LymAnalyzer: инструмент для комплексного анализа данных секвенирования нового поколения Т-клеточных рецепторов и иммуноглобулинов Р.М., Хадсон Дж.Р., Дэвис Р.В. и др. Секвенирование с высокой пропускной способностью выявляет сложную картину динамических взаимосвязей между подмножествами Т-клеток человека. проц. Натл. акад. науч. США 2010;107:1518–1523. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
2. Клементе М.Дж., Пшиходзен Б., Херес А., Диенес Б.Е., Афабл М.Г., Хуссейнзаде Х., Раяла Х.Л., Влодарски М.В., Мусйоки С., Мачеевский Дж.П. секвенирование репертуара Т-клеточных рецепторов при CD8+ Т-большом гранулярном лимфоцитарном лейкозе выявляет сигнатурные ландшафты. Кровь. 2013; 122:4077–4085. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
3. Ye J., Ma N., Madden T.L., Ostell J.M. IgBLAST: инструмент для анализа последовательности вариабельного домена иммуноглобулина. Нуклеиновые Кислоты Res. 2013;41:W34–W40. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
4.
Броше X., Лефранк М.-П.П., Джудичелли В. IMGT/V-QUEST: специализированная и интегрированная система для IG и TR стандартизированных последовательностей V-J и V-D-J анализ. Нуклеиновые Кислоты Res. 2008; 36: W503–W508. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
iHMMune-align: выравнивание на основе скрытой марковской модели и идентификация генов зародышевой линии в реаранжированных последовательностях генов иммуноглобулина. Биоинформатика. 2007; 23:1580–1587. [PubMed] [Академия Google]
6. Томас Н., Хизер Дж., Ндифон В., Шоу-Тейлор Дж., Чейн Б. Декомбинатор: инструмент для быстрого и эффективного назначения генов в последовательностях рецепторов Т-клеток с использованием конечного автомата. Биоинформатика. 2013; 29: 542–550. [PubMed] [Google Scholar]
7. Болотин Д.А., Шугай М., Мамедов И.З., Путинцева Е.В., Турчанинова М.А., Звягин И.В., Британова О.В., Чудаков Д.М. MiTCR: программное обеспечение для анализа данных секвенирования рецепторов Т-клеток. Нац.
Методы. 2013;10:813–814. [PubMed] [Академия Google]
8. Болотин Д.А., Пославский С., Митрофанов И., Шугай М., Мамедов И.З., Путинцева Е.В., Чудаков Д.М. MiXCR: программное обеспечение для всестороннего профилирования адаптивного иммунитета. Нац. Методы. 2015;12:380–381. [PubMed] [Google Scholar]
9. Лефранк М.-П.П., Джудичелли В., Каас К., Дюпра Э., Джабадо-Михалуд Дж., Скавинер Д., Гинесту С., Клеман О., Шом Д. , Лефранк Г. IMGT, международная информационная система ImMunoGeneTics. Нуклеиновые Кислоты Res. 2005; 33:D593–D597. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
10. Lossos I.S., Alizadeh A.A., Eisen M.B., Chan W.C., Brown P.O., Botstein D., Staudt L.M., Levy R. Текущая соматическая мутация иммуноглобулина в зародышевом центре B-клеток, но не в активированных B-клетках, диффузная большая клеточные лимфомы. проц. Натл. акад. науч. США 2000; 97:10209–10213. [PMC free article] [PubMed] [Google Scholar]
11. Путинцева Е., Британова О., Староверов Д.
, Мерзляк Е., Турчанинова М., Шугай М., Болотин Д., Погорелый М., Мамедов И. ., Бобрынина В. и др. Репертуары рецепторов Т-клеток матери и ребенка: глубокое профилирование. Передний. Иммунол. 2013; 4:463. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
12. Дориа-Роуз Н., Шрамм С., Горман Дж., Мур П., Биман Дж., ДеКоски Б., Эрнандес М., Георгиев И., Ким Х., Пансера М. и др. Путь развития мощных V1V2-направленных нейтрализующих антител к ВИЧ. Природа. 2014;509:55–62. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
13. Бойд С., Гаэта Б., Джексон К., Файр А., Маршалл Э., Меркер Дж., Маниар Дж., Чжан Л., Сахаф Б. ., Джонс С. и др. Индивидуальные вариации в репертуаре генов ig зародышевой линии, выведенные из реаранжировок генов вариабельной области. Дж. Иммунол. 2010;184:6986–6992. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
14. Барак М., Цукерман Н., Эдельман Х., Унгер Р., Мехр Р. IgTree©: создание генеалогических деревьев вариабельной области иммуноглобулина.
Дж. Иммунол. Методы. 2008; 338: 67–74. [PubMed] [Google Scholar]
16. Шиперс С., Шреста Р.К., Лэмбсон Б.Е., Джексон К.Дж., Райт И.А., Найкер Д., Гусен М., Берри Л., Исмаил А., Гарретт Н. ., и другие. Способность вырабатывать широко нейтрализующие антитела к ВИЧ-1 не ограничивается репертуаром гена ig зародышевой линии. Дж. Иммунол. 2015;194:4371–4378. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
17. Бойд С.Д., Маршалл Э.Л., Меркер Дж.Д., Маниар Дж.М., Чжан Л.Н., Сахаф Б., Джонс К.Д., Симен Б.Б., Ханчарук Б., Нгуен К.Д. и др. . Измерение и клинический мониторинг клональности лимфоцитов человека с помощью массового параллельного пиросеквенирования VDJ. науч. Перевод Мед. 2009;1:12ra23. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
18.
19. Джексон К.Дж., Лю Ю., Роскин К.М., Гланвилл Дж., Хох Р.А., Сео К., Маршалл Э.Л., Герли Т.С., Муди А.М., Хейнс Б.Ф. к вакцинации против гриппа показывают сигнатуры сероконверсии и конвергентные перегруппировки антител. Клеточный микроб-хозяин. 2014;16:105–114. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
20. Wang C., Liu Y., Xu L.T., Jackson K.J., Roskin K.M., Pham T.D., Boyd S.D, et al. Влияние старения, цитомегаловирусной инфекции и инфекции EBV на репертуар В-клеток человека. Дж. Иммунол. 2014;192: 603–611. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
21. Ван Ю., Джексон К.Дж., Дэвис Дж., Чен З., Гаэта Б.А., Риммер Дж., Сьюэлл В.А., Коллинз А.М. IgE-ассоциированные гены IGHV от людей с аллергией на яд и арахис не содержат мутационных доказательств отбора антигена.