнее…

  • Потоковая передача + загрузка

    Включает неограниченную потоковую передачу через бесплатное приложение Bandcamp, а также высококачественную загрузку в формате MP3, FLAC и других форматах.

    Можно приобрести с подарочной картой

    14 долларов доллар США или больше

1.

Солнечная яичная скорлупа 01:34

купить трек

2.

Настройка Безумных Волн 02:34

купить трек

3.

Лавандовая колыбельная 01:25

купить трек

4.

Плавание, оттаивание 02:26

купить трек

5.

Любопытный оцепенение в полночь 02:21

купить трек

6.

Баллада о цветущем радио 03:16

купить трек

7.

Что осталось 01:32

купить трек

8.

Вмешивающаяся фантазия 01:28

купить трек

9.

(были ли вы) молочно-голубой 05:42

купить трек

10.

Розовая кружевная глазурь 02:14

купить трек

11.

Осень на троих 02:55

купить трек

12.

Шок настроения 01:08

купить трек

13.

Сдаться с берега 05:18

купить трек

14.

Босая Красавица Солнца 05:15

купить трек

15.

Зимний свет 00:59

купить трек

16.

Коттонвуд Снег 02:22

купить трек

17.

Ледяная воля 05:17

купить трек

18.

Замороженная геометрия 01:44

купить трек

19.

Звон в серые колокола 01:07

купить трек

20.

Пепел 01:07

купить трек

21.

Точка Знамения 05:40

купить трек

22.

Всегда в заблуждении 01:18

купить трек

23.

Пересечение курантов 03:14

купить трек

24.

Темный океан вдоль угольной линии 01:31

купить трек

25.

Тема для пасмурного утра 01:24

купить трек

26.

Яичная скорлупа Санни (Зазеркалье) 01:57

купить трек

27.

Нервная лента 01:05

купить трек

28.

Запутались в идеальных квинтах 01:04

купить трек

29.

Наши раны 01:03

купить трек

30.

Абсолютный обзор 01:24

купить трек

31.

Лазурный бассейн 04:39

купить трек

32.

Горящая рамка 02:09

купить трек

33.

Ракетка Bayberry 01:07

купить трек

34.

Летняя фуга 01:56

купить трек

35.

Выход Тема 02:00

купить трек

36.

Заговор Благодати 04:12

купить трек

37.

Хрупкий вздымающийся черный 00:56

купить трек

38.

Снежная слепота 10:15

купить трек

39.

Постоянное сопротивление 01:18

купить трек

40.

Памяти идеальных пятых 01:07

купить трек

41.

Над этим 02:16

купить трек

42.

Нервный 01:39

купить трек

43.

Свидание на жемчужной нитке 01:32

купить трек

44.

Невинный 01:58

купить трек

45.

Скольжение по стеклу 02:54

купить трек

46.

Зимние птицы 02:54

купить трек

47.

Сломанная трансмиссия 01:50

купить трек

48.

Нисходящая увертюра 02:02

купить трек

49.

Полированная пустота 02:54

купить трек

50.

Поднятые магниты 01:05

купить трек

51.

Цветущие паруса 03:39

купить трек

52.

Исчезающий крик покойного менестреля 06:36

купить трек

53.

Ее пророки 00:47

купить трек

54.

Цветность 01:18

купить трек

55.

Беспокойный сон 01:07

купить трек

56.

Паутина крошечной тишины 01:09

купить трек

57.

Потревоженные края (для спокойных рук) 01:18

купить трек

58.

Ниже нуля 02:12

купить трек

59.

Точка дрейфа 10:59

купить трек

60.

Задумчивая тьма 02:47

купить трек

61.

Шепчущий реквием погребенных 05:07

купить трек

62.

Глаз как вечеринка для всех святых 01:06

купить трек

63.

С горизонта это всего лишь мгновение для вас 05:05

купить трек

64.

Осень в бесконечности 01:16

купить трек

65.

Серебряные узорчатые волны 01:27

купить трек

66.

Грязный 00:52

купить трек

67.

Минта 06:14

купить трек

68.

Пропал без вести 01:01

купить трек

69.

Бесконечная инспекция (затонувшего, отраженного мира) 02:35

купить трек

70.

Смятый и освещенный 01:02

купить трек

71.

Захват неопределенного 05:58

купить трек

72.

Виктория 01:21

купить трек

73.

Предательство 01:32

купить трек

74.

(Ты никогда) над этим 01:54

купить трек

75.

Оценка Ультрамарин 01:12

купить трек

76.

Золотой утренний свет 00:56

купить трек

77.

Надежда 00:55

купить трек

78.

Нет звука 02:12

купить трек

79.

За гранью 02:25

купить трек

80.

Едва там 01:19

купить трек

about

«Frozen Geometry» возникла в результате многолетних набросков новых текстур на гитаре, которые были наслоены и объединены в зацикленные капсулы гармонии и дрейфа. Первоначальное намерение состояло в том, чтобы использовать их в качестве мелодической основы для будущих композиций, но затем он «осознал, что они существуют сами по себе».

Первый полноформатный альбом от легендарной эмбиент-группы за более чем полвека.

Интригующий опус гипнотической красоты и периферийного сознания.

Другие релизы Casino Versus Japan, доступные через Bandcamp: Attacknine.bandcamp.com/music

кредита

выпущен 21 октября 2016 г.

Доступны другие релизы Casino Versus Japan: Attacknine.bandcamp.com/music

лицензия

все права защищены

теги

теги

окружающий бьет электронный и т.п. гитарные петли рок н-ролл Грин Бэй

контакт / помощь

Контакты Casino Versus Japan

Потоковая передача и
Справка по загрузке

Доставка и возврат

Активировать код

Пожаловаться на этот альбом или аккаунт

Если вам нравится Casino Versus Japan, вам также могут понравиться:

Bandcamp Daily — ваш путеводитель по миру Bandcamp

На Bandcamp Radio

Бет Ортон, Миша Панфилов и Wax Machine гости в части 1 Лучшего за 2022 год.

слушать сейчас
  • войти
  • условия использования
  • конфиденциальность
  • политика авторского права
  • переключиться на мобильный вид

Оптимизация геометрии

Автор кода: Роллин А. Кинг и Александр Г. Хайде

Автор раздела: Роллин А. Кинг, Александр Г. Хайде и Лори А. Бернс

Модуль: Ключевые слова, OPTKING

PSI4 выполняет молекулярную оптимизацию с использованием модуля Python под названием выбор. Программа optking принимает в качестве входных данных ядерные градиенты и, необязательно, ядерные вторые производные — обе в декартовых координатах. Алгоритм минимизации по умолчанию использует эмпирическую модель Гессе, избыточные внутренние координаты, шаг RFO с масштабированием радиуса доверия и обновление BFGS Hessian.

Основные литературные ссылки включают введение избыточных внутренние координаты Peng et al. [Пэн: 1996: 49]. Общий подход, используемый в этом коде аналогичен «методу модели Гессе плюс РЧ», описанному и протестированному Баккеном и Хельгакер [Bakken:2002:9160]. Однако для разделенных фрагментов, мы решили не использовать их «лишние» координаты.

Внутренние координаты генерируются автоматически на основе предполагаемой связи подключение. Связность определяется путем проверки межатомных расстояние меньше суммы атомных радиусов, умноженной на значение COVALENT_CONNECT. Если пользователь обнаружит, что некоторые подключение по умолчанию отсутствует, то это значение можно увеличить.

Предупреждение

Выбор входа Z-матрицы и, в частности, включение фиктивных атомов, не влияет на поведение оптимизатора, который начинает из декартова представления системы.

В настоящее время по умолчанию отдельные фрагменты склеиваются ближайшие атомы, и вся система рассматривается как часть одного молекула. Однако с опцией FRAG_MODE фрагменты вместо этого может быть связан минимальным набором межфрагментных координат, определяемым опорные точки внутри каждого фрагмента. Опорные точки могут быть атомарными позиции (текущее значение по умолчанию) или линейные комбинации позиций атомов (автоматическое использование главных осей находится в разработке). Эти 9Координаты 1536 димеров можно указать напрямую через INTERFRAG_COORDS) См. здесь для двух примеров их использования.

Основные ключевые слова

ОПТ_ТИП

Указывает минимальный поиск, поиск переходного состояния или IRC после

ШАГ_ТИП

Тип шага оптимизации геометрии, Ньютона-Рафсона или Rational Function Optimization

  • Тип : строка

  • Возможные значения : RFO, P_RFO, NR, SD, LINESEARCH

  • По умолчанию : RFO

GEOM_MAXITER

Максимальное количество шагов оптимизации геометрии

  • Тип : целое число

  • По умолчанию : 50

Г_КОНВЕРГЕНЦИЯ

Набор критериев оптимизации. Спецификация любых параметров MAX_*_G_CONVERGENCE или RMS_*_G_CONVERGENCE будет добавлена ​​для перезаписи установленных здесь критериев, если также не включен параметр FLEXIBLE_G_CONVERGENCE. Подробнее см. в разделе Конвергенция геометрии таблицы.

  • Тип : строка

  • Возможные значения : QCHEM, MOLPRO, GAU, GAU_LOOSE, GAU_TIGHT, INTERFRAG_TIGHT, GAU_VERYTIGHT, TURBOMOLE, CFOUR, NWCHEM_LOOSE

  • По умолчанию : QCHEM

ПОЛНЫЙ_HESS_КАЖДЫЙ

Частота, с которой вычисляется полный гессиан в ходе оптимизации геометрии. 0 означает вычислять только начальный гессиан, 1 означает пересчитывать каждый шаг, а N означает пересчитывать каждые N шагов. Значение по умолчанию (-1) никогда не вычисляет полный гессиан.

  • Тип : целое число

  • По умолчанию : -1

Оптимизация минимумов

Сначала определите молекулу и базис во входных данных.

 молекула h3o {
  О
  Н 1 1,0
  Н 1 1,0 2 105,0
}
установить базис дз
 

Далее приведены примеры различных типов вычислений, которые можно выполнить.

  • Оптимизация геометрии с использованием методов по умолчанию (шаг RFO):

     оптимизировать('scf')
     
  • Оптимизация с использованием шагов Ньютона-Рафсона вместо шагов RFO:

     установить номер типа шага
    оптимизировать ('scf')
     
  • Оптимизация с использованием конечных разностей энергий вместо градиентов:

     оптимизировать('scf', dertype='энергия')
     
  • Оптимизировать, ограничивая начальный размер шага до 0,1 а.е.:

     установить intrafrag_step_limit 0,1
    оптимизировать ('scf')
     
  • Оптимизировать, всегда ограничивая размер шага до 0,1 а.е.:

 набор {
  intrafrag_step_limit 0,1
  intrafrag_step_limit_min 0,1
  intrafrag_step_limit_max 0,1
}
оптимизировать ('scf')
 
 установить full_hess_every 1
оптимизировать ('scf')
 
 выбор импорта
 

Гессен

Если доступны декартовы вторые производные, optking может их прочитать и преобразовать их во внутренние координаты, чтобы сделать начальный гессиан в внутренние координаты. В противном случае доступны несколько эмпирических гессианов, в том числе у Шлегеля [Шлегель:1984:333] и Фишер и Альмлоф [Фишер: 1992: 9770]. Любой из них или простой диагональный гессиан можно выбрать с помощью Ключевое слово INTRAFRAG_HESS.

Доступны все распространенные схемы обновления Hessian. Формулы см. Шлегеля [Schlegel:1987:AIMQC] и Бофилла [Bofill:1994:1].

Гессе можно вычислить во время оптимизации с использованием ключевое слово FULL_HESS_EVERY.

Переходные состояния и пути реакций

  • Рассчитать начальный гессиан и оптимизировать «переходное состояние» линейная вода (обратите внимание, что без разумной стартовой геометрии и Hessian, такой прямой поиск часто не удается):

     молекула h3o {
       О
       Н 1 1,0
       Н 1 1,0 2 160,0
    }
    установлен {
       базис дз
       full_hess_every 0
       opt_type тс
    }
    оптимизировать ('scf')
     
  • В переходном состоянии (плоский HOOH) вычислите вторую производную и затем следуйте внутреннему пути реакции до минимума:

     молекула хух {
       симметрия с1
       ЧАС
       О 1 0,946347
       О 2 1,397780 1 107,243777
       Н 3 0,946347 2 107,243777 1 0,0
    }
    установлен {
       базис дзп
       opt_type irc
       geom_maxiter 50
    }
    частоты ('scf')
    оптимизировать ('scf')
     

Оптимизация с ограничениями

  • Оптимизация геометрии (HOOH) при зафиксированном двугранном угле 90 градусов.

     молекула {
      ЧАС
      О 1 0,90
      О 2 1,40 1 100,0
      Н 3 0,90 2 100,0 1 90,0
    }
    установить выбор {
      замороженный_диэдральный = ("
        1 2 3 4
      ")
    }
    оптимизировать ('scf')
     
  • Чтобы вместо этого заморозить два расстояния связи O-H

     установить выбор {
      замороженное_расстояние = ("
        1 2
        3 4
      ")
    }
     

Для изгибов соответствующее ключевое слово «frozen_bend».

 заморозка_списка = """
  2 xyz
"""
установить выбор замороженного_картезиана $freeze_list
 
 заморозка_списка = """
  2 года
  3 года
"""
установить выбор замороженного_картезиана $freeze_list
 
 установить выбор {
  диапазонное_расстояние = ("
    1 3 0,949 0,95
    2 4 0,949 0,95
  ")
}
 

Примечание

Эффект фиксированных и ранжированных ключевых слов обычно не зависит от как была введена геометрия молекулы (будь то Z-матрица или декартова и т. д.). На данный момент; однако применение декартовых ограничений при использовании zmatrix для молекулярный ввод не поддерживается. Замораживание или ограничение декартовых координат требует ввода декартовой молекулы. Если численные ошибки приводят к симметрии разрыва, пока активны декартовы связи, симметризация не может произойти и появится сообщение об ошибке, предлагающее перезапустить задание.

 молекула хух {
  0 1
  Н 0,850718 0,772960 0,563468
  О 0,120432 0,684669 -0,035503
  О -0,120432 -0,684669 -0,035503
  Н -0,850718 -0,772960 0,563468
}
установлен {
  основа cc-pvdz
  intrafrag_step_limit 0,1
}
нижняя граница = [99,99, 109,99, 119,99, 129,99, 149,99]
upper_bound = [100, 110, 120, 130, 140, 150]
ПЭС = []
для нижнего, верхнего в zip(lower_bound, upper_bound):
my_string = f"1 2 3 4 {нижний} {верхний}"
установить выбор ranged_dihedral = $my_string
E = оптимизировать ('scf')
PES.append((верхний, E))
print("\n\tcc-pVDZ энергия СКФ как функция phi\n")
для точки в PES:
  print("\t%5.1f%20.10f" % (точка[0], точка[1]))
 

Предупреждение

Вращение двугранных граней с большими приращениями без возможности релаксации молекулы между приращениями может привести к нефизической геометрии с перекрывающимися функциональными группами в более крупных молекулах, что может помешать успешной оптимизации с ограничениями. Кроме того, такое расслабленное сканирование ПЭС делает не всегда дают результат, близкий к ИРК, или даже путь реакции, по которому энергия изменяется в непрерывный путь.

 молекула хух {
  0 1
  ЧАС
  О 1 0,95
  О 2 1,391 103
  Н 3 0,95 2 103 1 Д
  Д = 99
  единицы анг
}
установлен {
  основа cc-pvdz
  intrafrag_step_limit 0,1
  Frozen_dihedral ("1 2 3 4")
}
двугранники = [100, 110, 120, 130, 140, 150]
ПЭС = []
для фи в двугранниках:
  хох.Д = фи
  E = оптимизировать ('scf')
  PES.append((фи, Е))
print("\n\tcc-pVDZ энергия СКФ как функция phi\n")
для точки в PES:
  print("\t%5.1f%20.10f" % (точка[0], точка[1]))
 

Многофрагментная оптимизация

В предыдущих версиях optking метрика соединения атомов была увеличена до тех пор, пока все атомы были связаны. Это текущее поведение для FRAG_MODE 9.1536 сингл . Установка FRAG_MODE на multi теперь добавит специальный набор межмолекулярных координат между фрагментами — внутри называется DimerFrag координаты (см. здесь для краткого описания). Для каждой пары молекулярных фрагментов набор до 3 реперных точек выбираются на каждом фрагменте. Каждая опорная точка будет либо атомом, либо линейной комбинацией положения атомов внутри этого фрагмента. Растяжения, изгибы и двугранные углы между двумя фрагменты будут созданы с использованием этих опорных точек. Видеть Таблица координат Dimer для того, как создаются контрольные точки. Для набора из трех димеров A, B и C между каждой парой создаются наборы координат: АВ, АС и ВС. Каждая DimerFrag может использовать разные опорные точки. Созданием межмолекулярных координат можно управлять через FRAG_REF_ATOMS и INTERFRAG_COORDS. FRAG_REF_ATOMS указывает, какие атомы (или линейная комбинация атомов) для использования в качестве опорных точек и INTERFRAG_COORDS, который включает в себя FRAG_REF_ATOMS, позволяет добавлять ограничения и метки к межмолекулярные координаты.

Примечание

Ручное задание межфрагментных координат поддерживается для опытных пользователей, и обеспечивает полный контроль относительной ориентации фрагментов. Установка INTERFRAG_MODE на мульти должно хватить почти во всех случаях. Координатная таблица димеров. обеспечивает имя и порядок соглашение о координатах.

Память
 4 ГБ
молекула моль {
    0 1
    О -0,5026452583 -0,9681078610 -0,4772692868
    Н -2,32929 -1,1611084524 -0,4772692868
    Н -0,8887241813 0,8340933116 -0,4772692868
    --
    0 1
    С 0,8853463281 -5,2235996493 0,55043
    С 1,813

42 -2,1992967152 3,8040686146 С 2,8624456357 -4,1143863257 0,540

10 С -0,6240195463 -4,8153482424 2,12137 С -0,1646305764 -3,3031992532 3,8141619690 С 3,3271056135 -2,6064153737 2,1669340785 Н 0,5244823836 -6,445
39 -0,7478283184
    Н 4,0823309159 -4,4449979205 -0,7680411190
    Н -2,2074 

6 -5,7109

7 2,2110247636 Н -1,3768100495 -2,9846751653 5,1327625515 Н 4,03634 -1,7288723155 2,1638694922 Н 2.1923374156 -0,9964630692 5,1155773223 ноком единицы а.е. } установлен { основа 6-31+Г frag_mode МУЛЬТИ } оптимизировать("mp2")

Предупреждение

Ввод молекулы для psi4 не влияет на выбор, ожидается предоставление декартова координаты. Указание независимых фрагментов с разделителем не сработает выбор для добавления определенных межфрагментных координат. Используйте FRAG_MODE мульти .

  • Укажите опорные точки для использования в качестве координат с помощью FRAG_REF_ATOMS. Каждый список соответствует фрагменту. Список индексов обозначает линейную комбинацию атомов. В этом случае первой точкой отсчета для второго фрагмента является центр бензольного кольца. Индексация начинается с 1, поэтому второй фрагмент в этом примере начинается с индекса 4.

 память 4 ГБ
молекула моль {
    0 1
    О -0,5026452583 -0,9681078610 -0,4772692868
    Н -2,32929 -1,1611084524 -0,4772692868
    Н -0,8887241813 0,8340933116 -0,4772692868
    --
    0 1
    С 0,8853463281 -5,2235996493 0,55043
    С 1,813

42 -2,1992967152 3,8040686146 С 2,8624456357 -4,1143863257 0,540

10 С -0,6240195463 -4,8153482424 2,12137 С -0,1646305764 -3,3031992532 3,8141619690 С 3,3271056135 -2,6064153737 2,1669340785 Н 0,5244823836 -6,445
39 -0,7478283184
    Н 4,0823309159 -4,4449979205 -0,7680411190
    Н -2,2074 

6 -5,7109

7 2,2110247636 Н -1,3768100495 -2,9846751653 5,1327625515 Н 4,03634 -1,7288723155 2,1638694922 Н 2,1923374156 -0,9964630692 5,1155773223 ноком единицы а. е. } установлен { основа 6-31+Г frag_mode МУЛЬТИ # Строка ниже указывает опорные точки, которые будут использоваться для построения # межфрагментные координаты между двумя фрагментами (называемые A и B). # Формат следующий: # [[А-1], [А-2], [А-3]], [[Б-1], [Б-2], [Б-3]] # # С точки зрения атомов в каждом фрагменте, строка ниже выбирает для воды: # h4 воды для первой контрольной точки, O1 воды для второй контрольной точки и # h3 воды для третьей опорной точки. # Для бензола: среднее значение положений всех атомов C, C2, одного из атомов углерода, # и C6, еще один из атомов углерода. фрагмент_ref_атомы [ [[3], [1], [2]], [[4, 5, 6, 7, 8, 9], [5], [9]] ] } оптимизировать("mp2")

Для еще большего контроля можно передать словарь в INTERFRAG_COORDS

Координаты, которые создаются между двумя димерами, зависят от количества присутствующих атомов. Фрагменты A и B содержат до 3 эталонных атомов каждый, как показано на рис. Координатная таблица димеров. Межфрагментные координаты именуются и могут быть зафиксированы в соответствии с их именами, как показано на рис. пример ниже. Для указания контрольных точек используйте индексацию на основе 1.

Координаты димера

имя

тип

атомные метки

присутствует, если

РАБ

расстояние

А0-В0

всегда

тета_А

уголок

А1-А0-В0

А содержит > 1 атома

тета_B

уголок

А0-В0-В1

В содержит > 1 атома

тау

двугранный

А1-А0-В0-В1

А и В содержат > 1 атома

фи_А

двугранный

А2-А1-А0-В0

А содержит > 2 атомов. Нелинейный

фи_Б

двугранный

А0-В0-В1-В2

B имеет > 2 атомов. Нелинейный

  • Выполняется оптимизация с ограничениями, при которой ориентация двух фрагментов фиксирована, но расстояние между фрагментами и все внутрифрагментные координаты ослабляются. В этом например, центры бензольного и тиофенового колец выбраны в качестве первых реперных точек. Метильные группы углерода и один водород выбраны для двух других опорных точек на первые фрагменты. Для второго фрагмента в качестве других реперных точек выбраны два атома углерода бензольного кольца.

 память 4 ГБ
молекула моль {
  С -1,258686 0,546935 0,436840
  Н -0,683650 1,200389 1,102833
  С -0,699036 -0,349093 -0,396608
  С -2,693370 0,550414 0,355311
  Н -3,336987 1,206824 0,952052
  С -3,159324 -0,343127 -0,536418
  Н -4,199699 -0,558111 -0,805894
  S -1,883829 -1,212288 -1,301525
  С 0,786082 -0,656530 -0,606057
  Н 1,387673 -0,016033 0,048976
  Н 1,054892 -0,465272 -1,651226
  Н 0,978834 -1,708370 -0,365860
  --
  С -6,955593 -0,119764 -1,395442
  С -6,977905 -0,135060 1,376787
  С -7,111625 1,067403 -0,697024
  С -6,810717 -1,314577 -0,707746
  С -6,821873 -1,322226 0,678369
  С -7,122781 1,059754 0,689090
  Н -7,226173 2,012097 -1,240759
  Н -6,687348 -2,253224 -1,259958
  Н -6,707325 -2,266920 1. 222105
  Н -7,246150 1,998400 1,241304
  О -6,944245 -0,111984 -2,805375
  Н -7,058224 0,807436 -3,049180
  С -6,9 -0,143507 2,4
  Н -8,018305 -0,274985 3,264065
  Н -6,592753 0,807024 3,281508
  Н -6,368443 -0,968607 3,273516
  ноком
  единица ангстрем
}
# Создать словарь Python и преобразовать его в строку для передачи в optking
МТдимер = """{
   «Натомов на фраг»: [12, 16],
   «Фраг»: 1,
   «A Ref Atoms»: [[1, 3, 4, 6, 8], [8], [11]],
   «Этикетка»: «метилтиофен»,
   «Б Фраг»: 2,
   «Атомы B Ref»: [[13, 14, 15, 16, 17, 18], [13], [15]],
   «Этикетка B»: «тирозин»,
   "Замороженный": ["theta_A", "theta_B", "tau", "phi_A", "phi_B"],
}"""
установлен {
    основа 6-31+Г
    frag_mode МУЛЬТИ
    interfrag_coords $MTdimer
}
оптимизировать("mp2")
 

Работа с проблемными оптимизациями

Несмотря на то, что optking постоянно совершенствуется с учетом надежности, некоторые попытки оптимизации неизбежно не сойдутся к желаемым минимумам. Для сложных случаев даются следующие рекомендации.

  • Как и для любого оптимизатора, вычисление гессиана и ограничение размера шага успешно сходятся более высокий процент случаев. Настройки по умолчанию имеют были выбраны потому, что они эффективно работают с общими репрезентативными наборами тестов. Иногда необходимы более ограничительные и осторожные шаги.

  • DYNAMIC_LEVEL позволяет изменить метод оптимизации к алгоритмам, которые, хотя зачастую и менее эффективны, могут помочь свести сложные случаи. Если изначально установлено значение 1, то при обнаружении плохих шагов повысит динамический уровень с помощью нескольких форм более надежных и осторожных алгоритмов. Изменения уменьшат радиус доверия, разрешат шаги назад (частичная строка поиск), добавить декартовы координаты, переключиться на декартовы координаты и взять ступени самого крутого спуска.

  • Разработчики обнаружили, что параметру OPT_COORDINATES присвоено значение «ОБА», что включает в себя как избыточный набор внутренних координат, так и декартовы координаты, хорошо работает для систем с длинными «плечами» или гибкими частями молекулы плохо описывается местными интерналами.

  • Optking поддерживает спецификацию призрачных атомов. Некоторые внутренние координаты, такие поскольку кручения становятся плохо определенными, когда они содержат почти линейные изгибы. Внутренняя ошибка AlgError 9В таких случаях может быть поднято 1537. Optking позволит избежать таких координаты при выборе исходной системы координат; однако они могут возникать в ходе оптимизации. В таких случаях попробуйте перезапустить с самой последней геометрии. В качестве альтернативы установка OPT_COORDINATES на декартову позволит избежать каких-либо внутренних координировать трудности в целом. Эти изменения координат могут быть автоматически выполняется путем установки DYNAMIC_LEVEL на 1.

Предупреждение

В некоторых случаях, например, при проблемах с координатами, описанных выше, выбор будет сброшен для сохранения последовательная история. Если в Psi4 возникает ошибка из-за превышения GEOM_MAXITER, но отчет о последнем шаге показывает, что optking не предпринял шагов GEOM_MAXITER, например произошел сброс. Проверка покажет, что счетчик шагов был сброшен на 1 где-то в оптимизация.

Критерии сходимости

Optking отслеживает пять параметров для оценки хода геометрии оптимизация. Это (с их ключевыми словами) изменение энергии (MAX_ENERGY_G_CONVERGENCE), максимальный элемент градиент (MAX_FORCE_G_CONVERGENCE), среднеквадратичное градиента (RMS_FORCE_G_CONVERGENCE), максимальный элемент смещения (MAX_DISP_G_CONVERGENCE) и среднеквадратичное смещение (RMS_DISP_G_CONVERGENCE), все во внутренних координатах и ​​атомных единицах. Обычно эти варианты не устанавливаться напрямую. Первичный контроль сходимости геометрии лежит на ключевом слове G_CONVERGENCE, который устанавливает вышеупомянутое в соответствии с конвергенцией геометрии таблицы. 9{-6}\)

Сноски

[1]

По умолчанию

[2]

Критерии сходимости Бейкера одинаковы.

[3] (1,2)

Критерии сходимости аналогов NWCHEM такие же.

[4] (1,2,3)

Конвергенция достигается, когда выполняются все активные критерии.

[5] (1,2,3)

Конвергенция достигается при выполнении Max Force и одного из Max Energy или Max Disp .

[6] (1,2,3,4,5)

Нормальная сходимость достигнута, когда все четыре критерия ( Максимальное усилие , Среднеквадратичное усилие , Max Disp и RMS Disp ). Чтобы помочь с квартирой потенциальные поверхности, попеременная конвергенция достигается при 100\(\кратах\) среднеквадратичной силы меньше чем критерий RMS Force .

[7]

Компенсирует трудности оптимизации сходящейся геометрии надмолекулярных комплексов плотно, где большие rms disp и max disp могут быть результатом плоских потенциальных поверхностей, даже когда max force и/или rms force малы.

Для полного контроля, указание значения для любой из пяти контролируемых опций активирует это критерий и перезаписывает/добавляет его к критериям, установленным G_CONVERGENCE. Обратите внимание, что это отменяет специальные меры сходимости, подробно описанные в примечаниях [5] и [6]. и вместо этого требует, чтобы все активные критерии были выполнены для добиться сходимости. Чтобы избежать отзыва, включите ключевое слово FLEXIBLE_G_CONVERGENCE.

Интерфейс к GeomeTRIC

Оптимизатор GeomeTRIC, разработанный Wang and Song [Wang:2016:214108], можно использовать вместо Собственный оптимизатор Psi4 Optking. GeomeTRIC использует внутреннюю координату перемещения-вращения (TRIC). система, которая хорошо работает для оптимизации геометрии систем, содержащих нековалентные взаимодействия.

Использование оптимизатора GeomeTRIC указано с аргументом engine для оптимизировать() . Оптимизация будет учитывать ключевые слова G_CONVERGENCE. и GEOM_MAXITER. Любые другие специфичные для GeomeTRIC параметры (включая ограничения) можно указать с помощью optimizer_keywords аргумент для optimize() . Ограничения могут быть наложены на декартовы координаты, связи, углы и двугранники, и они могут быть используется, чтобы заморозить координату или установить для нее определенное значение. См. GitHub GeomeTRIC для получения дополнительной информации о ключевых словах и спецификации ограничений JSON.

  • Оптимизация молекулы воды с помощью GeomeTRIC:

     молекула h3o {
       О
       Н 1 1,0
       Н 1 1,0 2 160,0
    }
    установлен {
       макситер 100
       g_convergence гау
    }
    оптимизировать('hf/cc-pvdz', engine='геометрический')
     
  • Оптимизация молекулы воды с помощью GeomeTRIC, с ограничением одной из двух связей ОН до 2,0 а.е. и угол HOH, ограниченный 104,5 градусами:

     молекула h3o {
       О
       Н 1 1,0
       Н 1 1,0 2 160,0
    }
    установлен {
       макситер 100
       g_convergence гау
    }
    геометрические_ключевые слова = {
      'coordsys' : 'трик',
      «ограничения»: {
      'установить': [{'тип': 'расстояние',
                «индексы»: [0, 1],
                «значение»: 2,0},
               {'тип' : 'угол',
                «индексы»: [1, 0, 2],
                «значение»: 104,5 }]
       }
    }
    оптимизировать('hf/cc-pvdz', engine='geometric', optimizer_keywords=geometric_keywords)
     
  • Оптимизация димера бензола/воды с помощью GeomeTRIC с замороженными 6 атомами углерода бензола. место:

     молекула h3o {
      С 0,833 1,221 -0,504
      Н 1,482 2,086 -0,518
      С 1,379 -0,055 -0,486
      Н 2,453 -0,184 -0,483
      С 0,546 -1,167 -0,474
      Н 0,971 -2,162 -0,466
      С -0,833 -1,001 -0,475
      Н -1,482 -1,867 -0,468
      С -1,3790,275 -0,490
      Н -2,453 0,404 -0,491
      С -0,546 1,386 -0,506
      Н -0,971 2,381 -0,524
      --
      О 0,000 0,147 3,265
      Н 0,000 -0,505 2,581
      Н 0,000 0,965 2,790
      no_com
      нет_переориентировать
    }
    установлен {
       макситер 100
       g_convergence гау
    }
    геометрические_ключевые слова = {
      'coordsys' : 'трик',
      «ограничения»: {
      'заморозить': [{'тип': 'xyz',
                   'индексы': [0, 2, 4, 6, 8, 10]}]
       }
    }
    оптимизировать('hf/cc-pvdz', engine='geometric', optimizer_keywords=geometric_keywords)
     

Выход

Ход оптимизации геометрии можно отслеживать, выполнив поиск выходного файла для символ тильды ( ~ ). Это создает таблицу, подобную приведенной ниже, которая показывает для каждой итерации значение каждой из пяти величин и соответствие критерию является активным и выполненным ( * ), активным и невыполненным ( ) или неактивным ( o ).

 -------------------------------------------------- -------------------------------------------- ~
 Шаг Суммарная энергия Delta E MAX Force RMS Force MAX Disp RMS Disp ~
-------------------------------------------------- ------------------------------------------- ~
  Критерии сходимости 1.00e-06 * 3.00e-04 * o 1.20e-03 * o ~
-------------------------------------------------- ------------------------------------------- ~
    1 -38,

820 -3.89e+01 6.91e-02 5.72e-02 о 1.42e-01 1.19e-01 о ~ 2 -38.92529543 -9.38e-03 6.21e-03 3.91e-03 о 2.00e-02 1.18e-02 о ~ 3 -38.92540669 -1.11е-04 4.04е-03 2.46е-03 о 3.63е-02 2.12е-02 о ~ 4 -38.92548668 -8.00e-05 2.30e-04 * 1.92e-04 о 1.99e-03 1.17e-03 о ~ 5 -38.92548698 -2.98е-07*3.95е-05*3.35е-05о 1.37е-04*1.05е-04о~

Полный список ключевых слов для optking приведен в Приложении OPTKING.

Предоставляется информация о функции Psithon, которая управляет оптимизацией геометрии. в оптимизировать() .

Добавить комментарий

Ваш адрес email не будет опубликован. Обязательные поля помечены *